运行时候 docker 内的路径与权限问题解决方案

README.md

@@ -57,6 +57,47 @@ Nginx (Reverse Proxy)
 - 环境变量示例: `backend/.env.example`
 - 常用命令: `make help`
 
+### macOS + Podman 使用注意事项
+
+- Podman 在 macOS 上通过虚拟机运行，宿主目录绑定到容器时，写权限可能受限。
+- 我们已在运行逻辑中对 macOS 进行特殊处理：将输入复制到容器内 `/tmp/input`，在 `/tmp` 执行 BtToxin_Digger，结束后把 `Results/` 与关键输出复制回挂载的 `/workspace`（宿主输出目录）。
+- 如仍遇写入问题：
+  - 在 Podman Desktop 的虚拟机共享目录中，添加项目路径并开启写权限。
+  - 如需，启用 rootful 模式并重启：`podman machine stop && podman machine set --rootful && podman machine start`
+  - 手动验证挂载：`podman run --rm -v $(pwd)/tests/output:/workspace:rw alpine sh -lc 'echo ok > /workspace/test.txt && ls -l /workspace'`
+
+### 本地离线容器测试（可选）
+
+使用 `scripts/test_bttoxin_digger.py` 最小测试：
+
+```bash
+uv run python scripts/test_bttoxin_digger.py
+```
+
+要求：`tests/test_data` 下存在 `97-27.fna` 与 `C15.fna`，测试成功后在 `tests/output/Results/Toxins` 看到 6 个关键文件。
+
+### 单目录方案（跨平台稳定写入）
+
+- 运行前，程序会将输入文件复制到宿主输出目录下的 `input_files/` 子目录；容器仅挂载该输出目录（读写）为 `/workspace`。
+- 工具运行时的 `--SeqPath` 指向 `/workspace/input_files`，工作目录也固定在 `/workspace`；所有结果与中间文件都会落在宿主的 `tests/output/` 下。
+
+目录示例：
+
+```
+tests/output/
+├── input_files/          # 输入文件副本
+│   ├── 97-27.fna
+│   └── C15.fna
+├── Results/              # BtToxin_Digger 输出
+│   └── Toxins/
+│       ├── 97-27.list
+│       ├── 97-27.gbk
+│       └── ...
+├── StatsFiles/           # 统计文件（如有）
+├── All_Toxins.txt
+└── BtToxin_Digger.log
+```
+
 ## License
 
 MIT License