增加受体准备说明与增加分批提交参数灵活性

README.md

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     └── analyze_results.py  
 ```
 
+## 受体准备 pdbqt 文件
+
+使用 alphafold 预测 pdb 文件 cif 文件。
+
+修复使用 moderller 同源建模，或者 pdbfixer，MOE，maestro 等
+
+这里使用 maestro 的 `Protein reparation Workflow` 模块
+
+然后导出 pdb 文件
+
+使用 meeko 准备受体文件 pdbqt 文件，详细可以[参考](https://meeko.readthedocs.io/en/release-doc/rec_overview.html)
+
+```shell
+micromamba run -n vina mk_prepare_receptor.py -i receptor/FgBar1_cut_proteinprep.pdb --write_pdbqt receptor/FgBar1_cut_proteinprep.pdbqt
+```
+
+选项组合用法
+
+### 举例1：用默认输出名生成 pdbqt 和 vina box 配置
+
+mk_prepare_receptor.py -i 1abc.pdb -o 1abc_clean --write_pdbqt --write_vina_box
+
+得到 1abc_clean_rigid.pdbqt, 1abc_clean.vina.txt
+
+### 举例2：为指定残基设置模板/柔性，并生成 box 配置
+
+```shell
+mk_prepare_receptor.py -i system.pdb \
+  --output_basename system_prep \
+  -f "A:42,B:23" \
+  -n "A:5,7=CYX,B:17=HID" \
+  --write_pdbqt --write_vina_box
+```
+
+
+### 举例3：自动包络某配体生成 box 配置
+
+```
+mk_prepare_receptor.py -i prot.pdb \
+  --box_enveloping ligand.pdb \
+  --padding 3.0 \
+  --output_basename dock_ready \
+  --write_pdbqt --write_vina_box
+```
+
+
 ## 小分子 3D 构象准备
 
 需要给小分子一个初始化的 3d 构象存放到`ligand/sdf`