From 675bce4b5a4075cfd5b8ae2c22ab7aa5bf81f62f Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: lingyuzeng <pylyzeng@gmail.com>
Date: Mon, 13 Oct 2025 22:08:22 +0800
Subject: [PATCH] =?UTF-8?q?=E8=BF=90=E8=A1=8C=E6=97=B6=E5=80=99=20docker?=
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MIME-Version: 1.0
Content-Type: text/plain; charset=UTF-8
Content-Transfer-Encoding: 8bit

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 README.md | 41 +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
 1 file changed, 41 insertions(+)

diff --git a/README.md b/README.md
index 77d4dbe..e0d2934 100644
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+++ b/README.md
@@ -57,6 +57,47 @@ Nginx (Reverse Proxy)
 - 环境变量示例: `backend/.env.example`
 - 常用命令: `make help`
 
+### macOS + Podman 使用注意事项
+
+- Podman 在 macOS 上通过虚拟机运行，宿主目录绑定到容器时，写权限可能受限。
+- 我们已在运行逻辑中对 macOS 进行特殊处理：将输入复制到容器内 `/tmp/input`，在 `/tmp` 执行 BtToxin_Digger，结束后把 `Results/` 与关键输出复制回挂载的 `/workspace`（宿主输出目录）。
+- 如仍遇写入问题：
+  - 在 Podman Desktop 的虚拟机共享目录中，添加项目路径并开启写权限。
+  - 如需，启用 rootful 模式并重启：`podman machine stop && podman machine set --rootful && podman machine start`
+  - 手动验证挂载：`podman run --rm -v $(pwd)/tests/output:/workspace:rw alpine sh -lc 'echo ok > /workspace/test.txt && ls -l /workspace'`
+
+### 本地离线容器测试（可选）
+
+使用 `scripts/test_bttoxin_digger.py` 最小测试：
+
+```bash
+uv run python scripts/test_bttoxin_digger.py
+```
+
+要求：`tests/test_data` 下存在 `97-27.fna` 与 `C15.fna`，测试成功后在 `tests/output/Results/Toxins` 看到 6 个关键文件。
+
+### 单目录方案（跨平台稳定写入）
+
+- 运行前，程序会将输入文件复制到宿主输出目录下的 `input_files/` 子目录；容器仅挂载该输出目录（读写）为 `/workspace`。
+- 工具运行时的 `--SeqPath` 指向 `/workspace/input_files`，工作目录也固定在 `/workspace`；所有结果与中间文件都会落在宿主的 `tests/output/` 下。
+
+目录示例：
+
+```
+tests/output/
+├── input_files/          # 输入文件副本
+│   ├── 97-27.fna
+│   └── C15.fna
+├── Results/              # BtToxin_Digger 输出
+│   └── Toxins/
+│       ├── 97-27.list
+│       ├── 97-27.gbk
+│       └── ...
+├── StatsFiles/           # 统计文件（如有）
+├── All_Toxins.txt
+└── BtToxin_Digger.log
+```
+
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 MIT License