# 项目结构

这是当前仓库里真正承担职责的目录划分。

## 顶层目录

- `src/macro_lactone_toolkit/`: 正式 Python 包，包含分析、编号、裂解、可视化、工作流和验证模块。
- `scripts/`: 薄封装和批处理脚本，基于正式包接口运行。
- `tests/`: pytest 测试，覆盖入口、脚本和核心行为。
- `docs/`: 面向使用者和维护者的入口文档。
- `notebooks/`: 探索性或归档性的 notebook，不作为权威接口说明。
- `validation_output/`: 生成的验证产物和报告，属于输出，不是核心源码。

## 关键入口

- `macro_lactone_toolkit.analyzer.MacroLactoneAnalyzer`
- `macro_lactone_toolkit.fragmenter.MacrolactoneFragmenter`
- `macro-lactone-toolkit` CLI

## 结构约束

- 代码和文档都只认 canonical numbering。
- 16 元环镜像映射按 `p_mirror = ring_size - p + 3` 处理。
- 不用 `clockwise` / `anticlockwise` 参数来表达编号方向。

## 维护提示

- `scripts/README.md` 解释脚本层的现状。
- `docs/project-docs/AGENTS.md` 只是项目文档入口，不是权威 agent 入口。