add prepare gro top itp file in gromacs

README.md

@@ -254,3 +254,142 @@ gmx rms -f md.xtc -s md.tpr -o rmsd_protein.xvg
 gmx rms -f md.xtc -s md.tpr -o rmsd_lig.xvg
 //第一次选择骨架部分（protein）第二次选择配体（MOL）
 //可以消除蛋白质整体的运动，观察小分子配体相对于蛋白质的运动
+
+
+## 由于sobtop有点问题
+
+改用方法：参考[博客](https://blog.csdn.net/CocoCream/article/details/124001309)
+
+### RESP 原子电荷生成
+
+利用 ORCA+Multiwfn 生成小分子的 RESP 原子电荷（假设要计算FAD.mol2）：
+
+默认axv2指令集，运行核心数目12
+
+```shell
+cd /root/workdir
+./RESP_ORCA.sh mole.mol2 
+```
+
+ps: `RESP_ORCA.sh` 我进行了调整官方用的版本是界面版本，我用的是 `Multiwfn_noGUI`
+可以参考源码仓库的 `RESP_ORCA.sh` 文件。
+
+运行结束就可以得到一个 mole.chg 文件
+
+### 小分子键的优化
+
+利用 ORCA+Multiwfn，来生成小分子键的优化
+
+这一部分参照了这个[视频](https://www.bilibili.com/video/BV16t411g7AU?share_source=copy_web)的流程和这篇[文章](http://sobereva.com/490)，主要是为了得到 .hess 文件）：
+
+(1)将 FAD.mol2 文件转成 ORCA 输入文件 .inp 格式，
+具体操作为：打开 Multiwfn 并导入第一步中用过的 FAD.mol2 文件，依次输入：
+
+我这里使用 `Multiwfn_noGUI` 版本
+
+容器映射关系： `- ./script/RESP_ORCA.sh:/root/script/RESP_ORCA.sh`
+
+```shell
+Multiwfn_noGUI mole.mol2 # 交互式运行
+Multiwfn_noGUI mole.mol2 > /dev/null << EOF
+100
+2
+12
+\n
+-11
+1
+0
+4
+1
+0
+q
+EOF
+```
+
+操作注释
+
+```plaintext
+100 # #选择其他功能的part 1
+2 #文件转换功能
+12 #生成 ORCA 输入文件
+\n #输入你想保存的路径和名称，如果按回车就会保存在当前文件夹
+-11 #选择 ORCA 版本
+1 # 选择 ORCA 5.0 更高版本
+0 #更改任务类型，因为我们要进行键的优化嘛
+4 #优化
+1 # B97-3c
+0 # exit
+q # exit
+```
+
+最后会得到一个 mole.inp 文件
+
+(2)使用 ORCA 得到 .hess 文件；在.inp 文件（假设它叫 mole.inp）所在位置打开 cmd，输入：
+
+需要使用绝对路径计算
+
+```shell
+/root/orca_6_0_0_shared_openmpi416_avx2/orca mole.inp > mole.out
+# 不行就试试ORCAPATH\orca mole.inp > mole.out，其中ORCAPATH是你的orca的绝对路径）等待计算完成就可以啦。
+```
+
+(3) 使用sobtop生成topo
+
+容器中已经安装在`/root/sobtop`
+
+使用前将生成的.chg 文件和.hess 文件和.mol2 放到同一个文件夹中，执行：
+
+操作前准备：
+
+```shell
+cp -r /root/sobtop/* ./
+chmod +x ./sobtop
+chmod +x ./atomtype
+/root/workdir/sobtop mole.mol2
+```
+
+操作
+
+```shell
+/root/workdir/sobtop mole.mol2 > /dev/null << EOF
+7
+10
+/root/workdir/mole.chg
+0
+2
+/root/workdir/mole.gro
+-1
+4
+1
+2
+2
+/root/workdir/mole.hess
+/root/workdir/mole.top
+/root/workdir/mole.itp
+0
+EOF
+```
+
+操作注释
+
+```plaintext
+'.mol2 path' #键入原本的 .mol2 文件的绝对路径
+7 #添加电荷
+10 #添加由 Multiwfn 生成的 .chg 文件
+'.chg path' #键入第一步中得到的 .chg 文件的绝对路径
+0 #返回
+2 #产生 .gro 文件
+'your path' #你希望储存的路径和名称，按回车就会生成在默认（应该是sobtop.exe所在的）文件夹里
+-1 #设置力场的产生方法
+4 #选用 DRIH 方法
+1 #产生 GROMACS 拓扑文件
+2 #使用 GAFF 原子类型，没法识别的自动用 UFF 原子类型
+2 #通过DRIH方法得到力常数
+'.hess path' #键入第二步中得到的 .hess 文件的绝对路径
+'' #.top的储存路径和名称，按回车就会生成在默认文件夹里（和sobtop.exe在同一个文件夹内）
+'' #.itp的储存路径和名称，同上
+#输出结束且无报错之后
+0
+```
+
+然后，就得到了相应的.gro、.top和.itp文件了，接下来可以进行gromacs的分子动力学运算了。