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576881116a
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add macos support
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2025-10-17 20:35:25 +08:00 |
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34102cf459
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1. 代码修改
models/broad_spectrum_predictor.py:
✅ 新增 StrainPrediction dataclass（单个菌株预测结果）
✅ 更新 BroadSpectrumResult 添加 strain_predictions 字段（pandas.DataFrame 类型）
✅ 添加 to_strain_predictions_list() 方法（类型安全转换）
✅ 新增 _prepare_strain_level_predictions() 方法
✅ 修改 predict_batch() 方法支持 include_strain_predictions 参数
utils/mole_predictor.py:
✅ 添加 include_strain_predictions 参数到所有函数
✅ 添加命令行参数 --include-strain-predictions
✅ 实现菌株级别数据与聚合结果的合并逻辑
✅ 更新所有函数签名和文档字符串
2. 测试验证
✅ 测试基本功能（仅聚合结果）: test_3.csv → 3 行输出
✅ 测试菌株级别预测功能: test_3.csv → 120 行输出（3 × 40）
✅ 验证输出格式正确性
✅ 验证每个分子都有完整的 40 个菌株预测
✅ 验证革兰染色信息正确（18 个阴性菌 + 22 个阳性菌）
3. 文档更新
README.md:
✅ 更新命令行使用示例
✅ 添加 Python API 使用示例（包含菌株预测）
✅ 添加详细的输出格式说明
✅ 添加 40 种菌株列表概览
✅ 添加数据使用场景示例（强化学习、筛选、可视化）
Data/mole/README.md:
✅ 新增"菌株级别预测详情"章节
✅ 完整的 40 种菌株列表（分革兰阴性/阳性）
✅ 数据访问方式示例（CSV 读取、Python API）
✅ 强化学习应用场景（状态表示、奖励函数设计）
✅ 数据可视化代码示例
✅ 性能和存储建议
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2025-10-17 16:46:04 +08:00 |
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62e0f3d6aa
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一般情况更新，文件注释等
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2025-10-17 16:08:44 +08:00 |
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f30f9ccd3d
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mole env
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2025-10-17 16:08:14 +08:00 |
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e51f49e87a
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add
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2025-10-17 15:54:13 +08:00 |
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336bfe4b65
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add mole predcit module
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2025-10-17 15:54:00 +08:00 |
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mm644706215
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ea218a3a39
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update
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2025-10-16 17:26:35 +08:00 |
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mm644706215
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b1d437a06d
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25w分子化学空间可视化
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2025-03-20 15:20:57 +08:00 |
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mm644706215
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2b14fef784
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案例分析，100w大环内酯结构的分析与同步命令
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2025-03-19 22:22:59 +08:00 |
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mm644706215
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2cf856c51b
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14元环的大环内酯的化学结构图片位置
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2025-03-19 22:04:57 +08:00 |
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mm644706215
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d104083ea3
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可视化工具操作
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2025-03-19 22:02:18 +08:00 |
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mm644706215
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8960d56f61
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抽象出来smiles的母核结构
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2025-03-19 22:02:03 +08:00 |
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mm644706215
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d5f510ce2c
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add commnet
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2025-02-26 12:56:45 +08:00 |
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mm644706215
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45766db7dd
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update
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2025-02-18 21:25:36 +08:00 |
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mm644706215
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d139286d61
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change numpy version
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2025-02-18 21:25:03 +08:00 |
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mm644706215
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fc359427b4
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add apptainer def
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2024-12-27 15:47:00 +08:00 |
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mm644706215
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1b87eab156
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add config
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2024-12-24 10:25:04 +08:00 |
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mm644706215
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736373c280
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change output fold
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2024-12-23 22:39:22 +08:00 |
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mm644706215
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9ee4b90bbb
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create fold before read
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2024-12-23 22:38:57 +08:00 |
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mm644706215
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4a270fa72d
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listen in 0.0.0.0
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2024-12-23 22:04:01 +08:00 |
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mm644706215
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d08dd1c8f7
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add docker
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2024-12-23 22:03:43 +08:00 |
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pkyawzi
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6e2d2a4715
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link to V1B full database -- file format adjusted
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2020-01-30 11:19:25 -05:00 |
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pkyawzi
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f464becdfc
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link to V1B full database added.
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2020-01-30 11:18:27 -05:00 |
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pkyawzi
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5c0025be91
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link to V1B full database added.
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2020-01-30 11:12:49 -05:00 |
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zinph
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ac318bc227
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README.md file updated.
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2020-01-26 22:59:57 -05:00 |
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zinph
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73b4fce69a
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README.md file updated.
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2020-01-26 19:18:15 -05:00 |
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zinph
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e99c4150fa
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added button to go back to main page. default files work.
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2020-01-26 19:09:52 -05:00 |
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zinph
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1c84b966db
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attached the webapplication GUI
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2020-01-26 18:42:57 -05:00 |
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zinph
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4784da6f77
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name changed and data folder added
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2020-01-21 21:39:52 -05:00 |
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zinph
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79be6fda23
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first commit
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2020-01-21 21:34:26 -05:00 |
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