lingyuzeng/analysis_pdb
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lingyuzeng
2024-01-25 15:43:52 +08:00
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@@ -85,7 +85,7 @@ peptide P
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单聚体记录：
`1ao7` E 链 221-225 THR 是缺失 PDB文件结构也正常 可能是坐标脱离太原导致缺失。 经过观察，221和222为的TRP和GLU 肽键的C-N长度为2.0 埃（Å），碳（C）和氮（N）原子之间的典型距离大约是 1.32 埃（Å）。导致动画结构展示不正确，需要手动删除然后，建模修复。这里的221和222就是moderller修复之后的结果，原始的1ao7在216-230都是缺失的。可能moderller修复参数不正确，导致221和222位置修复不合理。
`1ao7` E 链 221-225 THR 是缺失 PDB文件结构也正常 可能是坐标脱离太原导致缺失。 经过观察，221和222为的TRP和GLU 肽键的C-N长度为2.0 埃（Å），碳（C）和氮（N）原子之间的典型距离大约是 1.32 埃（Å）。导致动画结构展示不正确，需要手动删除然后，建模修复。这里的221和222就是moderller修复之后的结果，原始的1ao7在216-230都是缺失的。可能moderller修复参数不正确，导致221和222位置修复不合理。这个结果已经交付，说明MD模拟成功，证明这里可以正常跑MD，因此同样问题的`6bga`应该也能正常进行MD模拟。
`3qiu` `4ozf` 拖尾
@@ -105,7 +105,7 @@ peptide P
`7jwj` A链拖尾太长
`5ksa` peptide （J 链）-1 到1发现缺失（0位缺失），但是实际上需不需要修复的，但是进行了修复，所以这里是peptide编号错误。
`5ksa` peptide （J 链）-1 到1发现缺失（0位缺失），但是实际上需不需要修复的，但是进行了修复，所以这里是peptide编号错误。手动将J链编号-1改为0，重新进行同源建模修复，pdb_test4
`6bga` B链 138-139 位置不合理缺失，需要手动删除序列位置然后修复，原始的6bga也是可能moderller修复参数不正确，导致 138-139 位置修复不合理。