From cf912ebb74092e800fe3cad5891f86a9b7c80598 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: lingyuzeng Date: Thu, 25 Jan 2024 15:43:52 +0800 Subject: [PATCH] udpate readme --- README.md | 4 ++-- 1 file changed, 2 insertions(+), 2 deletions(-) diff --git a/README.md b/README.md index 58b4aa1..010d5e1 100755 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -85,7 +85,7 @@ peptide P ---- 单聚体记录： -`1ao7` E 链 221-225 THR 是缺失 PDB文件结构也正常 可能是坐标脱离太原导致缺失。 经过观察，221和222为的TRP和GLU 肽键的C-N长度为2.0 埃（Å），碳（C）和氮（N）原子之间的典型距离大约是 1.32 埃（Å）。导致动画结构展示不正确，需要手动删除然后，建模修复。这里的221和222就是moderller修复之后的结果，原始的1ao7在216-230都是缺失的。可能moderller修复参数不正确，导致221和222位置修复不合理。 +`1ao7` E 链 221-225 THR 是缺失 PDB文件结构也正常 可能是坐标脱离太原导致缺失。 经过观察，221和222为的TRP和GLU 肽键的C-N长度为2.0 埃（Å），碳（C）和氮（N）原子之间的典型距离大约是 1.32 埃（Å）。导致动画结构展示不正确，需要手动删除然后，建模修复。这里的221和222就是moderller修复之后的结果，原始的1ao7在216-230都是缺失的。可能moderller修复参数不正确，导致221和222位置修复不合理。这个结果已经交付，说明MD模拟成功，证明这里可以正常跑MD，因此同样问题的`6bga`应该也能正常进行MD模拟。 `3qiu` `4ozf` 拖尾 @@ -105,7 +105,7 @@ peptide P `7jwj` A链拖尾太长 -`5ksa` peptide （J 链）-1 到1发现缺失（0位缺失），但是实际上需不需要修复的，但是进行了修复，所以这里是peptide编号错误。 +`5ksa` peptide （J 链）-1 到1发现缺失（0位缺失），但是实际上需不需要修复的，但是进行了修复，所以这里是peptide编号错误。手动将J链编号-1改为0，重新进行同源建模修复，pdb_test4 `6bga` B链 138-139 位置不合理缺失，需要手动删除序列位置然后修复，原始的6bga也是可能moderller修复参数不正确，导致 138-139 位置修复不合理。