update

README.md

@@ -15,7 +15,7 @@ scripts为一些脚本文件，主要是测试代码
 ## 环境安装
 
 ```shell
-conda install -c conda-forge ffmpeg pymol-open-source biopython loguru
+conda install -c conda-forge ffmpeg pymol-open-source biopython loguru ipython rdkit click -y
 ```
 
 ## 最高质量渲染
@@ -161,3 +161,15 @@ animator.save_frames('frame1', 'frame2')
 
   这会存储一个名为"MyScene"的场景，并附带一条消息。
 
+## Schrodinger_Suites linux install 
+
+```shell
+cd Schrodinger_Suites_2021-2_Linux-x86_64
+bash INSTALL （或者chmod u+x INSTALL ，之后 ./INSTALL ）
+(接下来选安装路径，比如/home/laiguanxue/softwares/Schrodinger_Suites_2023)
+（后面一路yes）
+(将Crack/patcher拷贝到安装路径中)
+chmod u+x schrodinger-2023-3-patcher-linux
+./schrodinger-2023-3-patcher-linux
+(之后选择破解的版本)
+```

pymol_color_plugin.py

@@ -220,6 +220,12 @@ def protgrey(selection='all'):
 #cmd.create(obj_name, f'byres (resn {resn} and chain {chain}) around {distance} or (resn {resn} and chain {chain})') # 选择resn的对象和resn对象周围3A的原子扩展至残基的原子
 #cmd.hide('everything', 'all')
 #cmd.show('lines', obj_name)
+# 选择所有核酸（DNA 或 RNA）
+# select nucleic_acids, polymer.nucleic
+# # 选择所有蛋白质
+# select proteins, polymer.protein
+# # 锁定到链
+# select chainA_protein, polymer.protein and chain A 
 cmd.extend('colorp',colorp)
 cmd.extend('method',method)