一次性添加

multiwfn_installation_guide(20240926100545).md

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+## 2.1.2 Linux版本
+
+注意：本节的中文版可在我的博客文章“Linux下安装Multiwfn的中文说明”中找到（[http://sobereva.com/688](http://sobereva.com/688)）。
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+- **解压Multiwfn二进制包**
+- 确保已安装motif包，该包提供了`libXm.so.4`文件，完整版本的Multiwfn无法在没有该文件的情况下启动。Motif可在[https://motif.ics.com/motif/downloads](https://motif.ics.com/motif/downloads)免费获取。如果你是CentOS或Red Hat Linux用户，且尚未安装motif，可以直接运行`yum install motif`命令来安装；或者你可以下载对应的rpm包（例如`motif-2.3.4-1.x86_64.rpm`）并手动安装。如果你是Ubuntu用户，运行以下命令安装：
+
+  \`\`\`bash
+  sudo apt-get install libxm4 libgl1
+  \`\`\`
+
+  或者下载deb包（例如`libmotif4_2.3.4-1_amd64.deb`）并手动安装。
+
+- **在`~/.bashrc`文件中添加以下行**（可以使用例如`vi ~/.bashrc`命令）：
+  \`\`\`bash
+  export OMP_STACKSIZE=1000M
+  ulimit -s unlimited
+  \`\`\`
+  这些行代码移除了栈内存的限制，并为每个OpenMP线程定义了1000MB的栈大小用于并行计算。详细信息见第2.4节。
+  **注意**：如果`ulimit -s unlimited`在你的系统上无法正常工作，请尝试使用`ulimit -Sn unlimited`代替。
+
+- **运行**：
+  \`\`\`bash
+  cat /proc/sys/kernel/shmmax
+  \`\`\`
+  检查SysV共享内存段的大小是否足够大（单位为字节）；如果值太小，Multiwfn在分析大波函数时可能会崩溃。要增大此值，例如，你可以在`/etc/sysctl.conf`中添加`kernel.shmmax = 5000000000`，然后重启系统，这样上限将增加到大约5GB。
+
+- 假设你使用的是Bash Shell，并且已经将Multiwfn包解压到了`/sob/Multiwfn_3.6_bin_Linux`文件夹中，你应该将以下行添加到`~/.bashrc`文件中：
+  \`\`\`bash
+  export Multiwfnpath=/sob/Multiwfn_3.6_bin_Linux
+  export PATH=$PATH:/sob/Multiwfn_3.6_bin_Linux
+  \`\`\`
+
+- **运行以下命令为Multiwfn可执行文件添加可执行权限**：
+  \`\`\`bash
+  chmod +x /sob/Multiwfn_3.6_bin_Linux/Multiwfn
+  \`\`\`
+
+- **按照上一节中的说明配置Multiwfn文件夹中的`settings.ini`文件**。
+
+6 配置settings.ini
+编辑Multiwfn目录下的settings.ini，搜索nthreads，将之数值改为计算时要用的并行核数，通常设为CPU的物理核心数即可。
+
+settings.ini里还有几个其它设置想改的话可以根据需要修改一下
+•formchkpath：定义的是Gaussian目录下的formchk程序的路径。formchk是干嘛的在《详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换》（http://sobereva.com/379）里明确说了。如果把它设成了formchk的实际的路径，Multiwfn就可以直接载入Gaussian的chk文件（在载入时会自动调用formchk转换成fch文件后载入）。
+•orca_2mklpath：如果设成了ORCA目录下的orca_2mkl可执行文件的路径，Multiwfn就可以直接载入ORCA计算产生的gbw文件（在载入时会自动调用orca_2mkl转换成molden文件后载入）。
+•gaupath和orcapath：当它们分别设成了Gaussian和ORCA的可执行文件的路径，Multiwfn的一些功能才能自动调用Gaussian和ORCA进行计算，如《使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量》（http://sobereva.com/484）介绍的功能。
+
+
+- 重新进入终端后，你可以通过简单地运行`Multiwfn`命令在任何地方启动Multiwfn。
+
+- 如果你通过远程连接以文本模式使用Multiwfn，并且发现Multiwfn在加载输入文件后大约两秒钟内卡住，请将以下内容添加到`~/.bashrc`文件中：
+  \`\`\`bash
+  export DISPLAY=":0"
+  \`\`\`
+
+- Multiwfn的Linux版本在CentOS 6/7/8、Rocky Linux 9和Ubuntu 12/14/16/22上运行良好。我不能保证该程序完全兼容所有其他Linux发行版。如果系统提示你在启动Multiwfn时缺少某些动态链接库（.so文件），请尝试找到并安装包含相应.so文件的包。
+
+- 如果由于缺少或不兼容某些与图形相关的库文件而在运行/编译Multiwfn时遇到困难，并且同时你不需要Multiwfn的任何可视化功能，你可以在不支持GUI的情况下运行/编译Multiwfn，所有与GUI和地图绘制无关的功能仍将正常工作。请查阅源码包中的“COMPLIATION_METHOD.txt”了解如何编译此特殊版本的详细信息，该版本的预编译可执行文件也可以从Multiwfn网站下载（称为“noGUI”版本）。
+
+
+如果你是通过纯文本界面连接远程Linux服务器并在上面执行Multiwfn的普通版，并且发现启动Multiwfn时会短暂卡住，在~/.bashrc文件末尾加入export DISPLAY=":0"可以避免。