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2024-03-18 13:50:17 +08:00

3.0 KiB

Raw Blame History

2024-03-07 ['5ksa', '1g6r', '6bga', '6u3n', '1zgl', '7l1d', '3qiu', '2ypl', '7z50', '6uln', '1mwa', '4z7v', '4ozi', '7rrg', '6uk4', '4p2o', '6vm8', '5ksb'] 重新建模

1g6r: Align 对齐过程中，序列编号出错导致残基缺失，进而导致MD模拟后续失败

6u3n: A开头地方与B链的碰撞

6uk4: 结构分散（不适合模拟） 6uln: 结构分散（不适合模拟） 6vm8: 结构分散（不适合模拟） 7l1d: 无碰撞，结构分散（不适合模拟） 7rrg: 无碰撞，结构分散（不适合模拟）

7z50: A与B链的碰撞

1mwa: B链116缺失

1zgl: M链122,123缺失

2ypl: D链124E链121碰撞

3qiu: A与B链的碰撞

4ozi: A链72位与B链5位（β折叠）碰撞

4p2o: A链67位与B链4位碰撞

4z7v: C链96位与D链105碰撞

5ksa: 缺失过多导致修复后loop过多（不适合模拟）

5ksb: C链83位与D链5位碰撞

6bga: B链137，138虚线缺失

最终确定：['6bga', '5ksb', '4z7v', '4p2o', '4ozi', '3qiu', '2ypl', '1zgl', '1mwa', '7z50', '6u3n', '1g6r']

1zgl [{'chain_id': 'P', 'start_residue': 63, 'end_residue': 104, 'estimated_missing': 0}] B链M链缺失太多，修复之后loop过多，不适合模拟 1g6r [{'chain_id': 'B', 'start_residue': 109, 'end_residue': 237, 'estimated_missing': 0}] 修复 1mwa [{'chain_id': 'B', 'start_residue': 116, 'end_residue': 316, 'estimated_missing': 0}] 多处编号错误B链 6bga [{'chain_id': 'B', 'start_residue': 112, 'end_residue': 198, 'estimated_missing': 0}] B链两处缺失虚线

放手动修复的pdb文件，再提取单聚体后手动修复残缺编号。

1g6r.manualfix.pdb 1mwa.manualfix.pdb 6bga.modellerfix.pdb B链碰撞导致缺失 cp ../pdb_test7/runner_5ksb/5ksb.modellerfix.pdb ./

pyrosetta fastrelax

# 使用pyrosetta快速修复蛋白缺失的侧链
from pathlib import Path
import pyrosetta
from pyrosetta import rosetta
from multiprocessing import Pool


def fix_optimize(file: Path, out_file: Path):
    '''
    FastRelax使用快速梯度下降算法，可以在较短时间内对蛋白质进行优化，并且对于结构中的非构象缺陷，例如氢键、离子对、芳香性相互作用和溶剂-蛋白质相互作用等进行优化。
    ref2015是Rosetta程序包中的一个分数函数，它是Rosetta2015中引入的一个新的蛋白质力场，用于蛋白质结构预测和设计。这个力场是从先前的Rosetta力场中提炼出来的，经过了一系列的校正和优化，可以更好地预测蛋白质的折叠构象。在FastRelax中，ref2015可以作为一个可选参数来指定使用哪个力场来进行优化。
    :param file:
    :param out_file:
    :return: 
    '''
    # 使用pyrosetta修复蛋白结构
    # 初始化PyRosetta
    pyrosetta.init()
    # 读入蛋白质结构
    pose = pyrosetta.pose_from_pdb(file.as_posix())
    # fix residue side chain
    scorefxn = pyrosetta.create_score_function('ref2015')
    relax = pyrosetta.rosetta.protocols.relax.FastRelax(scorefxn)
    relax.apply(pose)
    # 输出修复后的结构
    pose.dump_pdb(out_file.as_posix())

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