vinautil/README_cn.md

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简介

本仓库所有的代码，为曾令宇在湖北工业大学生物工程与食品学院攻读研究生学位时开发。部分代码可以用于复现曾令宇硕士期间的工作成果，代码供参考。

这些代码主要是为 autodock vina 和 SCARdock 开发。

SCARdock 网站筛选共价抑制剂。

同时也可以处理PDB文件以及小分子文件

环境

- python =3.10
- bioconda::mgltools
- conda-forge::spyrmsd
- conda-forge::pandas
- conda-forge::openbabel
- conda-forge::rdkit
- conda-forge::pymol-open-source 2.5.0 py310h292d129_6
- conda-forge::loguru
- conda-forge::swig
- conda-forge::boost-cpp 
- conda-forge::sphinx
- conda-forge::sphinx_rtd_theme
- conda-forge::vina 1.2.3 py310he924329_2
- conda-forge::ipython
- conda-forge::biopython
- conda-forge::prody # meeko dependecy (optionally, for covalent docking)

使用

安装

conda create -n vinautil_env -c pylyzeng vinautil --yes
conda activate vinautil_env

测试

# 在测试前需要执行
scardock -h
scardocktest

对接

scardock --help
usage: scardock [-h] [-r [recepotr file]] [-l [ligand file]] [-s [residue covalent site]] [-c [covalent chain ID]]
                [-log [output log directory]]

SCARdock Docking

options:
  -h, --help            show this help message and exit
  -r [recepotr file], --receptor [recepotr file]
                        recepotr file, support pdb
  -l [ligand file], --ligand [ligand file]
                        ligand file, molecule file (MOL2, SDF,...)(use meeko prepare)
  -s [residue covalent site], --site [residue covalent site]
                        residue covalent site
  -c [covalent chain ID], --chain [covalent chain ID]
                        covalent chain ID
  -log [output log directory], --log_dir [output log directory]
                        Relative Path

代码安装

推荐使用conda安装

构建

致谢

Sen Liu

Qi Song

Lab site

许可协议

MIT