# macro_lactone_toolkit

`macro_lactone_toolkit` 是一个正式可安装的 Python 包，用于 12-20 元有效大环内酯的识别、环编号、侧链裂解和简单拼接回组装。

## 核心能力

- 默认自动识别 12-20 元有效大环内酯，也允许显式指定 `ring_size`
- 环编号规则固定为：
  - 位置 1 = 内酯羰基碳
  - 位置 2 = 环上的酯键氧
  - 位置 3-N = 沿统一方向连续编号
- 侧链裂解同时输出两套 SMILES：
  - `fragment_smiles_labeled`，例如 `[5*]`
  - `fragment_smiles_plain`，例如 `*`
- dummy 原子与连接原子的原始键型保持一致
- 提供正式 CLI：
  - `macro-lactone-toolkit analyze`
  - `macro-lactone-toolkit number`
  - `macro-lactone-toolkit fragment`

## 环境

推荐使用 `pixi`，项目已固定到 Python 3.12，并支持 `osx-arm64` 与 `linux-64`。

```bash
pixi install
pixi run pytest
pixi run python -c "import macro_lactone_toolkit"
```

## Python API

```python
from macro_lactone_toolkit import MacroLactoneAnalyzer, MacrolactoneFragmenter

analyzer = MacroLactoneAnalyzer()
valid_ring_sizes = analyzer.get_valid_ring_sizes("O=C1CCCCCCCCCCCCCCO1")

fragmenter = MacrolactoneFragmenter()
numbering = fragmenter.number_molecule("O=C1CCCCCCCCCCCCCCO1")
result = fragmenter.fragment_molecule("O=C1CCCC(C)CCCCCCCCCCO1", parent_id="mol_001")
```

## CLI

单分子分析：

```bash
pixi run macro-lactone-toolkit analyze --smiles "O=C1CCCCCCCCCCCCCCO1"
pixi run macro-lactone-toolkit number --smiles "O=C1CCCCCCCCCCCCCCO1"
pixi run macro-lactone-toolkit fragment --smiles "O=C1CCCC(C)CCCCCCCCCCO1" --parent-id mol_001
```

CSV 批处理：

```bash
pixi run macro-lactone-toolkit fragment \
  --input molecules.csv \
  --output fragments.csv \
  --errors-output fragment_errors.csv
```

默认读取 `smiles` 列；若存在 `id` 列则将其作为 `parent_id`，否则自动生成 `row_<index>`。

## Legacy Scripts

`scripts/` 目录保留为薄封装或迁移提示，不再承载核心实现。正式接口以 `macro_lactone_toolkit.*` 与 `macro-lactone-toolkit` CLI 为准。