lingyuzeng
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1. 目录结构调整： - 创建scripts目录统一存放分析脚本 - 保持数据文件在原有目录结构中 - 生成的CSV文件和PNG图表文件也放在scripts目录下 2. 功能改进： - 更新calculate_qed_values.py脚本，添加对参考分子SDF文件的处理 - 修改analyze_qed_mw_distribution.py脚本，统一使用SDF文件stem名称作为参考分子标识符 - 改进Vina得分提取逻辑，支持从SDF文件中提取所有构象的得分 - 完善KDE分布图绘制，确保参考分子在所有图表中显示统一的名称 3. 文档更新： - 更新README.md中的目录结构说明 - 更新命令行和API使用示例 - 添加详细的使用说明和示例 4. 示例代码： - 更新example_api_usage.py以适应新的目录结构和API调用方式
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