# 目录结构说明

asset放一些学习资料，github仓库放不下就放到网盘中去。

plugin为自建的pymol的插件开发的一些代码

scripts为一些脚本文件，主要是测试代码


## pymol 资源学习绘图

[各种作用力绘图](https://proteintools.uni-bayreuth.de./)


## 环境安装

```shell
conda install -c conda-forge ffmpeg pymol-open-source biopython loguru ipython rdkit click -y
```

## 最高质量渲染

```shell
util.performance(0)
rebuild
```


PyMOL可以用多种方式进行录制：

1. **命令行录制**: 使用`log_open`和`log_close`命令，可以将PyMOL的命令行操作记录到文本文件。

   ```
   cmd.log_open('filename.log')
   ... # Your operations
   cmd.log_close()
   ```

2. **Ray Tracing**: 使用`ray`命令渲染高质量的图片，然后用其他软件将图片合成为视频。

3. **使用`mset`和`mview`创建动画**: 如你之前所述，通过这两个命令创建动画，然后使用`mpng`命令将动画导出为PNG帧，最后用其他软件将其合成为视频。

   ```
   cmd.mpng('frame_prefix_', 1, 60)
   ```

4. **屏幕录制软件**: 使用外部屏幕录制软件（如OBS、Camtasia等）进行录制。

5. **PyMOL API和脚本**: 使用PyMOL的Python API和PyMOL脚本，可以更精细地控制录制内容。

## PyMOL工作目录

使用`cd`命令改变PyMOL的工作目录。例如：

```
cmd.cd("/path/to/new/directory")
```

## 图片渲染

设置600DPI：

```shell
width = int(1920 * (600 / 72))
height = int(1080 * (600 / 72))
cmd.ray(width, height)
```



得到帧1至帧60的PNG图片

```shell
cmd.mset("1 x60 61 x60")
cmd.scene('frame1', 'store')
cmd.mview('store', state=1, scene='frame1')
cmd.scene('frame2', 'store')
cmd.mview('store', state=60, scene='frame2')
cmd.mview('interpolate')

for i in range(1, 61):
    cmd.frame(i)
    cmd.ray(1920, 1080, 300)
    cmd.mpng(f'frame_prefix_{i}.png')
```



```shell
from dataclasses import dataclass, field
from typing import Tuple
from pathlib import Path

@dataclass
class PyMOLAnimator:
    resolution: Tuple[int, int] = (1920, 1080)
    dpi: int = 300
    frame_count: int = 120
    output_dir: Path = field(default_factory=lambda: Path('./'))

    def save_frames(self, scene_1: str, scene_2: str):
        import pymol.cmd as cmd

        # 设置动画帧数
        cmd.mset(f"1 x{self.frame_count} {self.frame_count+1} x{self.frame_count}")

        # 存储第一帧和最后一帧
        cmd.scene(scene_1, 'store')
        cmd.mview('store', state=1, scene=scene_1)
        cmd.scene(scene_2, 'store')
        cmd.mview('store', state=self.frame_count, scene=scene_2)
        
        # 插值以创建动画
        cmd.mview('interpolate')

        output_path = self.output_dir / 'frame_prefix_'

        # 保存每一帧为PNG图片
        for i in range(1, self.frame_count+1):
            cmd.frame(i)
            cmd.ray(self.resolution[0], self.resolution[1], self.dpi)
            cmd.mpng(str(output_path) + f'{i}.png')

# 使用
animator = PyMOLAnimator((1920, 1080), 300, 120, Path('/path/to/save'))
animator.save_frames('frame1', 'frame2')

```

## 场景设置

`cmd.mview`和`cmd.scene`两者都用于存储视图状态，但用途和范围有所不同：

### `cmd.mview`

- **主要用途**: 用于电影插值，在电影播放中创建平滑过渡。

- **存储内容**: 主要存储相机和对象矩阵，用于电影帧之间的插值。

- **特定于帧**: 可以为电影中的特定帧或帧范围存储视图。

- **动画专用**: 主要用于创建复杂的电影动画。

  ```
  cmd.mview('store', state=1, scene='frame1')
  ```

  这会在状态1下，用场景名`frame1`存储当前相机和对象矩阵。

### `cmd.scene`

- **主要用途**: 存储和恢复场景，方便用户随时回到特定的视图和设置。

- **存储内容**: 存储相机视图、所有对象的活动信息、所有原子的可见性和颜色、所有的表示形式和全局帧索引。

- **不特定于帧**: 主要用于一般目的的视图保存和恢复。

  ```
  cmd.scene('MyScene', 'store', 'This is my special scene')
  ```

  这会存储一个名为"MyScene"的场景，并附带一条消息。

### `select` and `create`

```shell
选择所有蛋白质: select 8g2c_pro, polymer.protein

创建一个新的对象: create 8g2c_pro, polymer.protein

选择所有核酸: select 8g2c_nucleic, polymer.nucleic

创建一个新的对象: create 8g2c_nucleic, polymer.nucleic

选择小分子: select 8g2c_tyk, resn TYK
```

### 背景美化

```shell
# 1. 设置背景为白色，并将表面透明度设置为 50%
bg_color white                     # 设置背景颜色为白色
set transparency, 0.5      # 设置所有表面透明度为 50%

# 2. 使表面显示使用原子自身的颜色
set surface_color_by_atom, 1       # 启用表面按原子颜色显示

# 3. 蛋白质：着色为橙色，并显示表面
color orange, polymer.protein      # 将所有蛋白质（polymer.protein）着色为橙色
show surface, polymer.protein      # 显示蛋白质的表面

# 4. 核酸：着色为白色，并显示表面
color white, polymer.nucleic       # 将所有核酸（polymer.nucleic）着色为白色
show surface, polymer.nucleic      # 显示核酸的表面

# 5. 小分子：根据分子的 ligand id（这里假设用 organic 选择小分子）着色为红色，并显示表面
color red, organic                 # 将所有小分子（organic）着色为红色
show surface, organic              # 显示小分子的表面
```

## Schrodinger_Suites linux install 

```shell
cd Schrodinger_Suites_2021-2_Linux-x86_64
bash INSTALL （或者chmod u+x INSTALL ，之后 ./INSTALL ）
(接下来选安装路径，比如/home/laiguanxue/softwares/Schrodinger_Suites_2023)
（后面一路yes）
(将Crack/patcher拷贝到安装路径中)
chmod u+x schrodinger-2023-3-patcher-linux
./schrodinger-2023-3-patcher-linux
(之后选择破解的版本)
```