hotwa 34102cf459 1. 代码修改 ...

models/broad_spectrum_predictor.py:
✅ 新增 StrainPrediction dataclass（单个菌株预测结果）
✅ 更新 BroadSpectrumResult 添加 strain_predictions 字段（pandas.DataFrame 类型）
✅ 添加 to_strain_predictions_list() 方法（类型安全转换）
✅ 新增 _prepare_strain_level_predictions() 方法
✅ 修改 predict_batch() 方法支持 include_strain_predictions 参数
utils/mole_predictor.py:
✅ 添加 include_strain_predictions 参数到所有函数
✅ 添加命令行参数 --include-strain-predictions
✅ 实现菌株级别数据与聚合结果的合并逻辑
✅ 更新所有函数签名和文档字符串
2. 测试验证
✅ 测试基本功能（仅聚合结果）: test_3.csv → 3 行输出
✅ 测试菌株级别预测功能: test_3.csv → 120 行输出（3 × 40）
✅ 验证输出格式正确性
✅ 验证每个分子都有完整的 40 个菌株预测
✅ 验证革兰染色信息正确（18 个阴性菌 + 22 个阳性菌）
3. 文档更新
README.md:
✅ 更新命令行使用示例
✅ 添加 Python API 使用示例（包含菌株预测）
✅ 添加详细的输出格式说明
✅ 添加 40 种菌株列表概览
✅ 添加数据使用场景示例（强化学习、筛选、可视化）
Data/mole/README.md:
✅ 新增"菌株级别预测详情"章节
✅ 完整的 40 种菌株列表（分革兰阴性/阳性）
✅ 数据访问方式示例（CSV 读取、Python API）
✅ 强化学习应用场景（状态表示、奖励函数设计）
✅ 数据可视化代码示例
✅ 性能和存储建议

2025-10-17 16:46:04 +08:00

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