# 快速命令参考

## 📚 查看文档

```bash
# 启动文档服务器（推荐）
pixi run mkdocs serve

# 访问：http://localhost:8000

# 构建静态文档
pixi run mkdocs build

# 部署到 GitHub Pages
pixi run mkdocs gh-deploy
```

## 📦 安装项目

```bash
# 方式 1: 使用 Pixi（推荐）
pixi install
pixi shell

# 方式 2: 使用 Pip（需要先安装 RDKit）
conda install -c conda-forge rdkit
pip install -e .  # 开发模式

# 方式 3: 常规安装
pip install .
```

## 🧪 测试安装

```python
from macro_lactone_toolkit import MacroLactoneAnalyzer, MacrolactoneFragmenter
from macro_lactone_toolkit.workflows import fragment_csv, results_to_dataframe

analyzer = MacroLactoneAnalyzer()
fragmenter = MacrolactoneFragmenter()
print("✓ 安装成功！")
```

## 📓 运行示例

```bash
pixi run macro-lactone-toolkit analyze --smiles 'O=C1CCCCCCCCCCCCCCO1'
python scripts/batch_process.py --input molecules.csv --output fragments.csv --errors-output errors.csv
python scripts/analyze_fragments.py --input fragments.csv --output-dir analysis
```

## 🔍 项目结构

```bash
# 查看文档文件
find docs -type f -name "*.md" | sort

# 查看源代码
ls -la src/

# 查看配置文件
cat pyproject.toml
cat mkdocs.yml
```

## 📝 文档编辑

```bash
# 编辑文档
vim docs/user-guide/fragmenter-usage.md

# 实时预览
pixi run mkdocs serve

# 构建验证
pixi run mkdocs build
```

## 🚀 发布准备

```bash
# 构建分发包
python -m build

# 检查包
twine check dist/*

# 上传到 TestPyPI（测试）
twine upload --repository testpypi dist/*

# 上传到 PyPI（正式发布）
twine upload dist/*
```

## 🛠️ 开发工具

```bash
# 格式化代码
pixi run black src/

# 检查代码质量
pixi run flake8 src/

# 运行测试
pixi run pytest

# 测试覆盖率
pixi run pytest --cov=src
```

## 📊 项目信息

```bash
# 查看 Pixi 环境
pixi list

# 查看项目信息
cat pyproject.toml | grep -A 10 '\[project\]'

# 查看版本
cat pyproject.toml | grep version
```

## 🔗 重要文件

| 文件 | 说明 |
|------|------|
| `README.md` | 项目主文档 |
| `docs/SUMMARY.md` | 当前 API 和工作流摘要 |
| `scripts/README.md` | 脚本工作流说明 |
| `src/macro_lactone_toolkit/` | 正式包实现 |
| `pyproject.toml` | Python 项目配置 |
| `mkdocs.yml` | 文档配置 |
| `pixi.toml` | Pixi 环境配置 |

## 💡 常用链接

- **本地文档**: http://localhost:8000 (运行 `pixi run mkdocs serve`)
- **GitHub**: https://github.com/yourusername/macro_split
- **PyPI**: https://pypi.org/project/macrolactone-fragmenter/

---

**需要帮助？** 查看 `docs/SUMMARY.md`、`scripts/README.md` 或运行 `pixi run mkdocs serve`