重构分子属性分析流程并更新目录结构

1. 目录结构调整：
   - 创建scripts目录统一存放分析脚本
   - 保持数据文件在原有目录结构中
   - 生成的CSV文件和PNG图表文件也放在scripts目录下

2. 功能改进：
   - 更新calculate_qed_values.py脚本，添加对参考分子SDF文件的处理
   - 修改analyze_qed_mw_distribution.py脚本，统一使用SDF文件stem名称作为参考分子标识符
   - 改进Vina得分提取逻辑，支持从SDF文件中提取所有构象的得分
   - 完善KDE分布图绘制，确保参考分子在所有图表中显示统一的名称

3. 文档更新：
   - 更新README.md中的目录结构说明
   - 更新命令行和API使用示例
   - 添加详细的使用说明和示例

4. 示例代码：
   - 更新example_api_usage.py以适应新的目录结构和API调用方式

result/refence/trpe/TrpE_entry_1.box.txt

@@ -0,0 +1,6 @@
+center_x = 7.402
+center_y = -4.783
+center_z = -11.818
+size_x = 30.000
+size_y = 30.000
+size_z = 30.000

result/refence/trpe/align_5cwa_0GA_addH.mol2

@@ -0,0 +1,64 @@
+# created with PyMOL 2.5.5
+@<TRIPOS>MOLECULE
+lig_0GA
+27 27 1                 
+SMALL
+USER_CHARGES
+@<TRIPOS>ATOM
+1	 CAA	3.671	-4.365	-12.762	C.3	1	0GA604	0.000	
+2	 CAG	4.543	-4.916	-13.859	C.3	1	0GA604	0.000	
+3	 CAH	7.819	-6.866	-10.651	C.2	1	0GA604	0.000	
+4	 CAI	7.083	-6.258	-11.655	C.2	1	0GA604	0.000	
+5	 CAJ	8.615	-6.099	-9.808	C.2	1	0GA604	0.000	
+6	 CAL	6.714	-5.330	-14.847	C.2	1	0GA604	0.000	
+7	 CAM	9.522	-3.884	-9.056	C.2	1	0GA604	0.000	
+8	 CAN	5.861	-4.806	-13.815	C.3	1	0GA604	0.000	
+9	 CAO	7.917	-4.125	-10.939	C.2	1	0GA604	0.000	
+10	 CAP	7.148	-4.871	-11.777	C.2	1	0GA604	0.000	
+11	 CAQ	8.677	-4.728	-9.955	C.2	1	0GA604	0.000	
+12	 OAB	7.818	-4.802	-15.048	O.co2	1	0GA604	0.000	
+13	 OAC	9.439	-2.654	-9.176	O.co2	1	0GA604	0.000	
+14	 OAD	6.325	-6.310	-15.475	O.co2	1	0GA604	0.000	
+15	 OAE	10.263	-4.375	-8.185	O.co2	1	0GA604	0.000	
+16	 OAF	7.929	-2.774	-11.171	O.3	1	0GA604	0.000	
+17	 OAK	6.484	-4.156	-12.720	O.3	1	0GA604	0.000	
+18	 H01	2.698	-4.855	-12.792	 H	1	0GA604	0.000	
+19	 H02	4.141	-4.550	-11.796	 H	1	0GA604	0.000	
+20	 H03	3.541	-3.292	-12.904	 H	1	0GA604	0.000	
+21	 H04	4.283	-4.281	-14.706	 H	1	0GA604	0.000	
+22	 H05	4.325	-5.982	-13.920	 H	1	0GA604	0.000	
+23	 H06	7.774	-7.947	-10.522	 H	1	0GA604	0.000	
+24	 H07	6.468	-6.850	-12.333	 H	1	0GA604	0.000	
+25	 H08	9.196	-6.585	-9.024	 H	1	0GA604	0.000	
+26	 H09	4.949	-5.078	-14.346	 H	1	0GA604	0.000	
+27	 H10	7.287	-2.345	-10.601	 H	1	0GA604	0.000	
+@<TRIPOS>BOND
+1 1 2 1
+2 1 18 1
+3 1 19 1
+4 1 20 1
+5 2 8 1
+6 2 21 1
+7 2 22 1
+8 3 4 ar
+9 3 5 ar
+10 3 23 1
+11 4 10 ar
+12 4 24 1
+13 5 11 ar
+14 5 25 1
+15 6 8 1
+16 6 12 ar
+17 6 14 ar
+18 7 11 1
+19 7 13 ar
+20 7 15 ar
+21 8 17 1
+22 8 26 1
+23 9 10 ar
+24 9 11 ar
+25 9 16 1
+26 10 17 1
+27 16 27 1
+@<TRIPOS>SUBSTRUCTURE
+1	0GA604	1	GROUP	1 A	0GA