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Executable File
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# analysis_pdb
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## install environment
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```shell
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micromamba create -n modeller modeller biopython pymol-open-source biopandas requests ipython ipykernel pydantic pyfastx ipython -y -c conda-forge -c salilab -c bioconda
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conda create -n pyfastx modeller biopython pymol-open-source biopandas requests ipython ipykernel pydantic pyfastx ipython seaborn -y -c conda-forge -c salilab -c bioconda
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# modeller注册码：MODELIRANJE (<conda_env>//lib/modeller-10.4/modlib/modeller/config.py)
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# 绘图环境 统计test.py
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conda install -c conda-forge seaborn -y
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```
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modeller注册码：`MODELIRANJE`
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## quick start
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多进程调用修复,文件目录`/path/to/pdb/file`,下面的`*.pdb`文件，修复好的文件会自动组装保存至`runner_*/*.modellerfix.pdb`文件
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```shell
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python mainfix.py /path/to/pdb/file modelbuilder.py
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```
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## test
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```shell
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cp pdb_test/5isz.pdb pdb_gjm/
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gmx_mpi pdb2gmx -f 5isz.pdb -o 5isz.gro -ff amber99sb-ildn -water tip3p -ignh -p topol.top
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```
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# 利用 modeller进行 融合蛋白多模板建模
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单模板建模和多模板建模的异同：
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单模板建模是通过序列比对的方法，找到与目标序列相似度最高的一条序列作为模板（序列相似=>结构相似），再在此基础上进行优化。
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多模板建模是通过多序列比对，这些序列中的保守区域的结构特征很容易确定，对于差异的片段，在多条序列片段中找到与目标序列片段最主导（Dominant）的结构。然后将这些碎片的结构拼接成一个完整的目标序列结构。
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多模板建模更容易选择最佳模板
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[参考](https://zhuanlan.zhihu.com/p/127021344)
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[参考](https://blog.csdn.net/weixin_40640700/article/details/90711623)
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测试所用的脚本路径：`<python path>lib/modeller-10.4/examples/commands`
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去 Modeller 下载最新的 [PDB sequences文件](https://salilab.org/modeller/supplemental.html)
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Last update: January 4th, 2024.
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pdball.pir.gz：包含所有蛋白质数据银行（PDB）序列的文件。这个文件可能非常大，因为它包含了PDB中的每一个序列。
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pdb_95.cod.gz：包含在95%身份相似度水平下聚类的代表性PDB代码的文件。这意味着在这个文件中的每个PDB代码代表了一个序列簇，其中的序列彼此间的相似度至少为95%。
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pdb_95.grp.gz：包含每个95%身份相似度聚类的所有PDB代码的文件。这有助于了解特定聚类中包含哪些PDB条目。
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pdb_95.pir.gz：包含95%身份相似度聚类的代表性序列的文件。每个聚类选取一个代表性序列，这些序列的身份相似度至少为95%。
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.cod 文件：通常包含蛋白质数据银行（PDB）中代表性蛋白质结构的PDB代码。在这个上下文中，pdb_95.cod 文件可能包含在95%序列相似度下聚类的代表性PDB结构的PDB代码。
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.grp 文件：含有组成特定聚类的所有PDB代码的文件。例如，pdb_95.grp 文件可能列出了在95%序列相似度聚类中的所有PDB代码，展示了属于同一聚类（即序列相似性高）的蛋白质结构。
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.pir 文件：是Protein Information Resource格式的文件，常用于蛋白质序列和结构的表示。这种格式特别适合于序列比对和蛋白质建模。在您提到的情况中，pdb_95.pir 可能包含了95%相似度聚类中的代表性蛋白质序列。
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使用场景
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高相似度（如95%）：用于更精确地找到与目标序列高度相似的模板，通常用于更精细的同源建模。
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低相似度（如40%）：用于在较宽的范围内寻找模板，可能在研究更广泛的蛋白质家族或进化关系时有用。
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# 记录
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`7rtr` 对比序列太长，需要去除尾端
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无缺失：1bd2,
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`1d9k`
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tcr: AB
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mhc CD
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peptide P
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`1kj2` p周围只有三条链
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`3C5Z` `3C60` `3O6F` `3PL6` `3RDT` `4MAY` `4P4K` 没有peptide
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`3GJF` K、L链 空间位置不正确。
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`4z7u` 重叠，缺失链，tcr，hmc只有一半
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单聚体记录：
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`1ao7` E 链 221-225 THR 是缺失 PDB文件结构也正常 可能是坐标脱离太原导致缺失。 经过观察，221和222为的TRP和GLU 肽键的C-N长度为2.0 埃（Å），碳（C）和氮（N）原子之间的典型距离大约是 1.32 埃（Å）。导致动画结构展示不正确，需要手动删除然后，建模修复。这里的221和222就是moderller修复之后的结果，原始的1ao7在216-230都是缺失的。可能moderller修复参数不正确，导致221和222位置修复不合理。这个结果已经交付，说明MD模拟成功，证明这里可以正常跑MD，因此同样问题的`6bga`应该也能正常进行MD模拟。
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`3qiu` `4ozf` 拖尾
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`6avf` H 链太长
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`6px6` B 链太长
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`6py2` B 链太长
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`6u3n` B 链111修复失败, pymol 观察缺失，但是MOE，其他软件观察没问题，PDB文件结构也正常。可能是坐标脱离太原导致缺失
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`4grl` pymol 观察缺失，但是MOE，其他软件观察没问题，PDB文件结构也正常。可能是坐标脱离太原导致缺失
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`7rk7` `7rtr` 拖尾
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`6uk4` `6uln` `6vm8` `7l1d` `7rrg` 仅有HMC呈递peptide，没有TCR识别互相作用
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`7jwj` A链拖尾太长
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`5ksa` peptide （J 链）-1 到1发现缺失（0位缺失），但是实际上需不需要修复的，但是进行了修复，所以这里是peptide编号错误。手动将J链编号-1改为0，重新进行同源建模修复，pdb_test4修复。
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`6bga` B链 138-139 位置不合理缺失，需要手动删除序列位置然后修复，原始的6bga也是可能moderller修复参数不正确，导致 138-139 位置修复不合理。
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`7rdv` C链拖尾太长，修复失败，需要后续检查原因，卡在B链修复问题，修复bug，pdb_test4修复。
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tcr: DE
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mhc I
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peptide Q
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`3mv7` `3mv8` `3mv9` D链修复有问题，没有修复成功。使用ESMfold 修复D链
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``
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