lingyuzeng
3e07402f4e
Add a public numbering module and route fragmenting, validation, and scaffold preparation through the canonical numbering entry. Rewrite the repository entry docs around the fixed numbering contract, add MkDocs landing pages, and document the mirror mapping used for medicinal-chemistry comparisons. Also refresh the validation analysis reports to explain the canonical-versus-mirrored numbering relationship.
1.2 KiB
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环编号系统
本项目只采用一套 canonical numbering。它是确定性的，不依赖 clockwise / anticlockwise 参数，也不是视觉上的方向切换。
规则
1 = 内酯羰基碳2 = 相邻酯氧3..N = 从 2 位出发沿环唯一图遍历顺序继续编号
这条规则在代码、文档、测试和验证输出中都保持一致。
16 元环镜像映射
当你需要把代码里的 canonical numbering 转成文献里常见的反向标注时，使用：
p_mirror = ring_size - p + 3
对 16 元环，这会得到：
3 → 164 → 155 → 146 → 137 → 128 → 119 → 1010 → 911 → 812 → 713 → 614 → 515 → 416 → 3
常见对照点：
6 → 137 → 1215 → 416 → 3
使用建议
- 先在代码和数据库里保留 canonical numbering。
- 只在图注、论文、汇报里按需要加镜像标签。
- 不要把方向差异实现成 API 参数。
- 如果分子是 bridge / fused multi-anchor，先把结构语义说明清楚，再讨论编号可视化。
最短结论
如果你在看代码，记 canonical numbering。
如果你在对照文献，记 p_mirror = ring_size - p + 3。