# orca ## install ```shell 1 ls 2 cd /root/ 3 ls 4 apt update 5 tar -xf openmpi-4.1.6.tar.bz2 6 apt install bzip2 -y 7 tar -xf openmpi-4.1.6.tar.bz2 8 mkdir -p /sob/openmpi416 9 ./configure --prefix=/sob/openmpi416 --disable-builtin-atomics 10 cd openmpi-4.1.6 11 ./configure --prefix=/sob/openmpi416 --disable-builtin-atomics 12 sudo apt install linux-headers-$(uname -r) build-essential 13 apt install linux-headers-$(uname -r) build-essential 14 apt update 15 sudo add-apt-repository ppa:ubuntu-toolchain-r/test 16 add-apt-repository ppa:ubuntu-toolchain-r/test 17 apt install build-essential -y 18 add-apt-repository ppa:ubuntu-toolchain-r/test 19 sudo apt-get update 20 sudo apt-get install gcc-12 g++-12 -y 21 apt-get install gcc-12 g++-12 -y 22 update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc-12 12 23 update-alternatives --install /usr/bin/g++ g++ /usr/bin/g++-12 12 24 update-alternatives --config gcc 25 gcc --version 26 g++ --version 27 ./configure --prefix=/sob/openmpi416 --disable-builtin-atomics 28 make all install -j 29 make clean 30 make 31 make install 32 vim ~/.bashrc 33 vi ~/.bashrc 34 nano ~/.bashrc 35 apt install -y vim 36 vim ~/.bashrc 37 source ~/.bashrc 38 mpiexec -V 39 cd ~ 40 ls 41 tar -xf orca_6_0_0_linux_x86-64_avx2_shared_openmpi416.tar 42 tar -xf orca_6_0_0_linux_x86-64_avx2_shared_openmpi416.tar.xz 43 ls 44 cd orca_6_0_0_shared_openmpi416_avx2/ 45 ls 46 cd .. 47 ls 48 cd orca_6_0_0_shared_openmpi416_avx2/ 49 pwd 50 vim ~/.bashrc 51 source ~/.bashrc 52 /sob/orca600/orca test.inp > test.out 53 /root/orca_6_0_0_shared_openmpi416_avx2/orca test.inp > /root/test.out 54 ls 55 rm -rf test.out 56 cd .. 57 ls 58 vim test.inp 59 /root/orca_6_0_0_shared_openmpi416_avx2/orca test.out > test.out 60 /root/orca_6_0_0_shared_openmpi416_avx2/orca test.inp > test.out 61 vim ~/.bashrc 62 source ~/.bashrc 63 /root/orca_6_0_0_shared_openmpi416_avx2/orca test.inp > test.out 64 apt-get update 65 apt-get install -y openssh-client 66 /root/orca_6_0_0_shared_openmpi416_avx2/orca test.inp > test.out 67 cat test.out 68 history > history.txt ``` ## [grid](https://www.moldiscovery.com/software/grid/) https://www.moldiscovery.com/software/grid/ 需要edu邮箱申请，等待批准 ## [gamess](https://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/) ## [Firefly](http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html) ## [Multiwfn可以计算的分子描述符一览](http://sobereva.com/601) ## 3D-QSAR 选择记录 对于 3D-QSAR（三维定量构效关系）分析，选择工具时需要考虑 易用性、教程资源、功能完整性 和 学习曲线 等因素。以下是几款常见工具的比较和推荐： 1. GRID 易用性：GRID 是一款非常成熟且广泛使用的工具，专门用于生成 CoMSIA 和 CoMFA 所需的分子相互作用场（MIF）。它在 结构基础药物设计 中应用广泛。 教程资源：GRID 提供了官方文档、教程和一些示例案例，用户可以从中学习如何生成 MIF 并进行后续分析。官方提供了丰富的技术支持和参考资料，适合初学者。 优点： 专注于 3D-QSAR，生成 CoMSIA 所需的分子场。 支持多种化学探针类型，适应不同的设计需求。 提供 可视化工具 和 3D模型绘制 功能，帮助用户更好地理解分子相互作用。 缺点：是商业软件，可能需要购买许可证。 2. SYBYL（特别是 SYBYL-X） 易用性：SYBYL 是用于分子建模和药物设计的经典软件，提供了 CoMFA 和 CoMSIA 的强大支持。它的用户界面相对友好，适合药物化学和生物学研究人员使用。 教程资源：SYBYL 提供了大量的教程、培训材料和示例案例，用户可以轻松上手并逐步深入。 优点： 支持 CoMFA 和 CoMSIA，可用于药物设计和 3D-QSAR。 具备强大的可视化功能，用户可以直观地查看计算结果。 提供 深度学习支持 和 机器学习接口，帮助进行更先进的模型构建。 缺点：同样是商业软件，需要购买许可证。 3. Open3DQSAR 易用性：Open3DQSAR 是一款开源的 3D-QSAR 工具，专为生成 CoMFA 和 CoMSIA 场设计。其命令行界面可能相对不如图形界面工具直观，但对于有经验的用户来说非常高效。 教程资源：作为开源工具，Open3DQSAR 的文档相对简洁，但社区支持和教程较为有限。用户可以在网上找到一些教程，但整体支持不如商业软件丰富。 优点： 开源免费。 支持 CoMFA 和 CoMSIA 场计算。 适用于 定量构效分析，并且可以与其他工具结合使用。 缺点： 相比商业软件，易用性较低，需要一定的命令行操作经验。 文档和社区支持相对较少。 4. MOE（Molecular Operating Environment） 易用性：MOE 提供了丰富的图形用户界面（GUI），使得 3D-QSAR 分析更加直观和易于操作。用户可以轻松地进行分子对接、构效关系建模和药物设计。 教程资源：MOE 提供了丰富的在线文档和教程，帮助用户快速上手并深入学习。 优点： 拥有强大的图形用户界面，适合初学者和非计算化学专业的人士使用。 提供多种分子模拟功能，包括 3D-QSAR、对接、药物设计等。 广泛用于学术界和制药行业。 缺点：商业软件，许可证费用较高。 推荐选择： 初学者：如果您是 3D-QSAR 的初学者，MOE 和 SYBYL 是非常合适的选择，因为它们提供了图形界面和全面的教程支持，容易上手，且功能强大。MOE 的图形界面更适合快速学习和操作，而 SYBYL 提供了更强大的专业功能。 开源爱好者：如果您偏好开源工具，可以选择 Open3DQSAR。尽管其易用性较差，但它支持 CoMSIA 和 CoMFA 的计算，且不需要许可证费用。 预算有限的用户：如果您预算有限，且具备一定的命令行操作经验，可以选择 Open3DQSAR 或 GRID（如果能够购买许可证）。如果您不希望投入太多金钱，开源工具可能是最好的选择。 总结： 易用性：MOE > SYBYL > GRID > Open3DQSAR 教程和文档：SYBYL > MOE > GRID > Open3DQSAR 开源性：Open3DQSAR > GRID > SYBYL = MOE