`macro_split` 重构为可安装包 `macro_lactone_toolkit` 的实施计划

Summary

采用“渐进式重构，不推倒重写”的方案：保留仓库里已经可用的 12-20 元环识别、通用编号、侧链 BFS 提取和 dummy 原子思路，删除或降级 16 元环专用路径，把核心能力统一收敛到一个正式可安装、可测试、可 CLI 调用的包。

本次重构完成后，项目要满足这几个结果：

第一动作不是改代码，而是在仓库根目录执行：
- git status --short
- git pull --ff-only
将当前直接放在顶层 src/ 下的运行时代码，改成标准包布局：src/macro_lactone_toolkit/
不保留 src.* 兼容层；README、测试、脚本、入口点全部切到新导入路径
pyproject.toml 改为标准 setuptools src layout 配置，修正：
- 包发现
- 项目名与版本元数据
- console scripts
- pytest 配置
pixi.toml 统一为 Python 3.12，并支持至少：
- osx-arm64
- linux-64
pixi.toml 补齐测试依赖和常用任务：
- test
- lint（只做检查，不自动改写文件）
- smoke-import
README 中所有 from src... 示例全部替换为 from macro_lactone_toolkit...

以 ring_visualization.py 的通用逻辑和参考脚本的编号思路为基础，重构出清晰边界的核心模块，避免“16 元环专用”和“12-20 元环通用”并存。

公开 API 统一为：

行为约定固定如下：

MacroLactoneAnalyzer
- 负责识别 12-20 元环
- 验证环上是否存在有效内酯酯键
- 返回所有命中的有效环尺寸
MacrolactoneFragmenter
- 默认自动识别有效环尺寸
- 若检测到 0 个有效环，抛出明确异常
- 若检测到多个有效环尺寸，默认抛出“歧义异常”，要求调用者显式传 ring_size
- 若调用者传了 ring_size，则只处理该环
RingNumberingResult
- 至少包含：ring_size、ring_atoms、ordered_atoms、carbonyl_carbon_idx、ester_oxygen_idx、atom_to_position、position_to_atom
SideChainFragment
- 至少包含：parent_id、cleavage_position、attachment_atom_idx、fragment_smiles_labeled、fragment_smiles_plain、atom_count、molecular_weight
FragmentationResult
- 至少包含：母分子信息、选定环尺寸、编号结果、所有碎片、错误/警告信息

异常策略固定为：

编号逻辑以“通用 12-20 元环”作为唯一正式实现，不再让旧的 16 元环 ring_numbering.py 充当主入口。

编号规则固定：
- 位置 1 = 环上的内酯羰基碳
- 位置 2 = 环上的酯键氧
- 位置 3-N = 沿确定方向依次编号剩余环原子
编号实现使用统一入口，不能再出现批处理脚本内部偷偷调用 [r16] 专用函数的情况
自动识别时，先找所有 12-20 元环，再验证该环是否为有效大环内酯
侧链识别统一用“环原子邻居中不在环内的原子即侧链起点”
侧链提取统一用 BFS，只沿非环原子扩展
dummy 原子输出固定两套：
- fragment_smiles_labeled：带位置编号 dummy，例如 [5*]
- fragment_smiles_plain：普通 *
dummy 与连接原子的键型必须保留原始键型，不能强制都变成单键
所有裂解结果必须通过 RDKit round-trip：
- Chem.MolFromSmiles(...) 成功
- Chem.MolToSmiles(...) 可再次序列化

交付范围包含正式 CLI，不再依赖散乱脚本作为主要入口。

CLI 设计固定为 3 个命令：

macro-lactone-toolkit analyze
- 输入单个 SMILES 或 CSV
- 输出有效环尺寸、是否歧义、选中的环尺寸
macro-lactone-toolkit number
- 输入单个 SMILES
- 输出编号结果 JSON
macro-lactone-toolkit fragment
- 输入单个 SMILES 或 CSV
- 输出碎片 JSON/CSV，包含 labeled/plain 两套 SMILES

批处理行为固定为：

必须用 pixi 跑完整验证，至少覆盖下面这些场景：

包安装与导入
- pixi run python -c "import macro_lactone_toolkit"
- pixi run pytest
环识别
- 单一有效环尺寸的 12、14、16、20 元环样例
- 无效分子
- 无内酯键分子
- 多有效环尺寸分子，确认抛出 AmbiguousMacrolactoneError
编号
- 位置 1 必须是羰基碳
- 位置 2 必须是酯键氧
- 编号范围必须连续覆盖 1..N
- 同一分子多次运行结果一致
裂解
- 无侧链位置返回空列表
- 有侧链位置返回碎片
- fragment_smiles_labeled 与 fragment_smiles_plain 都能被 RDKit 成功读取
- labeled dummy 保留位置号
- dummy 键型与原键型一致
CLI
- analyze、number、fragment 的基本 smoke test
- CSV 批处理
- 歧义分子跳过与错误日志行为
回归
- 现有 splicing engine 若继续保留，至少保留一个 dummy 拼接回组装测试，确保 labeled dummy 方案可持续扩展