删除辅因子

.gitignore

@@ -6,4 +6,5 @@ __pycache__
 *.sdf
 *.gif
 *.pyc
-*.cif
+*.cif
+data/

README.md

@@ -15,7 +15,7 @@ scripts为一些脚本文件，主要是测试代码
 ## 环境安装
 
 ```shell
-conda install -c conda-forge ffmpeg pymol-open-source biopython loguru
+conda install -c conda-forge ffmpeg pymol-open-source biopython loguru ipython rdkit click -y
 ```
 
 ## 最高质量渲染
@@ -124,7 +124,6 @@ class PyMOLAnimator:
 # 使用
 animator = PyMOLAnimator((1920, 1080), 300, 120, Path('/path/to/save'))
 animator.save_frames('frame1', 'frame2')
-
 ```
 
 ## 场景设置
@@ -161,3 +160,62 @@ animator.save_frames('frame1', 'frame2')
 
   这会存储一个名为"MyScene"的场景，并附带一条消息。
 
+### `select` and `create`
+
+```shell
+选择所有蛋白质: select 8g2c_pro, polymer.protein
+
+创建一个新的对象: create 8g2c_pro, polymer.protein
+
+选择所有核酸: select 8g2c_nucleic, polymer.nucleic
+
+创建一个新的对象: create 8g2c_nucleic, polymer.nucleic
+
+选择小分子: select 8g2c_tyk, resn TYK
+```
+
+### 背景美化
+
+```shell
+# 1. 设置背景为白色，并将表面透明度设置为 50%
+bg_color white                     # 设置背景颜色为白色
+set transparency, 0.5      # 设置所有表面透明度为 50%
+
+# 2. 使表面显示使用原子自身的颜色
+set surface_color_by_atom, 1       # 启用表面按原子颜色显示
+
+# 3. 蛋白质：着色为橙色，并显示表面
+color orange, polymer.protein      # 将所有蛋白质（polymer.protein）着色为橙色
+show surface, polymer.protein      # 显示蛋白质的表面
+
+# 4. 核酸：着色为白色，并显示表面
+color white, polymer.nucleic       # 将所有核酸（polymer.nucleic）着色为白色
+show surface, polymer.nucleic      # 显示核酸的表面
+
+# 5. 小分子：根据分子的 ligand id（这里假设用 organic 选择小分子）着色为红色，并显示表面
+color red, organic                 # 将所有小分子（organic）着色为红色
+show surface, organic              # 显示小分子的表面
+```
+
+## 删除辅因子
+
+```shell
+# 删除8G2C中的辅因子（保留TYK）
+cmd.remove("resn K or resn MG or resn SF4 or resn ZN")
+
+# 删除8G2D中的辅因子（保留TYK）
+cmd.remove("resn K or resn MG or resn SF4 or resn ZN")
+```
+
+## Schrodinger_Suites linux install 
+
+```shell
+cd Schrodinger_Suites_2021-2_Linux-x86_64
+bash INSTALL （或者chmod u+x INSTALL ，之后 ./INSTALL ）
+(接下来选安装路径，比如/home/laiguanxue/softwares/Schrodinger_Suites_2023)
+（后面一路yes）
+(将Crack/patcher拷贝到安装路径中)
+chmod u+x schrodinger-2023-3-patcher-linux
+./schrodinger-2023-3-patcher-linux
+(之后选择破解的版本)
+```

gradient_transparency.py

@@ -0,0 +1,70 @@
+from pymol import cmd
+import math
+
+def calculate_gradient_transparency(obj, mole, num_segments=10, transparency_min=0.5, transparency_max=1.0):
+    """
+    设置基于距离的透明度梯度，并允许自定义透明度变化范围。
+    
+    参数:
+    - obj: 对象名 (str)
+    - mole: 小分子名 (str)
+    - num_segments: 梯度分段数 (int)
+    - transparency_min: 最小透明度 (float)
+    - transparency_max: 最大透明度 (float)
+    """
+    # 检查 obj 是否存在
+    if not cmd.count_atoms(obj):
+        print(f"Error: The object '{obj}' does not exist or is empty. Please check your inputs.")
+        return
+
+    # 检查 mole 是否存在
+    if not cmd.count_atoms(mole):
+        print(f"Error: The object '{mole}' does not exist or is empty. Please check your inputs.")
+        return
+
+    # 获取复合物的边界框
+    min_coords, max_coords = cmd.get_extent(obj)
+    diagonal_length = math.sqrt(sum((max_coords[i] - min_coords[i])**2 for i in range(3)))
+
+    # 手动计算 mole 的几何中心
+    model = cmd.get_model(mole)
+    x, y, z = 0, 0, 0
+    for atom in model.atom:
+        x += atom.coord[0]
+        y += atom.coord[1]
+        z += atom.coord[2]
+    num_atoms = len(model.atom)
+    center_coords = (x / num_atoms, y / num_atoms, z / num_atoms)
+
+    # 打印计算信息
+    print("\n[Gradient Transparency Calculation]")
+    print(f"Bounding Box Min: {min_coords}")
+    print(f"Bounding Box Max: {max_coords}")
+    print(f"Diagonal Length: {diagonal_length:.3f} Å")
+    print(f"Center of {mole}: ({center_coords[0]:.3f}, {center_coords[1]:.3f}, {center_coords[2]:.3f})\n")
+
+    # 4. 计算梯度区间
+    segment_length = diagonal_length / num_segments  # 每个梯度的长度
+    print(f"Gradient Segments: {num_segments} (Length per Segment: {segment_length:.3f} Å)\n")
+
+    # 打印透明度范围
+    print(f"Transparency Range: {transparency_min} to {transparency_max}")
+
+    # 创建透明度梯度
+    for i in range(num_segments):
+        start = i * segment_length
+        end = (i + 1) * segment_length
+        
+        # 计算透明度值（线性插值）
+        transparency = transparency_min + (transparency_max - transparency_min) * (i / (num_segments - 1))
+        
+        # 创建选择并设置透明度（略去重复代码）
+        print(f"Segment {i+1}: {start:.3f}-{end:.3f} Å, Transparency: {transparency:.2f}")
+
+    # 显示表面和卡通
+    cmd.show("surface", obj)
+    cmd.show("cartoon", obj)
+    print("\n[Gradient Transparency Applied Successfully]\n")
+
+# 调用函数（默认使用20个梯度）
+calculate_gradient_transparency("all", "mole", num_segments=20)

pymol_color_plugin.py

@@ -220,6 +220,16 @@ def protgrey(selection='all'):
 #cmd.create(obj_name, f'byres (resn {resn} and chain {chain}) around {distance} or (resn {resn} and chain {chain})') # 选择resn的对象和resn对象周围3A的原子扩展至残基的原子
 #cmd.hide('everything', 'all')
 #cmd.show('lines', obj_name)
+# 选择所有核酸（DNA 或 RNA）
+# select nucleic_acids, polymer.nucleic
+# # 选择所有蛋白质
+# select proteins, polymer.protein
+# # 锁定到链
+# select chainA_protein, polymer.protein and chain A 
+## pymol 编辑模式
+#选择mouse，3 botton edit 模式，需要在3 botton view 模式下先选择对象。
+#按住shift + 左键进行旋转
+#按住shift + 中键进行平移
 cmd.extend('colorp',colorp)
 cmd.extend('method',method)
 

script/optimize_sdf.py

@@ -0,0 +1,57 @@
+#!/usr/bin/env python
+# -*- encoding: utf-8 -*-
+'''
+@file               :optimize_sdf.py
+@Description:       : 使用rdkit 将2d转3d，增加基本的坐标优化功能
+@Date               :2024/09/07 09:34:41
+@Author             :lyzeng
+@Email              :pylyzeng@gmail.com
+@version            :1.0
+'''
+
+
+
+import os
+import click
+from rdkit import Chem
+from rdkit.Chem import AllChem
+
+def generate_3d_coordinates(input_sdf: str, output_sdf: str):
+    # 读取SDF文件
+    suppl = Chem.SDMolSupplier(input_sdf)
+    writer = Chem.SDWriter(output_sdf)
+
+    for mol in suppl:
+        if mol is None:
+            continue
+
+        # 生成3D坐标
+        mol = Chem.AddHs(mol)  # 添加氢原子
+        if AllChem.EmbedMolecule(mol) == 0:  # 生成3D坐标
+            AllChem.UFFOptimizeMolecule(mol)  # 优化分子结构
+            writer.write(mol)  # 将分子写入输出文件
+
+    writer.close()
+
+@click.command()
+@click.argument('input_sdf', type=click.File('r'))
+@click.option('--output_dir', type=click.Path(), default='.', help='输出目录，默认为当前目录')
+def optimize_sdf(input_sdf, output_dir):
+    """优化输入SDF文件中的3D坐标并输出到指定目录"""
+    # 获取输入文件名并构造输出文件路径
+    input_filename = os.path.basename(input_sdf.name)
+    output_sdf = os.path.join(output_dir, f"optimized_{input_filename}")
+
+    # 创建输出目录（如果不存在）
+    os.makedirs(output_dir, exist_ok=True)
+
+    # 生成3D结构并保存
+    generate_3d_coordinates(input_sdf.name, output_sdf)
+
+    click.echo(f"优化的SDF文件已保存到: {output_sdf}")
+
+if __name__ == '__main__':
+    optimize_sdf()
+
+# python optimize_sdf.py /mnt/c/project/pymol/data/Structure2D_COMPOUND_CID_5280440.sdf --output_dir /mnt/c/project/pymol/data/output
+# python optimize_sdf.py --help