lingyuzeng
f6c182f38e
1. 目录结构调整： - 创建scripts目录统一存放分析脚本 - 保持数据文件在原有目录结构中 - 生成的CSV文件和PNG图表文件也放在scripts目录下 2. 功能改进： - 更新calculate_qed_values.py脚本，添加对参考分子SDF文件的处理 - 修改analyze_qed_mw_distribution.py脚本，统一使用SDF文件stem名称作为参考分子标识符 - 改进Vina得分提取逻辑，支持从SDF文件中提取所有构象的得分 - 完善KDE分布图绘制，确保参考分子在所有图表中显示统一的名称 3. 文档更新： - 更新README.md中的目录结构说明 - 更新命令行和API使用示例 - 添加详细的使用说明和示例 4. 示例代码： - 更新example_api_usage.py以适应新的目录结构和API调用方式
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# created with PyMOL 2.5.5
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@<TRIPOS>MOLECULE
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lig_0GA
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27 27 1
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SMALL
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USER_CHARGES
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@<TRIPOS>ATOM
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1 CAA 3.671 -4.365 -12.762 C.3 1 0GA604 0.000
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2 CAG 4.543 -4.916 -13.859 C.3 1 0GA604 0.000
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3 CAH 7.819 -6.866 -10.651 C.2 1 0GA604 0.000
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4 CAI 7.083 -6.258 -11.655 C.2 1 0GA604 0.000
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5 CAJ 8.615 -6.099 -9.808 C.2 1 0GA604 0.000
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6 CAL 6.714 -5.330 -14.847 C.2 1 0GA604 0.000
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7 CAM 9.522 -3.884 -9.056 C.2 1 0GA604 0.000
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8 CAN 5.861 -4.806 -13.815 C.3 1 0GA604 0.000
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9 CAO 7.917 -4.125 -10.939 C.2 1 0GA604 0.000
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10 CAP 7.148 -4.871 -11.777 C.2 1 0GA604 0.000
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11 CAQ 8.677 -4.728 -9.955 C.2 1 0GA604 0.000
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12 OAB 7.818 -4.802 -15.048 O.co2 1 0GA604 0.000
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13 OAC 9.439 -2.654 -9.176 O.co2 1 0GA604 0.000
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14 OAD 6.325 -6.310 -15.475 O.co2 1 0GA604 0.000
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15 OAE 10.263 -4.375 -8.185 O.co2 1 0GA604 0.000
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16 OAF 7.929 -2.774 -11.171 O.3 1 0GA604 0.000
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17 OAK 6.484 -4.156 -12.720 O.3 1 0GA604 0.000
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18 H01 2.698 -4.855 -12.792 H 1 0GA604 0.000
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19 H02 4.141 -4.550 -11.796 H 1 0GA604 0.000
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20 H03 3.541 -3.292 -12.904 H 1 0GA604 0.000
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21 H04 4.283 -4.281 -14.706 H 1 0GA604 0.000
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22 H05 4.325 -5.982 -13.920 H 1 0GA604 0.000
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23 H06 7.774 -7.947 -10.522 H 1 0GA604 0.000
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24 H07 6.468 -6.850 -12.333 H 1 0GA604 0.000
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25 H08 9.196 -6.585 -9.024 H 1 0GA604 0.000
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26 H09 4.949 -5.078 -14.346 H 1 0GA604 0.000
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27 H10 7.287 -2.345 -10.601 H 1 0GA604 0.000
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@<TRIPOS>BOND
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1 1 2 1
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2 1 18 1
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3 1 19 1
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4 1 20 1
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5 2 8 1
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6 2 21 1
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7 2 22 1
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8 3 4 ar
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9 3 5 ar
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10 3 23 1
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11 4 10 ar
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12 4 24 1
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13 5 11 ar
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14 5 25 1
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15 6 8 1
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16 6 12 ar
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17 6 14 ar
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18 7 11 1
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19 7 13 ar
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20 7 15 ar
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21 8 17 1
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22 8 26 1
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23 9 10 ar
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24 9 11 ar
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25 9 16 1
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26 10 17 1
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27 16 27 1
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@<TRIPOS>SUBSTRUCTURE
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1 0GA604 1 GROUP 1 A 0GA
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