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## 2.1.2 Linux版本
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注意:本节的中文版可在我的博客文章“Linux下安装Multiwfn的中文说明”中找到([http://sobereva.com/688](http://sobereva.com/688))。
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- **解压Multiwfn二进制包**
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- 确保已安装motif包,该包提供了`libXm.so.4`文件,完整版本的Multiwfn无法在没有该文件的情况下启动。Motif可在[https://motif.ics.com/motif/downloads](https://motif.ics.com/motif/downloads)免费获取。如果你是CentOS或Red Hat Linux用户,且尚未安装motif,可以直接运行`yum install motif`命令来安装;或者你可以下载对应的rpm包(例如`motif-2.3.4-1.x86_64.rpm`)并手动安装。如果你是Ubuntu用户,运行以下命令安装:
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\`\`\`bash
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sudo apt-get install libxm4 libgl1
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\`\`\`
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或者下载deb包(例如`libmotif4_2.3.4-1_amd64.deb`)并手动安装。
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- **在`~/.bashrc`文件中添加以下行**(可以使用例如`vi ~/.bashrc`命令):
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\`\`\`bash
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export OMP_STACKSIZE=1000M
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ulimit -s unlimited
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\`\`\`
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这些行代码移除了栈内存的限制,并为每个OpenMP线程定义了1000MB的栈大小用于并行计算。详细信息见第2.4节。
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**注意**:如果`ulimit -s unlimited`在你的系统上无法正常工作,请尝试使用`ulimit -Sn unlimited`代替。
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- **运行**:
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\`\`\`bash
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cat /proc/sys/kernel/shmmax
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\`\`\`
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检查SysV共享内存段的大小是否足够大(单位为字节);如果值太小,Multiwfn在分析大波函数时可能会崩溃。要增大此值,例如,你可以在`/etc/sysctl.conf`中添加`kernel.shmmax = 5000000000`,然后重启系统,这样上限将增加到大约5GB。
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- 假设你使用的是Bash Shell,并且已经将Multiwfn包解压到了`/sob/Multiwfn_3.6_bin_Linux`文件夹中,你应该将以下行添加到`~/.bashrc`文件中:
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\`\`\`bash
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export Multiwfnpath=/sob/Multiwfn_3.6_bin_Linux
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export PATH=$PATH:/sob/Multiwfn_3.6_bin_Linux
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\`\`\`
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- **运行以下命令为Multiwfn可执行文件添加可执行权限**:
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\`\`\`bash
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chmod +x /sob/Multiwfn_3.6_bin_Linux/Multiwfn
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\`\`\`
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- **按照上一节中的说明配置Multiwfn文件夹中的`settings.ini`文件**。
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6 配置settings.ini
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编辑Multiwfn目录下的settings.ini,搜索nthreads,将之数值改为计算时要用的并行核数,通常设为CPU的物理核心数即可。
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settings.ini里还有几个其它设置想改的话可以根据需要修改一下
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•formchkpath:定义的是Gaussian目录下的formchk程序的路径。formchk是干嘛的在《详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换》(http://sobereva.com/379)里明确说了。如果把它设成了formchk的实际的路径,Multiwfn就可以直接载入Gaussian的chk文件(在载入时会自动调用formchk转换成fch文件后载入)。
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•orca_2mklpath:如果设成了ORCA目录下的orca_2mkl可执行文件的路径,Multiwfn就可以直接载入ORCA计算产生的gbw文件(在载入时会自动调用orca_2mkl转换成molden文件后载入)。
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•gaupath和orcapath:当它们分别设成了Gaussian和ORCA的可执行文件的路径,Multiwfn的一些功能才能自动调用Gaussian和ORCA进行计算,如《使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量》(http://sobereva.com/484)介绍的功能。
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- 重新进入终端后,你可以通过简单地运行`Multiwfn`命令在任何地方启动Multiwfn。
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- 如果你通过远程连接以文本模式使用Multiwfn,并且发现Multiwfn在加载输入文件后大约两秒钟内卡住,请将以下内容添加到`~/.bashrc`文件中:
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\`\`\`bash
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export DISPLAY=":0"
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\`\`\`
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- Multiwfn的Linux版本在CentOS 6/7/8、Rocky Linux 9和Ubuntu 12/14/16/22上运行良好。我不能保证该程序完全兼容所有其他Linux发行版。如果系统提示你在启动Multiwfn时缺少某些动态链接库(.so文件),请尝试找到并安装包含相应.so文件的包。
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- 如果由于缺少或不兼容某些与图形相关的库文件而在运行/编译Multiwfn时遇到困难,并且同时你不需要Multiwfn的任何可视化功能,你可以在不支持GUI的情况下运行/编译Multiwfn,所有与GUI和地图绘制无关的功能仍将正常工作。请查阅源码包中的“COMPLIATION_METHOD.txt”了解如何编译此特殊版本的详细信息,该版本的预编译可执行文件也可以从Multiwfn网站下载(称为“noGUI”版本)。
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如果你是通过纯文本界面连接远程Linux服务器并在上面执行Multiwfn的普通版,并且发现启动Multiwfn时会短暂卡住,在~/.bashrc文件末尾加入export DISPLAY=":0"可以避免。 |