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结构生物学研究中，硒代蛋氨酸（MSE）通常用作甲硫氨酸（MET）的代理，因为硒元素在X射线晶体学中有更强的散射能力。但在某些情况下，研究人员可能想要从他们对“配体（ligands）”的定义中排除MSE。
MSE作为蛋白质的一部分，有时可能与真正的小分子配体或其他非天然出现的分子混淆。