add plot_rmsd.sh

script/S112D/plot_rmsd.sh

@@ -0,0 +1,33 @@
+#!/bin/bash
+
+# 检查输入参数数量
+if [ "$#" -ne 2 ]; then
+    echo "Usage: $0 input.xvg output.svg"
+    exit 1
+fi
+
+# 获取输入和输出文件名
+input_file=$1
+output_file=$2
+
+# 检查输入文件是否存在
+if [ ! -f "$input_file" ]; then
+    echo "Error: Input file '$input_file' not found!"
+    exit 1
+fi
+
+# 使用 Gnuplot 生成输出文件
+gnuplot << EOF
+set terminal svg size 800,600
+set output '${output_file}'
+
+# 设置标题和轴标签
+set title 'RMSD Analysis'
+set xlabel 'Time (ns)'
+set ylabel 'RMSD (nm)'
+
+# 读取数据文件并绘制，使用第1列和第2列，忽略注释行
+plot '${input_file}' using 1:2 with lines title 'RMSD (nm)'
+EOF
+
+echo "Plot generated: ${output_file}"