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orca/multiwfn_installation_guide(20240926100545).md
2025-03-15 11:08:51 +08:00

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## 2.1.2 Linux版本
注意本节的中文版可在我的博客文章“Linux下安装Multiwfn的中文说明”中找到[http://sobereva.com/688](http://sobereva.com/688))。
- **解压Multiwfn二进制包**
- 确保已安装motif包该包提供了`libXm.so.4`文件完整版本的Multiwfn无法在没有该文件的情况下启动。Motif可在[https://motif.ics.com/motif/downloads](https://motif.ics.com/motif/downloads)免费获取。如果你是CentOS或Red Hat Linux用户且尚未安装motif可以直接运行`yum install motif`命令来安装或者你可以下载对应的rpm包例如`motif-2.3.4-1.x86_64.rpm`并手动安装。如果你是Ubuntu用户运行以下命令安装
\`\`\`bash
sudo apt-get install libxm4 libgl1
\`\`\`
或者下载deb包例如`libmotif4_2.3.4-1_amd64.deb`)并手动安装。
- **在`~/.bashrc`文件中添加以下行**(可以使用例如`vi ~/.bashrc`命令):
\`\`\`bash
export OMP_STACKSIZE=1000M
ulimit -s unlimited
\`\`\`
这些行代码移除了栈内存的限制并为每个OpenMP线程定义了1000MB的栈大小用于并行计算。详细信息见第2.4节。
**注意**:如果`ulimit -s unlimited`在你的系统上无法正常工作,请尝试使用`ulimit -Sn unlimited`代替。
- **运行**
\`\`\`bash
cat /proc/sys/kernel/shmmax
\`\`\`
检查SysV共享内存段的大小是否足够大单位为字节如果值太小Multiwfn在分析大波函数时可能会崩溃。要增大此值例如你可以在`/etc/sysctl.conf`中添加`kernel.shmmax = 5000000000`然后重启系统这样上限将增加到大约5GB。
- 假设你使用的是Bash Shell并且已经将Multiwfn包解压到了`/sob/Multiwfn_3.6_bin_Linux`文件夹中,你应该将以下行添加到`~/.bashrc`文件中:
\`\`\`bash
export Multiwfnpath=/sob/Multiwfn_3.6_bin_Linux
export PATH=$PATH:/sob/Multiwfn_3.6_bin_Linux
\`\`\`
- **运行以下命令为Multiwfn可执行文件添加可执行权限**
\`\`\`bash
chmod +x /sob/Multiwfn_3.6_bin_Linux/Multiwfn
\`\`\`
- **按照上一节中的说明配置Multiwfn文件夹中的`settings.ini`文件**。
6 配置settings.ini
编辑Multiwfn目录下的settings.ini搜索nthreads将之数值改为计算时要用的并行核数通常设为CPU的物理核心数即可。
settings.ini里还有几个其它设置想改的话可以根据需要修改一下
•formchkpath定义的是Gaussian目录下的formchk程序的路径。formchk是干嘛的在《详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换》http://sobereva.com/379里明确说了。如果把它设成了formchk的实际的路径Multiwfn就可以直接载入Gaussian的chk文件在载入时会自动调用formchk转换成fch文件后载入
•orca_2mklpath如果设成了ORCA目录下的orca_2mkl可执行文件的路径Multiwfn就可以直接载入ORCA计算产生的gbw文件在载入时会自动调用orca_2mkl转换成molden文件后载入
•gaupath和orcapath当它们分别设成了Gaussian和ORCA的可执行文件的路径Multiwfn的一些功能才能自动调用Gaussian和ORCA进行计算如《使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量》http://sobereva.com/484介绍的功能。
- 重新进入终端后,你可以通过简单地运行`Multiwfn`命令在任何地方启动Multiwfn。
- 如果你通过远程连接以文本模式使用Multiwfn并且发现Multiwfn在加载输入文件后大约两秒钟内卡住请将以下内容添加到`~/.bashrc`文件中:
\`\`\`bash
export DISPLAY=":0"
\`\`\`
- Multiwfn的Linux版本在CentOS 6/7/8、Rocky Linux 9和Ubuntu 12/14/16/22上运行良好。我不能保证该程序完全兼容所有其他Linux发行版。如果系统提示你在启动Multiwfn时缺少某些动态链接库.so文件请尝试找到并安装包含相应.so文件的包。
- 如果由于缺少或不兼容某些与图形相关的库文件而在运行/编译Multiwfn时遇到困难并且同时你不需要Multiwfn的任何可视化功能你可以在不支持GUI的情况下运行/编译Multiwfn所有与GUI和地图绘制无关的功能仍将正常工作。请查阅源码包中的“COMPLIATION_METHOD.txt”了解如何编译此特殊版本的详细信息该版本的预编译可执行文件也可以从Multiwfn网站下载称为“noGUI”版本
如果你是通过纯文本界面连接远程Linux服务器并在上面执行Multiwfn的普通版并且发现启动Multiwfn时会短暂卡住在~/.bashrc文件末尾加入export DISPLAY=":0"可以避免。