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- Move AGENTS.md, CLEANUP_SUMMARY.md, DOCUMENTATION_GUIDE.md, IMPLEMENTATION_SUMMARY.md, QUICK_COMMANDS.md to docs/project-docs/ - Update AGENTS.md to include splicing module documentation - Update mkdocs.yml navigation to include project-docs section - Update .gitignore to track docs/ directory - Add docs/plans/ splicing design documents Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>
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4.2 KiB
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# 项目清理总结
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## ✅ 清理完成
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根目录已成功清理，现在更加整洁和专业！
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## 📁 当前根目录结构
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### 保留的 MD 文件（3 个）
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1. **README.md** (7.7 KB)
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- 项目主文档
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- 包含快速开始、安装、核心功能说明
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- 已完全更新为现代化风格
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2. **DOCUMENTATION_GUIDE.md** (7.1 KB)
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- 文档系统使用指南
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- 如何编辑、构建、部署文档
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- 非常实用的参考文档
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3. **QUICK_COMMANDS.md** (2.6 KB)
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- 快速命令参考
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- 常用命令速查表
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- 便于日常使用
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### 归档的文件（14 个）
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已移动到 `archive/` 目录：
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- BATCH_PROCESSING_GUIDE.md
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- BRIDGE_RING_ANALYSIS.md
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- FINAL_REPORT.md
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- FIXES_SUMMARY.md
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- FRAGMENT_ANALYSIS_GUIDE.md
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- INDEX.md
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- LACTONE_DETECTION_FIX.md
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- PROJECT_COMPLETION_SUMMARY.md
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- PROJECT_SUMMARY.md
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- QUICK_GUIDE.md
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- QUICK_START.md
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- RERUN_GUIDE.md
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- SUMMARY.md
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- USAGE_EXAMPLES.md
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这些是开发过程中的临时文档，已归档备份但不再维护。
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## 📚 完整文档位置
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所有重要内容已整合到专业的文档系统中：
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### docs/ 目录结构
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docs/
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├── index.md # 文档首页
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├── getting-started.md # 快速开始（5分钟上手）
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├── installation.md # 详细安装指南
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├── user-guide/ # 用户指南
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│ ├── index.md
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│ ├── fragmenter-usage.md # MacrolactoneFragmenter 使用
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│ ├── ring-numbering.md # 环编号系统
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│ ├── visualization.md # 可视化功能
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│ ├── batch-processing.md # 批量处理
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│ └── data-export.md # 数据导出
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├── tutorials/ # 教程与示例
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│ ├── index.md
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│ ├── basic-tutorial.md
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│ ├── advanced-usage.md
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│ └── use-cases.md
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├── api/ # API 参考（自动生成）
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│ ├── index.md
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│ ├── macrolactone-fragmenter.md
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│ ├── fragment-dataclass.md
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│ ├── ring-numbering.md
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│ ├── ring-visualization.md
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│ └── utilities.md
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├── development/ # 开发者指南
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│ ├── index.md
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│ ├── contributing.md
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│ ├── project-structure.md
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│ └── testing.md
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└── about/ # 关于
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├── index.md
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├── changelog.md
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└── license.md
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## 🎯 清理带来的好处
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1. **更专业**：根目录整洁，符合开源项目规范
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2. **易导航**：只保留最重要的 3 个文档
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3. **不丢失**：旧文档已归档到 `archive/` 目录
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4. **文档化**：完整的文档系统在 `docs/` 目录
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## 🚀 如何查看文档
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### 本地预览
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```bash
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# 启动文档服务器
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pixi run mkdocs serve
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# 访问 http://localhost:8000
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```
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### 构建静态网站
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```bash
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# 构建到 site/ 目录
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pixi run mkdocs build
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```
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### 部署到 GitHub Pages
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```bash
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# 自动构建并部署
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pixi run mkdocs gh-deploy
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```
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## 📋 快速参考
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| 文档 | 用途 | 位置 |
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| 项目介绍 | 快速了解项目 | `README.md` |
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| 快速开始 | 5分钟上手 | `docs/getting-started.md` |
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| 安装指南 | 详细安装步骤 | `docs/installation.md` |
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| 用户指南 | 完整使用说明 | `docs/user-guide/` |
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| API 文档 | 代码参考 | `docs/api/` |
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| 教程示例 | 实际案例 | `docs/tutorials/` |
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| 开发指南 | 贡献代码 | `docs/development/` |
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| 文档系统 | 如何编辑文档 | `DOCUMENTATION_GUIDE.md` |
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| 快速命令 | 常用命令 | `QUICK_COMMANDS.md` |
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## 📊 统计
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### 清理前
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- 根目录 MD 文件：17 个
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- 总大小：~120 KB
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- 状态：混乱，难以导航
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### 清理后
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- 根目录 MD 文件：3 个（保留最重要的）
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- 归档文件：14 个（移动到 archive/）
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- 完整文档：30+ 个（在 docs/ 目录）
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- 状态：整洁，专业，易于使用
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## ✨ 总结
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根目录清理完成！现在项目结构更加清晰：
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- ✅ **根目录**：只有 3 个核心 MD 文件
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- ✅ **docs/**：完整的文档系统（30+ 文件）
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- ✅ **archive/**：历史文档归档
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- ✅ **src/**：核心代码
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- ✅ **notebooks/**：示例 Notebook
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项目现在完全准备好分享、发布和协作！🎉
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*清理日期：2025-11-08*
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