macro_lactone_toolkit

macro_lactone_toolkit 是一个用于 12-20 元大环内酯识别、canonical numbering、侧链裂解和拼接准备的 Python 工具包。

先看哪里

• 只想快速上手: docs/index.md
• 只想看编号规则: docs/user-guide/ring-numbering.md
• 只想看项目结构: docs/development/project-structure.md
• 只想看 agent 入口: AGENTS.md

渐进式入口

1. 先确认编号契约

这个仓库只有一套 canonical numbering：

• 1 = 内酯羰基碳
• 2 = 相邻酯氧
• 3..N = 从 2 位出发沿环唯一图遍历顺序继续编号

对 16 元环，镜像映射是固定的：

• 3 → 16
• 4 → 15
• 5 → 14
• 6 → 13
• 7 → 12
• 8 → 11
• 9 → 10
• 10 → 9
• 11 → 8
• 12 → 7
• 13 → 6
• 14 → 5
• 15 → 4
• 16 → 3

这不是视觉顺时针/逆时针切换，公开 API 也不提供 clockwise / anticlockwise 参数。

2. 再看最小用法

from macro_lactone_toolkit import MacroLactoneAnalyzer, MacrolactoneFragmenter

analyzer = MacroLactoneAnalyzer()
fragmenter = MacrolactoneFragmenter()

print(analyzer.get_valid_ring_sizes("O=C1CCCCCCCCCCCCCCO1"))
print(fragmenter.number_molecule("O=C1CCCCCCCCCCCCCCO1").position_to_atom)

pixi install
pixi run pytest
pixi run macro-lactone-toolkit analyze --smiles "O=C1CCCCCCCCCCCCCCO1"
pixi run macro-lactone-toolkit number --smiles "O=C1CCCCCCCCCCCCCCO1"
pixi run macro-lactone-toolkit fragment --smiles "O=C1CCCC(C)CCCCCCCCCCO1" --parent-id mol_001

3. 再深入到页面

• docs/getting-started.md
• docs/user-guide/index.md
• docs/development/index.md

维护约束

• 根目录 AGENTS.md 是唯一权威 agent 入口。
• 入口文档只保留当前真实存在、持续维护的页面。
• 如果你要把药化文献里的镜像位置拿来对照，先按 canonical numbering 记账，再做镜像转换。