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"cells": [
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"cell_type": "markdown",
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"metadata": {},
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"source": [
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||
"# 药物分子SMARTS筛选：基于张夏恒反应替代Sandmeyer反应的策略\n",
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"\n",
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"## 研究背景\n",
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"\n",
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||
"本notebook旨在筛选药物分子数据库中可能使用**张夏恒反应**替代**Sandmeyer反应**合成的化合物。\n",
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"\n",
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"### 关键概念\n",
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"\n",
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"**Sandmeyer反应**：传统的芳香胺转化方法\n",
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"- 反应式：Ar-NH₂ → [Ar-N₂⁺] → Ar-X\n",
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"- 产物：芳香卤化物（X = Cl, Br, I, CN, OH, SCN等）\n",
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"\n",
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"**张夏恒反应**：新兴的绿色反应方法\n",
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"- 提供更环保的合成路线\n",
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"- 可能替代传统Sandmeyer反应\n",
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"\n",
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"### 筛选策略\n",
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"\n",
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"基于**同分异构体生物等排替换**原理：\n",
|
||
"- 如果化合物A（使用Sandmeyer合成）有活性\n",
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||
"- 化合物B（使用张夏恒反应合成相同骨架）可能有相似活性\n",
|
||
"\n",
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||
"### 筛选逻辑\n",
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"\n",
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||
"**核心假设**：含有芳香卤素的药物可能通过Sandmeyer反应合成\n",
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"\n",
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||
"**优先级排序**：\n",
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"1. **杂芳环卤素**（最高优先级）\n",
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" - 氯代吡啶、氯代嘧啶等\n",
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||
" - 这些结构更可能使用Sandmeyer或SNAr反应合成\n",
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||
" \n",
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||
"2. **普通芳香卤素**（高优先级）\n",
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||
" - 任意芳香氯、溴、碘\n",
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||
" - 可能来自Sandmeyer反应，需要文献验证\n",
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||
"\n",
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||
"### 三种筛选方案\n",
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"\n",
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||
"#### 方案A（最保守）：杂芳环卤素筛选\n",
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||
"- **SMARTS模式**：`n:c:[Cl,Br,I]` 或 `n1c([Cl,Br,I])cccc1`\n",
|
||
"- **优势**：精准度最高，假阳性率低\n",
|
||
"- **适用**：快速找到最可能的候选药物\n",
|
||
"- **预期结果**：候选数量少但精准\n",
|
||
"\n",
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||
"#### 方案B（平衡）：所有芳香卤素筛选\n",
|
||
"- **SMARTS模式**：`c[Cl,Br,I]`\n",
|
||
"- **优势**：覆盖面更广，平衡精准度和广度\n",
|
||
"- **适用**：全面筛选药物库\n",
|
||
"- **预期结果**：候选数量中等，适中假阳性率\n",
|
||
"\n",
|
||
"#### 方案C（已删除）：简化版\n",
|
||
"- 只筛选含卤素化合物\n",
|
||
"- 精准度较低，已废弃\n",
|
||
"\n",
|
||
"---\n",
|
||
"\n",
|
||
"## 文件信息\n",
|
||
"\n",
|
||
"- **输入文件**：`/data/drug_targetmol/0c04ffc9fe8c2ec916412fbdc2a49bf4.sdf`\n",
|
||
"- **输出目录**：`/data/drug_targetmol/`\n",
|
||
"- **输出文件**：\n",
|
||
" - `candidates_planA_heteroaryl_halides.csv`（方案A结果）\n",
|
||
" - `candidates_planB_all_aromatic_halides.csv`（方案B结果）"
|
||
]
|
||
}
|
||
],
|
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"metadata": {
|
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"kernelspec": {
|
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"display_name": "Python 3",
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"language": "python",
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"name": "python3"
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},
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"language_info": {
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"codemirror_mode": {
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"name": "ipython",
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"version": 3
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},
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"file_extension": ".py",
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"mimetype": "text/x-python",
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"name": "python",
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"nbconvert_exporter": "python",
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"pygments_lexer": "ipython3",
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"version": "3.8.0"
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}
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},
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"nbformat": 4,
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"nbformat_minor": 4
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}
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