# scripts

这些脚本都基于 `macro_lactone_toolkit.*` 的正式包接口，不再依赖旧的 `src.*` 模块。

- `batch_process.py`: 读取分子 CSV，输出 flat `fragments.csv`、`errors.csv` 和处理摘要 JSON
- `batch_process_ring16.py`: 固定 `--ring-size 16` 的批处理入口
- `batch_process_multi_rings.py`: 自动识别 12-20 元环的批处理入口
- `analyze_fragments.py`: 读取 flat fragment CSV，生成位置统计、性质汇总和频率图
- `generate_sdf_and_statistics.py`: 读取 flat fragment CSV，生成 cleavage 统计 JSON 和 3D SDF
- `tylosin_splicer.py`: 使用 `macro_lactone_toolkit.splicing.*` 做简单拼接

推荐工作流：

```bash
python scripts/batch_process.py --input molecules.csv --output fragments.csv --errors-output errors.csv
python scripts/analyze_fragments.py --input fragments.csv --output-dir analysis
python scripts/generate_sdf_and_statistics.py --input fragments.csv --output-dir sdf_output
```