macrolactone-toolkit/scripts

scripts

这些脚本都基于 macro_lactone_toolkit.* 的正式包接口，不再依赖旧的 src.* 模块。

• batch_process.py: 读取分子 CSV，输出 flat fragments.csv、errors.csv 和处理摘要 JSON
• batch_process_ring16.py: 固定 --ring-size 16 的批处理入口
• batch_process_multi_rings.py: 自动识别 12-20 元环的批处理入口
• analyze_fragments.py: 读取 flat fragment CSV，生成位置统计、性质汇总和频率图
• generate_sdf_and_statistics.py: 读取 flat fragment CSV，生成 cleavage 统计 JSON 和 3D SDF
• tylosin_splicer.py: 使用 macro_lactone_toolkit.splicing.* 做简单拼接

推荐工作流：

python scripts/batch_process.py --input molecules.csv --output fragments.csv --errors-output errors.csv
python scripts/analyze_fragments.py --input fragments.csv --output-dir analysis
python scripts/generate_sdf_and_statistics.py --input fragments.csv --output-dir sdf_output