macro_lactone_toolkit

macro_lactone_toolkit 是一个正式可安装的 Python 包，用于 12-20 元有效大环内酯的识别、环编号、侧链裂解和简单拼接回组装。

核心能力

• 默认自动识别 12-20 元有效大环内酯，也允许显式指定 ring_size
• 环编号规则固定为：
  • 位置 1 = 内酯羰基碳
  • 位置 2 = 环上的酯键氧
  • 位置 3-N = 沿统一方向连续编号
• 侧链裂解同时输出两套 SMILES：
  • fragment_smiles_labeled，例如 [5*]
  • fragment_smiles_plain，例如 *
• dummy 原子与连接原子的原始键型保持一致
• 提供正式 CLI：
  • macro-lactone-toolkit analyze
  • macro-lactone-toolkit number
  • macro-lactone-toolkit fragment

环境

推荐使用 pixi，项目已固定到 Python 3.12，并支持 osx-arm64 与 linux-64。

pixi install
pixi run pytest
pixi run python -c "import macro_lactone_toolkit"

Python API

from macro_lactone_toolkit import MacroLactoneAnalyzer, MacrolactoneFragmenter

analyzer = MacroLactoneAnalyzer()
valid_ring_sizes = analyzer.get_valid_ring_sizes("O=C1CCCCCCCCCCCCCCO1")

fragmenter = MacrolactoneFragmenter()
numbering = fragmenter.number_molecule("O=C1CCCCCCCCCCCCCCO1")
result = fragmenter.fragment_molecule("O=C1CCCC(C)CCCCCCCCCCO1", parent_id="mol_001")

CLI

单分子分析：

pixi run macro-lactone-toolkit analyze --smiles "O=C1CCCCCCCCCCCCCCO1"
pixi run macro-lactone-toolkit number --smiles "O=C1CCCCCCCCCCCCCCO1"
pixi run macro-lactone-toolkit fragment --smiles "O=C1CCCC(C)CCCCCCCCCCO1" --parent-id mol_001

CSV 批处理：

pixi run macro-lactone-toolkit fragment \
  --input molecules.csv \
  --output fragments.csv \
  --errors-output fragment_errors.csv

默认读取 smiles 列；若存在 id 列则将其作为 parent_id，否则自动生成 row_<index>。

Legacy Scripts

scripts/ 目录保留为薄封装或迁移提示，不再承载核心实现。正式接口以 macro_lactone_toolkit.* 与 macro-lactone-toolkit CLI 为准。