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"cells": [
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|
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"cell_type": "code",
|
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"from pymol import cmd"
|
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|
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|
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|
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"import pandas as pd"
|
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|
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|
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"execution_count": 6,
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"tags": []
|
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|
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|
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"df = pd.read_excel(\"TCR-pHMC4.xlsx\")"
|
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]
|
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{
|
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"cell_type": "code",
|
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"execution_count": 7,
|
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"id": "36e1d2e3-d63e-482a-93ae-71587ccecfbe",
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|
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|
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|
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"215"
|
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|
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|
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|
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|
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],
|
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|
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"len(df[\"pdb_id\"])"
|
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|
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"173"
|
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|
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|
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|
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|
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"output_type": "execute_result"
|
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}
|
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],
|
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|
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"len(df[\"pdb_id\"].drop_duplicates())"
|
||||
]
|
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|
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|
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"cell_type": "code",
|
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"execution_count": 9,
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|
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"tags": []
|
||||
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|
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|
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"pdb_id = df[\"pdb_id\"].drop_duplicates().to_list()"
|
||||
]
|
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|
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{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": 16,
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"id": "21adf583-9374-4bdd-9f95-a333dad57e51",
|
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"metadata": {
|
||||
"tags": []
|
||||
},
|
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"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
"pdb_id = [i for i in pdb_id if type(i) == str]"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": 17,
|
||||
"id": "fdd7b621-6005-4494-9cc5-aaaaeca087c8",
|
||||
"metadata": {
|
||||
"tags": []
|
||||
},
|
||||
"outputs": [
|
||||
{
|
||||
"data": {
|
||||
"text/plain": [
|
||||
"['1ao7',\n",
|
||||
" '1mi5',\n",
|
||||
" '1oga',\n",
|
||||
" '2ypl',\n",
|
||||
" '3gsn',\n",
|
||||
" '3mv7',\n",
|
||||
" '3o4l',\n",
|
||||
" '3vxs',\n",
|
||||
" '4g9f',\n",
|
||||
" '4mji',\n",
|
||||
" '5d2l',\n",
|
||||
" '5d2n',\n",
|
||||
" '5e6i',\n",
|
||||
" '5isz',\n",
|
||||
" '5jhd',\n",
|
||||
" '5nht',\n",
|
||||
" '5tez',\n",
|
||||
" '6cql',\n",
|
||||
" '6dfs',\n",
|
||||
" '6dfw',\n",
|
||||
" '6dfx',\n",
|
||||
" '6l9l',\n",
|
||||
" '6mtm',\n",
|
||||
" '6px6',\n",
|
||||
" '6py2',\n",
|
||||
" '6rp9',\n",
|
||||
" '6rpa',\n",
|
||||
" '6rpb',\n",
|
||||
" '6rsy',\n",
|
||||
" '6tro',\n",
|
||||
" '6u3n',\n",
|
||||
" '6vmx',\n",
|
||||
" '6vrm',\n",
|
||||
" '6vrn',\n",
|
||||
" '7n1e',\n",
|
||||
" '7n1f',\n",
|
||||
" '7n6e',\n",
|
||||
" '2nx5',\n",
|
||||
" '2vlj',\n",
|
||||
" '2vlk',\n",
|
||||
" '2vlr',\n",
|
||||
" '3mv8',\n",
|
||||
" '3mv9',\n",
|
||||
" '4ftv',\n",
|
||||
" '4pri',\n",
|
||||
" '5euo',\n",
|
||||
" '5nqk',\n",
|
||||
" '7rtr',\n",
|
||||
" '5bs0',\n",
|
||||
" '5brz',\n",
|
||||
" '4eup',\n",
|
||||
" '3utt',\n",
|
||||
" '3qdg',\n",
|
||||
" '3hg1',\n",
|
||||
" '5e9d',\n",
|
||||
" '3qdm',\n",
|
||||
" '6vqo',\n",
|
||||
" '5men',\n",
|
||||
" '5yxn',\n",
|
||||
" '3pwp',\n",
|
||||
" '1bd2',\n",
|
||||
" '3h9s',\n",
|
||||
" '6amu',\n",
|
||||
" '5c0a',\n",
|
||||
" '5c0b',\n",
|
||||
" '5c0c',\n",
|
||||
" '5c08',\n",
|
||||
" '5nmg',\n",
|
||||
" '2bnr',\n",
|
||||
" '5nme',\n",
|
||||
" '6am5',\n",
|
||||
" '5eu6',\n",
|
||||
" '5c09',\n",
|
||||
" '5c07',\n",
|
||||
" '5wkh',\n",
|
||||
" '3vxm',\n",
|
||||
" '6avg',\n",
|
||||
" '6avf',\n",
|
||||
" '3ffc',\n",
|
||||
" '3sjv',\n",
|
||||
" '4qrp',\n",
|
||||
" '6bj2',\n",
|
||||
" '4jrx',\n",
|
||||
" '3dxa',\n",
|
||||
" '3kpr',\n",
|
||||
" '3kps',\n",
|
||||
" '6uon',\n",
|
||||
" '4p4k',\n",
|
||||
" '4grl',\n",
|
||||
" '4may',\n",
|
||||
" '3pl6',\n",
|
||||
" '5ks9',\n",
|
||||
" '4gg6',\n",
|
||||
" '4z7u',\n",
|
||||
" '4z7v',\n",
|
||||
" '4z7w',\n",
|
||||
" '4ozf',\n",
|
||||
" '4ozi',\n",
|
||||
" '6u3o',\n",
|
||||
" '5ksb',\n",
|
||||
" '5ksa',\n",
|
||||
" '2iam',\n",
|
||||
" '4e41',\n",
|
||||
" '1j8h',\n",
|
||||
" '3o6f',\n",
|
||||
" '4h1l',\n",
|
||||
" '1zgl',\n",
|
||||
" '7jwj',\n",
|
||||
" '5m02',\n",
|
||||
" '6g9q',\n",
|
||||
" '5wlg',\n",
|
||||
" '3pqy',\n",
|
||||
" '5ivx',\n",
|
||||
" '1mwa',\n",
|
||||
" '1fo0',\n",
|
||||
" '1kj2',\n",
|
||||
" '1nam',\n",
|
||||
" '1g6r',\n",
|
||||
" '2ol3',\n",
|
||||
" '3tpu',\n",
|
||||
" '4n0c',\n",
|
||||
" '3tfk',\n",
|
||||
" '2oi9',\n",
|
||||
" '3tf7',\n",
|
||||
" '4mvb',\n",
|
||||
" '4mxq',\n",
|
||||
" '4n5e',\n",
|
||||
" '3c60',\n",
|
||||
" '3c5z',\n",
|
||||
" '3rdt',\n",
|
||||
" '6mnn',\n",
|
||||
" '3mbe',\n",
|
||||
" '1d9k',\n",
|
||||
" '1u3h',\n",
|
||||
" '2z31',\n",
|
||||
" '4p2q',\n",
|
||||
" '4p2r',\n",
|
||||
" '3qiu',\n",
|
||||
" '3qib',\n",
|
||||
" '4p2o',\n",
|
||||
" '6bga',\n",
|
||||
" '6r2l',\n",
|
||||
" '6uk4',\n",
|
||||
" '6uln',\n",
|
||||
" '6vm8',\n",
|
||||
" '6zkw',\n",
|
||||
" '7dzm',\n",
|
||||
" '7ndq',\n",
|
||||
" '7l1d',\n",
|
||||
" '7rrg',\n",
|
||||
" '7na5',\n",
|
||||
" '7ow5',\n",
|
||||
" '7qpj',\n",
|
||||
" '7phr',\n",
|
||||
" '7nme',\n",
|
||||
" '8d5q',\n",
|
||||
" '8gvb',\n",
|
||||
" '7rk7',\n",
|
||||
" '7n2n',\n",
|
||||
" '8gom',\n",
|
||||
" '6r0e',\n",
|
||||
" '6xc9',\n",
|
||||
" '6xco',\n",
|
||||
" '7rdv',\n",
|
||||
" '7sg0',\n",
|
||||
" '7sg1',\n",
|
||||
" '7z50',\n",
|
||||
" '7t2c',\n",
|
||||
" '7t2b',\n",
|
||||
" '3gjf',\n",
|
||||
" '2p5e',\n",
|
||||
" '2g9h']"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
"execution_count": 17,
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"output_type": "execute_result"
|
||||
}
|
||||
],
|
||||
"source": [
|
||||
"pdb_id"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": 18,
|
||||
"id": "76562368-942c-47ec-ba62-8fdd991fba36",
|
||||
"metadata": {
|
||||
"tags": []
|
||||
},
|
||||
"outputs": [
|
||||
{
|
||||
"name": "stdout",
|
||||
"output_type": "stream",
|
||||
"text": [
|
||||
" Error-fetch: unable to load '5ksb'.\n",
|
||||
" Error-fetch: unable to load '7ndq'.\n",
|
||||
" Error-fetch: unable to load '6r0e'.\n"
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
],
|
||||
"source": [
|
||||
"for i, j in enumerate(pdb_id):\n",
|
||||
" cmd.fetch(j, type=\"pdb\")"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"id": "ccd5db18-1c40-4f71-af4d-d379e3812420",
|
||||
"metadata": {},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": 19,
|
||||
"id": "a9fcaf92-957f-43bf-b3ab-374d5aa9a531",
|
||||
"metadata": {
|
||||
"tags": []
|
||||
},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
"!mkdir -p data"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": 20,
|
||||
"id": "64ad88c8-0332-4744-9713-669a05948f2d",
|
||||
"metadata": {
|
||||
"tags": []
|
||||
},
|
||||
"outputs": [],
|
||||
"source": [
|
||||
"!mv *.pdb data/"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": 22,
|
||||
"id": "c62b4e2b-9d2b-4d29-8382-eaa532f60e2e",
|
||||
"metadata": {
|
||||
"tags": []
|
||||
},
|
||||
"outputs": [
|
||||
{
|
||||
"name": "stdout",
|
||||
"output_type": "stream",
|
||||
"text": [
|
||||
"data/\n",
|
||||
"data/1ao7.pdb\n",
|
||||
"data/1bd2.pdb\n",
|
||||
"data/1d9k.pdb\n",
|
||||
"data/1fo0.pdb\n",
|
||||
"data/1g6r.pdb\n",
|
||||
"data/1j8h.pdb\n",
|
||||
"data/1kj2.pdb\n",
|
||||
"data/1mi5.pdb\n",
|
||||
"data/1mwa.pdb\n",
|
||||
"data/1nam.pdb\n",
|
||||
"data/1oga.pdb\n",
|
||||
"data/1u3h.pdb\n",
|
||||
"data/1zgl.pdb\n",
|
||||
"data/2bnr.pdb\n",
|
||||
"data/2g9h.pdb\n",
|
||||
"data/2iam.pdb\n",
|
||||
"data/2nx5.pdb\n",
|
||||
"data/2oi9.pdb\n",
|
||||
"data/2ol3.pdb\n",
|
||||
"data/2p5e.pdb\n",
|
||||
"data/2vlj.pdb\n",
|
||||
"data/2vlk.pdb\n",
|
||||
"data/2vlr.pdb\n",
|
||||
"data/2ypl.pdb\n",
|
||||
"data/2z31.pdb\n",
|
||||
"data/3c5z.pdb\n",
|
||||
"data/3c60.pdb\n",
|
||||
"data/3dxa.pdb\n",
|
||||
"data/3ffc.pdb\n",
|
||||
"data/3gjf.pdb\n",
|
||||
"data/3gsn.pdb\n",
|
||||
"data/3h9s.pdb\n",
|
||||
"data/3hg1.pdb\n",
|
||||
"data/3kpr.pdb\n",
|
||||
"data/3kps.pdb\n",
|
||||
"data/3mbe.pdb\n",
|
||||
"data/3mv7.pdb\n",
|
||||
"data/3mv8.pdb\n",
|
||||
"data/3mv9.pdb\n",
|
||||
"data/3o4l.pdb\n",
|
||||
"data/3o6f.pdb\n",
|
||||
"data/3pl6.pdb\n",
|
||||
"data/3pqy.pdb\n",
|
||||
"data/3pwp.pdb\n",
|
||||
"data/3qdg.pdb\n",
|
||||
"data/3qdm.pdb\n",
|
||||
"data/3qib.pdb\n",
|
||||
"data/3qiu.pdb\n",
|
||||
"data/3rdt.pdb\n",
|
||||
"data/3sjv.pdb\n",
|
||||
"data/3tf7.pdb\n",
|
||||
"data/3tfk.pdb\n",
|
||||
"data/3tpu.pdb\n",
|
||||
"data/3utt.pdb\n",
|
||||
"data/3vxm.pdb\n",
|
||||
"data/3vxs.pdb\n",
|
||||
"data/4e41.pdb\n",
|
||||
"data/4eup.pdb\n",
|
||||
"data/4ftv.pdb\n",
|
||||
"data/4g9f.pdb\n",
|
||||
"data/4gg6.pdb\n",
|
||||
"data/4grl.pdb\n",
|
||||
"data/4h1l.pdb\n",
|
||||
"data/4jrx.pdb\n",
|
||||
"data/4may.pdb\n",
|
||||
"data/4mji.pdb\n",
|
||||
"data/4mvb.pdb\n",
|
||||
"data/4mxq.pdb\n",
|
||||
"data/4n0c.pdb\n",
|
||||
"data/4n5e.pdb\n",
|
||||
"data/4ozf.pdb\n",
|
||||
"data/4ozi.pdb\n",
|
||||
"data/4p2o.pdb\n",
|
||||
"data/4p2q.pdb\n",
|
||||
"data/4p2r.pdb\n",
|
||||
"data/4p4k.pdb\n",
|
||||
"data/4pri.pdb\n",
|
||||
"data/4qrp.pdb\n",
|
||||
"data/4z7u.pdb\n",
|
||||
"data/4z7v.pdb\n",
|
||||
"data/4z7w.pdb\n",
|
||||
"data/5brz.pdb\n",
|
||||
"data/5bs0.pdb\n",
|
||||
"data/5c07.pdb\n",
|
||||
"data/5c08.pdb\n",
|
||||
"data/5c09.pdb\n",
|
||||
"data/5c0a.pdb\n",
|
||||
"data/5c0b.pdb\n",
|
||||
"data/5c0c.pdb\n",
|
||||
"data/5d2l.pdb\n",
|
||||
"data/5d2n.pdb\n",
|
||||
"data/5e6i.pdb\n",
|
||||
"data/5e9d.pdb\n",
|
||||
"data/5eu6.pdb\n",
|
||||
"data/5euo.pdb\n",
|
||||
"data/5isz.pdb\n",
|
||||
"data/5ivx.pdb\n",
|
||||
"data/5jhd.pdb\n",
|
||||
"data/5ks9.pdb\n",
|
||||
"data/5ksa.pdb\n",
|
||||
"data/5m02.pdb\n",
|
||||
"data/5men.pdb\n",
|
||||
"data/5nht.pdb\n",
|
||||
"data/5nme.pdb\n",
|
||||
"data/5nmg.pdb\n",
|
||||
"data/5nqk.pdb\n",
|
||||
"data/5tez.pdb\n",
|
||||
"data/5wkh.pdb\n",
|
||||
"data/5wlg.pdb\n",
|
||||
"data/5yxn.pdb\n",
|
||||
"data/6am5.pdb\n",
|
||||
"data/6amu.pdb\n",
|
||||
"data/6avf.pdb\n",
|
||||
"data/6avg.pdb\n",
|
||||
"data/6bga.pdb\n",
|
||||
"data/6bj2.pdb\n",
|
||||
"data/6cql.pdb\n",
|
||||
"data/6dfs.pdb\n",
|
||||
"data/6dfw.pdb\n",
|
||||
"data/6dfx.pdb\n",
|
||||
"data/6g9q.pdb\n",
|
||||
"data/6l9l.pdb\n",
|
||||
"data/6mnn.pdb\n",
|
||||
"data/6mtm.pdb\n",
|
||||
"data/6px6.pdb\n",
|
||||
"data/6py2.pdb\n",
|
||||
"data/6r2l.pdb\n",
|
||||
"data/6rp9.pdb\n",
|
||||
"data/6rpa.pdb\n",
|
||||
"data/6rpb.pdb\n",
|
||||
"data/6rsy.pdb\n",
|
||||
"data/6tro.pdb\n",
|
||||
"data/6u3n.pdb\n",
|
||||
"data/6u3o.pdb\n",
|
||||
"data/6uk4.pdb\n",
|
||||
"data/6uln.pdb\n",
|
||||
"data/6uon.pdb\n",
|
||||
"data/6vm8.pdb\n",
|
||||
"data/6vmx.pdb\n",
|
||||
"data/6vqo.pdb\n",
|
||||
"data/6vrm.pdb\n",
|
||||
"data/6vrn.pdb\n",
|
||||
"data/6xc9.pdb\n",
|
||||
"data/6xco.pdb\n",
|
||||
"data/6zkw.pdb\n",
|
||||
"data/7dzm.pdb\n",
|
||||
"data/7jwj.pdb\n",
|
||||
"data/7l1d.pdb\n",
|
||||
"data/7n1e.pdb\n",
|
||||
"data/7n1f.pdb\n",
|
||||
"data/7n2n.pdb\n",
|
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"data/7n6e.pdb\n",
|
||||
"data/7na5.pdb\n",
|
||||
"data/7nme.pdb\n",
|
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|
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"data/7phr.pdb\n",
|
||||
"data/7qpj.pdb\n",
|
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"data/7rdv.pdb\n",
|
||||
"data/7rk7.pdb\n",
|
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"data/7rrg.pdb\n",
|
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"data/7rtr.pdb\n",
|
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"data/7sg0.pdb\n",
|
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"data/7sg1.pdb\n",
|
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"data/7t2b.pdb\n",
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|
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"data/7z50.pdb\n",
|
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"data/8d5q.pdb\n",
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"data/8gom.pdb\n",
|
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|
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"data/5ksb.pdb\n",
|
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"data/7ndq.cif\n",
|
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"data/6r0e.cif\n"
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
],
|
||||
"source": [
|
||||
"!tar zcvf data.tar.gz data/"
|
||||
]
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"cell_type": "code",
|
||||
"execution_count": null,
|
||||
"id": "d20fd480-1950-4e3b-af62-d11a15fef650",
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"metadata": {},
|
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"outputs": [],
|
||||
"source": []
|
||||
}
|
||||
],
|
||||
"metadata": {
|
||||
"kernelspec": {
|
||||
"display_name": "PDBfixer Environment",
|
||||
"language": "python",
|
||||
"name": "pdbfixer"
|
||||
},
|
||||
"language_info": {
|
||||
"codemirror_mode": {
|
||||
"name": "ipython",
|
||||
"version": 3
|
||||
},
|
||||
"file_extension": ".py",
|
||||
"mimetype": "text/x-python",
|
||||
"name": "python",
|
||||
"nbconvert_exporter": "python",
|
||||
"pygments_lexer": "ipython3",
|
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"version": "3.11.7"
|
||||
}
|
||||
},
|
||||
"nbformat": 4,
|
||||
"nbformat_minor": 5
|
||||
}
|
||||
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