analysis_pdb

install environment

micromamba create -n modeller modeller biopython pymol-open-source biopandas requests ipython ipykernel pydantic -y -c conda-forge -c salilab
# modeller注册码：MODELIRANJE (<conda_env>//lib/modeller-10.4/modlib/modeller/config.py)

modeller注册码：`MODELIRANJE``

test

cp pdb_test/5isz.pdb pdb_gjm/
gmx_mpi pdb2gmx -f 5isz.pdb -o 5isz.gro -ff amber99sb-ildn -water tip3p -ignh -p topol.top

记录

7rtr 对比序列太长，需要去除尾端

无缺失：1bd2,

1d9k

tcr: AB mhc CD peptide P

1kj2 p周围只有三条链

3C5Z 3C60 3O6F 3PL6 3RDT 4MAY 4P4K 没有peptide

3GJF K、L链 空间位置不正确。

4z7u 重叠，缺失链，tcr，hmc只有一半

6avf H 链太长

6px6 B 链太长

6py2 B 链太长

6u3n B 链111修复失败

7rk7 7rtr 拖尾

6uk4 6uln 6vm8 7l1d 7rrg 仅有HMC呈递peptide，没有TCR识别互相作用

7jwj A链拖尾太长

tcr: DE mhc I

peptide Q

3mv7 3mv8 3mv9 D链修复有问题，没有修复成功。

``