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# 目录结构说明
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asset放一些学习资料，github仓库放不下就放到网盘中去。
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plugin为自建的pymol的插件开发的一些代码
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scripts为一些脚本文件，主要是测试代码
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## pymol 资源学习绘图
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[各种作用力绘图](https://proteintools.uni-bayreuth.de./)
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## 环境安装
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```shell
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conda install -c conda-forge ffmpeg pymol-open-source biopython loguru ipython rdkit click -y
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```
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## 最高质量渲染
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```shell
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util.performance(0)
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rebuild
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```
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PyMOL可以用多种方式进行录制：
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1. **命令行录制**: 使用`log_open`和`log_close`命令，可以将PyMOL的命令行操作记录到文本文件。
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```
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cmd.log_open('filename.log')
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... # Your operations
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cmd.log_close()
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```
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2. **Ray Tracing**: 使用`ray`命令渲染高质量的图片，然后用其他软件将图片合成为视频。
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3. **使用`mset`和`mview`创建动画**: 如你之前所述，通过这两个命令创建动画，然后使用`mpng`命令将动画导出为PNG帧，最后用其他软件将其合成为视频。
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```
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cmd.mpng('frame_prefix_', 1, 60)
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```
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4. **屏幕录制软件**: 使用外部屏幕录制软件（如OBS、Camtasia等）进行录制。
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5. **PyMOL API和脚本**: 使用PyMOL的Python API和PyMOL脚本，可以更精细地控制录制内容。
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## PyMOL工作目录
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使用`cd`命令改变PyMOL的工作目录。例如：
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```
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cmd.cd("/path/to/new/directory")
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```
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## 图片渲染
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设置600DPI：
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```shell
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width = int(1920 * (600 / 72))
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height = int(1080 * (600 / 72))
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cmd.ray(width, height)
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```
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得到帧1至帧60的PNG图片
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```shell
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cmd.mset("1 x60 61 x60")
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cmd.scene('frame1', 'store')
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cmd.mview('store', state=1, scene='frame1')
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cmd.scene('frame2', 'store')
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cmd.mview('store', state=60, scene='frame2')
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cmd.mview('interpolate')
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for i in range(1, 61):
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cmd.frame(i)
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cmd.ray(1920, 1080, 300)
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cmd.mpng(f'frame_prefix_{i}.png')
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```
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```shell
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from dataclasses import dataclass, field
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from typing import Tuple
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from pathlib import Path
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@dataclass
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class PyMOLAnimator:
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resolution: Tuple[int, int] = (1920, 1080)
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dpi: int = 300
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frame_count: int = 120
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output_dir: Path = field(default_factory=lambda: Path('./'))
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def save_frames(self, scene_1: str, scene_2: str):
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import pymol.cmd as cmd
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# 设置动画帧数
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cmd.mset(f"1 x{self.frame_count} {self.frame_count+1} x{self.frame_count}")
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# 存储第一帧和最后一帧
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cmd.scene(scene_1, 'store')
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cmd.mview('store', state=1, scene=scene_1)
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cmd.scene(scene_2, 'store')
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cmd.mview('store', state=self.frame_count, scene=scene_2)
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# 插值以创建动画
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cmd.mview('interpolate')
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output_path = self.output_dir / 'frame_prefix_'
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# 保存每一帧为PNG图片
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for i in range(1, self.frame_count+1):
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cmd.frame(i)
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cmd.ray(self.resolution[0], self.resolution[1], self.dpi)
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cmd.mpng(str(output_path) + f'{i}.png')
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# 使用
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animator = PyMOLAnimator((1920, 1080), 300, 120, Path('/path/to/save'))
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animator.save_frames('frame1', 'frame2')
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```
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## 场景设置
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`cmd.mview`和`cmd.scene`两者都用于存储视图状态，但用途和范围有所不同：
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### `cmd.mview`
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- **主要用途**: 用于电影插值，在电影播放中创建平滑过渡。
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- **存储内容**: 主要存储相机和对象矩阵，用于电影帧之间的插值。
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- **特定于帧**: 可以为电影中的特定帧或帧范围存储视图。
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- **动画专用**: 主要用于创建复杂的电影动画。
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```
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cmd.mview('store', state=1, scene='frame1')
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```
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这会在状态1下，用场景名`frame1`存储当前相机和对象矩阵。
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### `cmd.scene`
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- **主要用途**: 存储和恢复场景，方便用户随时回到特定的视图和设置。
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- **存储内容**: 存储相机视图、所有对象的活动信息、所有原子的可见性和颜色、所有的表示形式和全局帧索引。
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- **不特定于帧**: 主要用于一般目的的视图保存和恢复。
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```
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cmd.scene('MyScene', 'store', 'This is my special scene')
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```
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这会存储一个名为"MyScene"的场景，并附带一条消息。
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### `select` and `create`
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```shell
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选择所有蛋白质: select 8g2c_pro, polymer.protein
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创建一个新的对象: create 8g2c_pro, polymer.protein
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选择所有核酸: select 8g2c_nucleic, polymer.nucleic
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创建一个新的对象: create 8g2c_nucleic, polymer.nucleic
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选择小分子: select 8g2c_tyk, resn TYK
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```
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### 背景美化
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```shell
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# 1. 设置背景为白色，并将表面透明度设置为 50%
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bg_color white # 设置背景颜色为白色
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set transparency, 0.5 # 设置所有表面透明度为 50%
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# 2. 使表面显示使用原子自身的颜色
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set surface_color_by_atom, 1 # 启用表面按原子颜色显示
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# 3. 蛋白质：着色为橙色，并显示表面
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color orange, polymer.protein # 将所有蛋白质（polymer.protein）着色为橙色
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show surface, polymer.protein # 显示蛋白质的表面
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# 4. 核酸：着色为白色，并显示表面
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color white, polymer.nucleic # 将所有核酸（polymer.nucleic）着色为白色
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show surface, polymer.nucleic # 显示核酸的表面
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# 5. 小分子：根据分子的 ligand id（这里假设用 organic 选择小分子）着色为红色，并显示表面
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color red, organic # 将所有小分子（organic）着色为红色
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show surface, organic # 显示小分子的表面
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```
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## 删除辅因子
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```shell
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# 删除8G2C中的辅因子（保留TYK）
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cmd.remove("resn K or resn MG or resn SF4 or resn ZN")
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# 删除8G2D中的辅因子（保留TYK）
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cmd.remove("resn K or resn MG or resn SF4 or resn ZN")
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## 一些用法笔记
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```bash
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# 关闭阴影渲染
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set ray_shadows, off
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set ray_shadow, 0.2
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# 透明度
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set transparency_mode, 2 # 会优化表面渲染效果，半透明看起来更自然。
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set transparency, 0.5
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# 创建蛋白质与核苷酸对象
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create Protein_obj, polymer.protein
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create RNA_obj, resn A+U+G+C+RA+RU+RG+RC
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```
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## Schrodinger_Suites linux install
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```shell
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cd Schrodinger_Suites_2021-2_Linux-x86_64
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bash INSTALL （或者chmod u+x INSTALL ，之后 ./INSTALL ）
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(接下来选安装路径，比如/home/laiguanxue/softwares/Schrodinger_Suites_2023)
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（后面一路yes）
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(将Crack/patcher拷贝到安装路径中)
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chmod u+x schrodinger-2023-3-patcher-linux
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./schrodinger-2023-3-patcher-linux
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(之后选择破解的版本)
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``` |