diff --git a/README.md b/README.md index 2589289..00f63e2 100755 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -254,3 +254,142 @@ gmx rms -f md.xtc -s md.tpr -o rmsd_protein.xvg gmx rms -f md.xtc -s md.tpr -o rmsd_lig.xvg //第一次选择骨架部分(protein)第二次选择配体(MOL) //可以消除蛋白质整体的运动,观察小分子配体相对于蛋白质的运动 + + +## 由于sobtop有点问题 + +改用方法:参考[博客](https://blog.csdn.net/CocoCream/article/details/124001309) + +### RESP 原子电荷生成 + +利用 ORCA+Multiwfn 生成小分子的 RESP 原子电荷(假设要计算FAD.mol2): + +默认axv2指令集,运行核心数目12 + +```shell +cd /root/workdir +./RESP_ORCA.sh mole.mol2 +``` + +ps: `RESP_ORCA.sh` 我进行了调整官方用的版本是界面版本,我用的是 `Multiwfn_noGUI` +可以参考源码仓库的 `RESP_ORCA.sh` 文件。 + +运行结束就可以得到一个 mole.chg 文件 + +### 小分子键的优化 + +利用 ORCA+Multiwfn,来生成小分子键的优化 + +这一部分参照了这个[视频](https://www.bilibili.com/video/BV16t411g7AU?share_source=copy_web)的流程和这篇[文章](http://sobereva.com/490),主要是为了得到 .hess 文件): + +(1)将 FAD.mol2 文件转成 ORCA 输入文件 .inp 格式, +具体操作为:打开 Multiwfn 并导入第一步中用过的 FAD.mol2 文件,依次输入: + +我这里使用 `Multiwfn_noGUI` 版本 + +容器映射关系: `- ./script/RESP_ORCA.sh:/root/script/RESP_ORCA.sh` + +```shell +Multiwfn_noGUI mole.mol2 # 交互式运行 +Multiwfn_noGUI mole.mol2 > /dev/null << EOF +100 +2 +12 +\n +-11 +1 +0 +4 +1 +0 +q +EOF +``` + +操作注释 + +```plaintext +100 # #选择其他功能的part 1 +2 #文件转换功能 +12 #生成 ORCA 输入文件 +\n #输入你想保存的路径和名称,如果按回车就会保存在当前文件夹 +-11 #选择 ORCA 版本 +1 # 选择 ORCA 5.0 更高版本 +0 #更改任务类型,因为我们要进行键的优化嘛 +4 #优化 +1 # B97-3c +0 # exit +q # exit +``` + +最后会得到一个 mole.inp 文件 + +(2)使用 ORCA 得到 .hess 文件;在.inp 文件(假设它叫 mole.inp)所在位置打开 cmd,输入: + +需要使用绝对路径计算 + +```shell +/root/orca_6_0_0_shared_openmpi416_avx2/orca mole.inp > mole.out +# 不行就试试ORCAPATH\orca mole.inp > mole.out,其中ORCAPATH是你的orca的绝对路径)等待计算完成就可以啦。 +``` + +(3) 使用sobtop生成topo + +容器中已经安装在`/root/sobtop` + +使用前将生成的.chg 文件和.hess 文件和.mol2 放到同一个文件夹中,执行: + +操作前准备: + +```shell +cp -r /root/sobtop/* ./ +chmod +x ./sobtop +chmod +x ./atomtype +/root/workdir/sobtop mole.mol2 +``` + +操作 + +```shell +/root/workdir/sobtop mole.mol2 > /dev/null << EOF +7 +10 +/root/workdir/mole.chg +0 +2 +/root/workdir/mole.gro +-1 +4 +1 +2 +2 +/root/workdir/mole.hess +/root/workdir/mole.top +/root/workdir/mole.itp +0 +EOF +``` + +操作注释 + +```plaintext +'.mol2 path' #键入原本的 .mol2 文件的绝对路径 +7 #添加电荷 +10 #添加由 Multiwfn 生成的 .chg 文件 +'.chg path' #键入第一步中得到的 .chg 文件的绝对路径 +0 #返回 +2 #产生 .gro 文件 +'your path' #你希望储存的路径和名称,按回车就会生成在默认(应该是sobtop.exe所在的)文件夹里 +-1 #设置力场的产生方法 +4 #选用 DRIH 方法 +1 #产生 GROMACS 拓扑文件 +2 #使用 GAFF 原子类型,没法识别的自动用 UFF 原子类型 +2 #通过DRIH方法得到力常数 +'.hess path' #键入第二步中得到的 .hess 文件的绝对路径 +'' #.top的储存路径和名称,按回车就会生成在默认文件夹里(和sobtop.exe在同一个文件夹内) +'' #.itp的储存路径和名称,同上 +#输出结束且无报错之后 +0 +``` + +然后,就得到了相应的.gro、.top和.itp文件了,接下来可以进行gromacs的分子动力学运算了。 \ No newline at end of file