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README.md

@@ -0,0 +1,163 @@
+# 目录结构说明
+
+asset放一些学习资料，github仓库放不下就放到网盘中去。
+
+plugin为自建的pymol的插件开发的一些代码
+
+scripts为一些脚本文件，主要是测试代码
+
+
+## pymol 资源学习绘图
+
+[各种作用力绘图](https://proteintools.uni-bayreuth.de./)
+
+
+## 环境安装
+
+```shell
+conda install -c conda-forge ffmpeg pymol-open-source biopython loguru
+```
+
+## 最高质量渲染
+
+```shell
+util.performance(0)
+rebuild
+```
+
+
+PyMOL可以用多种方式进行录制：
+
+1. **命令行录制**: 使用`log_open`和`log_close`命令，可以将PyMOL的命令行操作记录到文本文件。
+
+   ```
+   cmd.log_open('filename.log')
+   ... # Your operations
+   cmd.log_close()
+   ```
+
+2. **Ray Tracing**: 使用`ray`命令渲染高质量的图片，然后用其他软件将图片合成为视频。
+
+3. **使用`mset`和`mview`创建动画**: 如你之前所述，通过这两个命令创建动画，然后使用`mpng`命令将动画导出为PNG帧，最后用其他软件将其合成为视频。
+
+   ```
+   cmd.mpng('frame_prefix_', 1, 60)
+   ```
+
+4. **屏幕录制软件**: 使用外部屏幕录制软件（如OBS、Camtasia等）进行录制。
+
+5. **PyMOL API和脚本**: 使用PyMOL的Python API和PyMOL脚本，可以更精细地控制录制内容。
+
+## PyMOL工作目录
+
+使用`cd`命令改变PyMOL的工作目录。例如：
+
+```
+cmd.cd("/path/to/new/directory")
+```
+
+## 图片渲染
+
+设置600DPI：
+
+```shell
+width = int(1920 * (600 / 72))
+height = int(1080 * (600 / 72))
+cmd.ray(width, height)
+```
+
+
+
+得到帧1至帧60的PNG图片
+
+```shell
+cmd.mset("1 x60 61 x60")
+cmd.scene('frame1', 'store')
+cmd.mview('store', state=1, scene='frame1')
+cmd.scene('frame2', 'store')
+cmd.mview('store', state=60, scene='frame2')
+cmd.mview('interpolate')
+
+for i in range(1, 61):
+    cmd.frame(i)
+    cmd.ray(1920, 1080, 300)
+    cmd.mpng(f'frame_prefix_{i}.png')
+```
+
+
+
+```shell
+from dataclasses import dataclass, field
+from typing import Tuple
+from pathlib import Path
+
+@dataclass
+class PyMOLAnimator:
+    resolution: Tuple[int, int] = (1920, 1080)
+    dpi: int = 300
+    frame_count: int = 120
+    output_dir: Path = field(default_factory=lambda: Path('./'))
+
+    def save_frames(self, scene_1: str, scene_2: str):
+        import pymol.cmd as cmd
+
+        # 设置动画帧数
+        cmd.mset(f"1 x{self.frame_count} {self.frame_count+1} x{self.frame_count}")
+
+        # 存储第一帧和最后一帧
+        cmd.scene(scene_1, 'store')
+        cmd.mview('store', state=1, scene=scene_1)
+        cmd.scene(scene_2, 'store')
+        cmd.mview('store', state=self.frame_count, scene=scene_2)
+        
+        # 插值以创建动画
+        cmd.mview('interpolate')
+
+        output_path = self.output_dir / 'frame_prefix_'
+
+        # 保存每一帧为PNG图片
+        for i in range(1, self.frame_count+1):
+            cmd.frame(i)
+            cmd.ray(self.resolution[0], self.resolution[1], self.dpi)
+            cmd.mpng(str(output_path) + f'{i}.png')
+
+# 使用
+animator = PyMOLAnimator((1920, 1080), 300, 120, Path('/path/to/save'))
+animator.save_frames('frame1', 'frame2')
+
+```
+
+## 场景设置
+
+`cmd.mview`和`cmd.scene`两者都用于存储视图状态，但用途和范围有所不同：
+
+### `cmd.mview`
+
+- **主要用途**: 用于电影插值，在电影播放中创建平滑过渡。
+
+- **存储内容**: 主要存储相机和对象矩阵，用于电影帧之间的插值。
+
+- **特定于帧**: 可以为电影中的特定帧或帧范围存储视图。
+
+- **动画专用**: 主要用于创建复杂的电影动画。
+
+  ```
+  cmd.mview('store', state=1, scene='frame1')
+  ```
+
+  这会在状态1下，用场景名`frame1`存储当前相机和对象矩阵。
+
+### `cmd.scene`
+
+- **主要用途**: 存储和恢复场景，方便用户随时回到特定的视图和设置。
+
+- **存储内容**: 存储相机视图、所有对象的活动信息、所有原子的可见性和颜色、所有的表示形式和全局帧索引。
+
+- **不特定于帧**: 主要用于一般目的的视图保存和恢复。
+
+  ```
+  cmd.scene('MyScene', 'store', 'This is my special scene')
+  ```
+
+  这会存储一个名为"MyScene"的场景，并附带一条消息。
+