update record

README.md

@@ -18,6 +18,48 @@ cp pdb_test/5isz.pdb pdb_gjm/
 gmx_mpi pdb2gmx -f 5isz.pdb -o 5isz.gro -ff amber99sb-ildn -water tip3p -ignh -p topol.top
 ```
 
+# 利用 modeller进行 融合蛋白多模板建模
+
+单模板建模和多模板建模的异同：
+
+单模板建模是通过序列比对的方法，找到与目标序列相似度最高的一条序列作为模板（序列相似=>结构相似），再在此基础上进行优化。
+
+多模板建模是通过多序列比对，这些序列中的保守区域的结构特征很容易确定，对于差异的片段，在多条序列片段中找到与目标序列片段最主导（Dominant）的结构。然后将这些碎片的结构拼接成一个完整的目标序列结构。
+
+多模板建模更容易选择最佳模板
+
+[参考](https://zhuanlan.zhihu.com/p/127021344)
+
+[参考](https://blog.csdn.net/weixin_40640700/article/details/90711623)
+
+测试所用的脚本路径：`<python path>lib/modeller-10.4/examples/commands`
+
+去 Modeller 下载最新的 [PDB sequences文件](https://salilab.org/modeller/supplemental.html)
+
+Last update: January 4th, 2024.
+
+pdball.pir.gz：包含所有蛋白质数据银行（PDB）序列的文件。这个文件可能非常大，因为它包含了PDB中的每一个序列。
+
+pdb_95.cod.gz：包含在95%身份相似度水平下聚类的代表性PDB代码的文件。这意味着在这个文件中的每个PDB代码代表了一个序列簇，其中的序列彼此间的相似度至少为95%。
+
+pdb_95.grp.gz：包含每个95%身份相似度聚类的所有PDB代码的文件。这有助于了解特定聚类中包含哪些PDB条目。
+
+pdb_95.pir.gz：包含95%身份相似度聚类的代表性序列的文件。每个聚类选取一个代表性序列，这些序列的身份相似度至少为95%。
+
+.cod 文件：通常包含蛋白质数据银行（PDB）中代表性蛋白质结构的PDB代码。在这个上下文中，pdb_95.cod 文件可能包含在95%序列相似度下聚类的代表性PDB结构的PDB代码。
+
+.grp 文件：含有组成特定聚类的所有PDB代码的文件。例如，pdb_95.grp 文件可能列出了在95%序列相似度聚类中的所有PDB代码，展示了属于同一聚类（即序列相似性高）的蛋白质结构。
+
+.pir 文件：是Protein Information Resource格式的文件，常用于蛋白质序列和结构的表示。这种格式特别适合于序列比对和蛋白质建模。在您提到的情况中，pdb_95.pir 可能包含了95%相似度聚类中的代表性蛋白质序列。
+
+
+使用场景
+
+高相似度（如95%）：用于更精确地找到与目标序列高度相似的模板，通常用于更精细的同源建模。
+
+低相似度（如40%）：用于在较宽的范围内寻找模板，可能在研究更广泛的蛋白质家族或进化关系时有用。
+
+
 # 记录
 
 `7rtr` 对比序列太长，需要去除尾端
@@ -37,14 +79,17 @@ peptide P
 `3GJF` K、L链 空间位置不正确。
 
 `4z7u` 重叠，缺失链，tcr，hmc只有一半
-
+----
+单聚体记录：
 `6avf` H 链太长
 
 `6px6` B 链太长
 
 `6py2` B 链太长
 
-`6u3n` B 链111修复失败
+`6u3n` B 链111修复失败, pymol 观察缺失，但是MOE，其他软件观察没问题，PDB文件结构也正常
+
+`4grl` pymol 观察缺失，但是MOE，其他软件观察没问题，PDB文件结构也正常
 
 `7rk7` `7rtr` 拖尾