Move project docs to docs/project-docs and update references

- Move AGENTS.md, CLEANUP_SUMMARY.md, DOCUMENTATION_GUIDE.md,
  IMPLEMENTATION_SUMMARY.md, QUICK_COMMANDS.md to docs/project-docs/
- Update AGENTS.md to include splicing module documentation
- Update mkdocs.yml navigation to include project-docs section
- Update .gitignore to track docs/ directory
- Add docs/plans/ splicing design documents

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>

docs/project-docs/CLEANUP_SUMMARY.md

@@ -0,0 +1,162 @@
+# 项目清理总结
+
+## ✅ 清理完成
+
+根目录已成功清理，现在更加整洁和专业！
+
+## 📁 当前根目录结构
+
+### 保留的 MD 文件（3 个）
+
+1. **README.md** (7.7 KB)
+   - 项目主文档
+   - 包含快速开始、安装、核心功能说明
+   - 已完全更新为现代化风格
+
+2. **DOCUMENTATION_GUIDE.md** (7.1 KB)
+   - 文档系统使用指南
+   - 如何编辑、构建、部署文档
+   - 非常实用的参考文档
+
+3. **QUICK_COMMANDS.md** (2.6 KB)
+   - 快速命令参考
+   - 常用命令速查表
+   - 便于日常使用
+
+### 归档的文件（14 个）
+
+已移动到 `archive/` 目录：
+
+- BATCH_PROCESSING_GUIDE.md
+- BRIDGE_RING_ANALYSIS.md
+- FINAL_REPORT.md
+- FIXES_SUMMARY.md
+- FRAGMENT_ANALYSIS_GUIDE.md
+- INDEX.md
+- LACTONE_DETECTION_FIX.md
+- PROJECT_COMPLETION_SUMMARY.md
+- PROJECT_SUMMARY.md
+- QUICK_GUIDE.md
+- QUICK_START.md
+- RERUN_GUIDE.md
+- SUMMARY.md
+- USAGE_EXAMPLES.md
+
+这些是开发过程中的临时文档，已归档备份但不再维护。
+
+## 📚 完整文档位置
+
+所有重要内容已整合到专业的文档系统中：
+
+### docs/ 目录结构
+
+```
+docs/
+├── index.md                     # 文档首页
+├── getting-started.md           # 快速开始（5分钟上手）
+├── installation.md              # 详细安装指南
+├── user-guide/                  # 用户指南
+│   ├── index.md
+│   ├── fragmenter-usage.md      # MacrolactoneFragmenter 使用
+│   ├── ring-numbering.md        # 环编号系统
+│   ├── visualization.md         # 可视化功能
+│   ├── batch-processing.md      # 批量处理
+│   └── data-export.md           # 数据导出
+├── tutorials/                   # 教程与示例
+│   ├── index.md
+│   ├── basic-tutorial.md
+│   ├── advanced-usage.md
+│   └── use-cases.md
+├── api/                         # API 参考（自动生成）
+│   ├── index.md
+│   ├── macrolactone-fragmenter.md
+│   ├── fragment-dataclass.md
+│   ├── ring-numbering.md
+│   ├── ring-visualization.md
+│   └── utilities.md
+├── development/                 # 开发者指南
+│   ├── index.md
+│   ├── contributing.md
+│   ├── project-structure.md
+│   └── testing.md
+└── about/                       # 关于
+    ├── index.md
+    ├── changelog.md
+    └── license.md
+```
+
+## 🎯 清理带来的好处
+
+1. **更专业**：根目录整洁，符合开源项目规范
+2. **易导航**：只保留最重要的 3 个文档
+3. **不丢失**：旧文档已归档到 `archive/` 目录
+4. **文档化**：完整的文档系统在 `docs/` 目录
+
+## 🚀 如何查看文档
+
+### 本地预览
+
+```bash
+# 启动文档服务器
+pixi run mkdocs serve
+
+# 访问 http://localhost:8000
+```
+
+### 构建静态网站
+
+```bash
+# 构建到 site/ 目录
+pixi run mkdocs build
+```
+
+### 部署到 GitHub Pages
+
+```bash
+# 自动构建并部署
+pixi run mkdocs gh-deploy
+```
+
+## 📋 快速参考
+
+| 文档 | 用途 | 位置 |
+|------|------|------|
+| 项目介绍 | 快速了解项目 | `README.md` |
+| 快速开始 | 5分钟上手 | `docs/getting-started.md` |
+| 安装指南 | 详细安装步骤 | `docs/installation.md` |
+| 用户指南 | 完整使用说明 | `docs/user-guide/` |
+| API 文档 | 代码参考 | `docs/api/` |
+| 教程示例 | 实际案例 | `docs/tutorials/` |
+| 开发指南 | 贡献代码 | `docs/development/` |
+| 文档系统 | 如何编辑文档 | `DOCUMENTATION_GUIDE.md` |
+| 快速命令 | 常用命令 | `QUICK_COMMANDS.md` |
+
+## 📊 统计
+
+### 清理前
+- 根目录 MD 文件：17 个
+- 总大小：~120 KB
+- 状态：混乱，难以导航
+
+### 清理后
+- 根目录 MD 文件：3 个（保留最重要的）
+- 归档文件：14 个（移动到 archive/）
+- 完整文档：30+ 个（在 docs/ 目录）
+- 状态：整洁，专业，易于使用
+
+## ✨ 总结
+
+根目录清理完成！现在项目结构更加清晰：
+
+- ✅ **根目录**：只有 3 个核心 MD 文件
+- ✅ **docs/**：完整的文档系统（30+ 文件）
+- ✅ **archive/**：历史文档归档
+- ✅ **src/**：核心代码
+- ✅ **notebooks/**：示例 Notebook
+
+项目现在完全准备好分享、发布和协作！🎉
+
+---
+
+*清理日期：2025-11-08*
+