analysis_pdb
install environment
micromamba create -n modeller modeller biopython pymol-open-source biopandas requests ipython ipykernel pydantic pyfastx ipython -y -c conda-forge -c salilab -c bioconda
conda create -n pyfastx modeller biopython pymol-open-source biopandas requests ipython ipykernel pydantic pyfastx ipython seaborn -y -c conda-forge -c salilab -c bioconda
# modeller注册码：MODELIRANJE (<conda_env>//lib/modeller-10.4/modlib/modeller/config.py)
# 绘图环境 统计test.py
conda install -c conda-forge seaborn -y
modeller注册码：MODELIRANJE
test
cp pdb_test/5isz.pdb pdb_gjm/
gmx_mpi pdb2gmx -f 5isz.pdb -o 5isz.gro -ff amber99sb-ildn -water tip3p -ignh -p topol.top
利用 modeller进行 融合蛋白多模板建模
单模板建模和多模板建模的异同：
单模板建模是通过序列比对的方法，找到与目标序列相似度最高的一条序列作为模板（序列相似=>结构相似），再在此基础上进行优化。
多模板建模是通过多序列比对，这些序列中的保守区域的结构特征很容易确定，对于差异的片段，在多条序列片段中找到与目标序列片段最主导（Dominant）的结构。然后将这些碎片的结构拼接成一个完整的目标序列结构。
多模板建模更容易选择最佳模板
测试所用的脚本路径：<python path>lib/modeller-10.4/examples/commands
去 Modeller 下载最新的 PDB sequences文件
Last update: January 4th, 2024.
pdball.pir.gz：包含所有蛋白质数据银行（PDB）序列的文件。这个文件可能非常大，因为它包含了PDB中的每一个序列。
pdb_95.cod.gz：包含在95%身份相似度水平下聚类的代表性PDB代码的文件。这意味着在这个文件中的每个PDB代码代表了一个序列簇，其中的序列彼此间的相似度至少为95%。
pdb_95.grp.gz：包含每个95%身份相似度聚类的所有PDB代码的文件。这有助于了解特定聚类中包含哪些PDB条目。
pdb_95.pir.gz：包含95%身份相似度聚类的代表性序列的文件。每个聚类选取一个代表性序列，这些序列的身份相似度至少为95%。
.cod 文件：通常包含蛋白质数据银行（PDB）中代表性蛋白质结构的PDB代码。在这个上下文中，pdb_95.cod 文件可能包含在95%序列相似度下聚类的代表性PDB结构的PDB代码。
.grp 文件：含有组成特定聚类的所有PDB代码的文件。例如，pdb_95.grp 文件可能列出了在95%序列相似度聚类中的所有PDB代码，展示了属于同一聚类（即序列相似性高）的蛋白质结构。
.pir 文件：是Protein Information Resource格式的文件，常用于蛋白质序列和结构的表示。这种格式特别适合于序列比对和蛋白质建模。在您提到的情况中，pdb_95.pir 可能包含了95%相似度聚类中的代表性蛋白质序列。
使用场景
高相似度（如95%）：用于更精确地找到与目标序列高度相似的模板，通常用于更精细的同源建模。
低相似度（如40%）：用于在较宽的范围内寻找模板，可能在研究更广泛的蛋白质家族或进化关系时有用。
记录
7rtr 对比序列太长，需要去除尾端
无缺失：1bd2,
1d9k
tcr: AB mhc CD peptide P
1kj2 p周围只有三条链
3C5Z 3C60 3O6F 3PL6 3RDT 4MAY 4P4K 没有peptide
3GJF K、L链 空间位置不正确。
4z7u 重叠，缺失链，tcr，hmc只有一半
单聚体记录：
1ao7 E 链 221-225 THR 是缺失 PDB文件结构也正常 可能是坐标脱离太原导致缺失。 经过观察，221和222为的TRP和GLU 肽键的C-N长度为2.0 埃（Å），碳（C）和氮（N）原子之间的典型距离大约是 1.32 埃（Å）。导致动画结构展示不正确，需要手动删除然后，建模修复。这里的221和222就是moderller修复之后的结果，原始的1ao7在216-230都是缺失的。可能moderller修复参数不正确，导致221和222位置修复不合理。这个结果已经交付，说明MD模拟成功，证明这里可以正常跑MD，因此同样问题的6bga应该也能正常进行MD模拟。
3qiu 4ozf 拖尾
6avf H 链太长
6px6 B 链太长
6py2 B 链太长
6u3n B 链111修复失败, pymol 观察缺失，但是MOE，其他软件观察没问题，PDB文件结构也正常。可能是坐标脱离太原导致缺失
4grl pymol 观察缺失，但是MOE，其他软件观察没问题，PDB文件结构也正常。可能是坐标脱离太原导致缺失
7rk7 7rtr 拖尾
6uk4 6uln 6vm8 7l1d 7rrg 仅有HMC呈递peptide，没有TCR识别互相作用
7jwj A链拖尾太长
5ksa peptide （J 链）-1 到1发现缺失（0位缺失），但是实际上需不需要修复的，但是进行了修复，所以这里是peptide编号错误。手动将J链编号-1改为0，重新进行同源建模修复，pdb_test4
6bga B链 138-139 位置不合理缺失，需要手动删除序列位置然后修复，原始的6bga也是可能moderller修复参数不正确，导致 138-139 位置修复不合理。
7rdv C链拖尾太长，修复失败，需要后续检查原因
tcr: DE mhc I
peptide Q
3mv7 3mv8 3mv9 D链修复有问题，没有修复成功。
``