lingyuzeng/analysis_pdb
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2024-01-15 11:12:56 +08:00
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commit 7113cef7da
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md_gromacs.sh
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@@ -322,4 +322,7 @@ run_command "Generating PDB file" "echo -e '1\n1\n1' | gmx_mpi trjconv -s ${TPR_
# Command 3: 抽取帧生成 .pdb 文件 # Command 3: 抽取帧生成 .pdb 文件
# command_3 = f'echo "Protein\nProtein\nProtein" | gmx trjconv -s {tpr_file} -f {temp_folder}/temp.xtc -n {temp_folder}/tarj_show.ndx -center -fit rot+trans -b 0 -e 0 -o {output_folder}/tarj_show.pdb' # command_3 = f'echo "Protein\nProtein\nProtein" | gmx trjconv -s {tpr_file} -f {temp_folder}/temp.xtc -n {temp_folder}/tarj_show.ndx -center -fit rot+trans -b 0 -e 0 -o {output_folder}/tarj_show.pdb'
# -b 0 -e 0: 指定开始和结束时间，这里设置为0表示只取第一帧。 # -b 0 -e 0: 指定开始和结束时间，这里设置为0表示只取第一帧。
# -o {output_folder}/tarj_show.pdb: 输出为 .pdb 格式，存储在指定的位置。 # -o {output_folder}/tarj_show.pdb: 输出为 .pdb 格式，存储在指定的位置。
# 调用更多GPU负载用法
# mpirun -np 32 gmx_mpi mdrun -deffnm md4 -update gpu -ntomp 1