From 7113cef7da4a64039ec6d83238c28c59ffaaf6da Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: root Date: Mon, 15 Jan 2024 11:12:56 +0800 Subject: [PATCH] add gpu use --- md_gromacs.sh | 5 ++++- 1 file changed, 4 insertions(+), 1 deletion(-) diff --git a/md_gromacs.sh b/md_gromacs.sh index 6380675..464d14d 100755 --- a/md_gromacs.sh +++ b/md_gromacs.sh @@ -322,4 +322,7 @@ run_command "Generating PDB file" "echo -e '1\n1\n1' | gmx_mpi trjconv -s ${TPR_ # Command 3: 抽取帧生成 .pdb 文件 # command_3 = f'echo "Protein\nProtein\nProtein" | gmx trjconv -s {tpr_file} -f {temp_folder}/temp.xtc -n {temp_folder}/tarj_show.ndx -center -fit rot+trans -b 0 -e 0 -o {output_folder}/tarj_show.pdb' # -b 0 -e 0: 指定开始和结束时间，这里设置为0表示只取第一帧。 -# -o {output_folder}/tarj_show.pdb: 输出为 .pdb 格式，存储在指定的位置。 \ No newline at end of file +# -o {output_folder}/tarj_show.pdb: 输出为 .pdb 格式，存储在指定的位置。 + +# 调用更多GPU负载用法 +# mpirun -np 32 gmx_mpi mdrun -deffnm md4 -update gpu -ntomp 1 \ No newline at end of file