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2024-03-07
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['5ksa', '1g6r', '6bga', '6u3n', '1zgl', '7l1d', '3qiu', '2ypl', '7z50', '6uln', '1mwa', '4z7v', '4ozi', '7rrg', '6uk4', '4p2o', '6vm8', '5ksb'] 重新建模
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# 1g6r: Align 对齐过程中，序列编号出错导致残基缺失，进而导致MD模拟后续失败
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# 6u3n: A开头地方与B链的碰撞
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6uk4: 结构分散（不适合模拟）
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6uln: 结构分散（不适合模拟）
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6vm8: 结构分散（不适合模拟）
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7l1d: 无碰撞，结构分散（不适合模拟）
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7rrg: 无碰撞，结构分散（不适合模拟）
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# 7z50: A与B链的碰撞
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# 1mwa: B链116缺失
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# 1zgl: M链122,123缺失
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# 2ypl: D链124E链121碰撞
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# 3qiu: A与B链的碰撞
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# 4ozi: A链72位与B链5位（β折叠）碰撞
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# 4p2o: A链67位与B链4位碰撞
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# 4z7v: C链96位与D链105碰撞
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5ksa: 缺失过多导致修复后loop过多（不适合模拟）
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# 5ksb: C链83位与D链5位碰撞
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# 6bga: B链137，138虚线缺失
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最终确定：['6bga', '5ksb', '4z7v', '4p2o', '4ozi', '3qiu', '2ypl', '1zgl', '1mwa', '7z50', '6u3n', '1g6r']
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1zgl [{'chain_id': 'P', 'start_residue': 63, 'end_residue': 104, 'estimated_missing': 0}] B链M链缺失太多，修复之后loop过多，不适合模拟
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1g6r [{'chain_id': 'B', 'start_residue': 109, 'end_residue': 237, 'estimated_missing': 0}] 修复
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1mwa [{'chain_id': 'B', 'start_residue': 116, 'end_residue': 316, 'estimated_missing': 0}] 多处编号错误B链
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6bga [{'chain_id': 'B', 'start_residue': 112, 'end_residue': 198, 'estimated_missing': 0}] B链两处缺失虚线
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放手动修复的pdb文件，再提取单聚体后手动修复残缺编号。
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1g6r.manualfix.pdb
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1mwa.manualfix.pdb
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6bga.modellerfix.pdb B链碰撞导致缺失
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cp ../pdb_test7/runner_5ksb/5ksb.modellerfix.pdb ./
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## pyrosetta fastrelax
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# 使用pyrosetta快速修复蛋白缺失的侧链
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from pathlib import Path
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import pyrosetta
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from pyrosetta import rosetta
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from multiprocessing import Pool
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def fix_optimize(file: Path, out_file: Path):
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FastRelax使用快速梯度下降算法，可以在较短时间内对蛋白质进行优化，并且对于结构中的非构象缺陷，例如氢键、离子对、芳香性相互作用和溶剂-蛋白质相互作用等进行优化。
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ref2015是Rosetta程序包中的一个分数函数，它是Rosetta2015中引入的一个新的蛋白质力场，用于蛋白质结构预测和设计。这个力场是从先前的Rosetta力场中提炼出来的，经过了一系列的校正和优化，可以更好地预测蛋白质的折叠构象。在FastRelax中，ref2015可以作为一个可选参数来指定使用哪个力场来进行优化。
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:param file:
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:param out_file:
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:return:
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# 使用pyrosetta修复蛋白结构
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# 初始化PyRosetta
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pyrosetta.init()
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# 读入蛋白质结构
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pose = pyrosetta.pose_from_pdb(file.as_posix())
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# fix residue side chain
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scorefxn = pyrosetta.create_score_function('ref2015')
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relax = pyrosetta.rosetta.protocols.relax.FastRelax(scorefxn)
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relax.apply(pose)
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# 输出修复后的结构
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pose.dump_pdb(out_file.as_posix())
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