Move project docs to docs/project-docs and update references

- Move AGENTS.md, CLEANUP_SUMMARY.md, DOCUMENTATION_GUIDE.md,
  IMPLEMENTATION_SUMMARY.md, QUICK_COMMANDS.md to docs/project-docs/
- Update AGENTS.md to include splicing module documentation
- Update mkdocs.yml navigation to include project-docs section
- Update .gitignore to track docs/ directory
- Add docs/plans/ splicing design documents

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>

docs/project-docs/QUICK_COMMANDS.md

@@ -0,0 +1,149 @@
+# 快速命令参考
+
+## 📚 查看文档
+
+```bash
+# 启动文档服务器（推荐）
+pixi run mkdocs serve
+
+# 访问：http://localhost:8000
+
+# 构建静态文档
+pixi run mkdocs build
+
+# 部署到 GitHub Pages
+pixi run mkdocs gh-deploy
+```
+
+## 📦 安装项目
+
+```bash
+# 方式 1: 使用 Pixi（推荐）
+pixi install
+pixi shell
+
+# 方式 2: 使用 Pip（需要先安装 RDKit）
+conda install -c conda-forge rdkit
+pip install -e .  # 开发模式
+
+# 方式 3: 常规安装
+pip install .
+```
+
+## 🧪 测试安装
+
+```python
+# 测试导入
+from src.macrolactone_fragmenter import MacrolactoneFragmenter
+print("✓ 安装成功！")
+
+# 快速测试
+fragmenter = MacrolactoneFragmenter(ring_size=16)
+print(f"✓ 初始化成功！ring_size={fragmenter.ring_size}")
+```
+
+## 📓 运行示例
+
+```bash
+# Jupyter Notebook
+pixi run jupyter notebook notebooks/filter_molecules.ipynb
+
+# 或启动 Jupyter Lab
+pixi run jupyter lab
+```
+
+## 🔍 项目结构
+
+```bash
+# 查看文档文件
+find docs -type f -name "*.md" | sort
+
+# 查看源代码
+ls -la src/
+
+# 查看配置文件
+cat pyproject.toml
+cat mkdocs.yml
+```
+
+## 📝 文档编辑
+
+```bash
+# 编辑文档
+vim docs/user-guide/fragmenter-usage.md
+
+# 实时预览
+pixi run mkdocs serve
+
+# 构建验证
+pixi run mkdocs build
+```
+
+## 🚀 发布准备
+
+```bash
+# 构建分发包
+python -m build
+
+# 检查包
+twine check dist/*
+
+# 上传到 TestPyPI（测试）
+twine upload --repository testpypi dist/*
+
+# 上传到 PyPI（正式发布）
+twine upload dist/*
+```
+
+## 🛠️ 开发工具
+
+```bash
+# 格式化代码
+pixi run black src/
+
+# 检查代码质量
+pixi run flake8 src/
+
+# 运行测试
+pixi run pytest
+
+# 测试覆盖率
+pixi run pytest --cov=src
+```
+
+## 📊 项目信息
+
+```bash
+# 查看 Pixi 环境
+pixi list
+
+# 查看项目信息
+cat pyproject.toml | grep -A 10 '\[project\]'
+
+# 查看版本
+cat pyproject.toml | grep version
+```
+
+## 🔗 重要文件
+
+| 文件 | 说明 |
+|------|------|
+| `README.md` | 项目主文档 |
+| `DOCUMENTATION_GUIDE.md` | 文档系统使用指南 |
+| `PROJECT_COMPLETION_SUMMARY.md` | 项目完成总结 |
+| `QUICK_COMMANDS.md` | 本文件 |
+| `pyproject.toml` | Python 项目配置 |
+| `setup.py` | 打包脚本 |
+| `mkdocs.yml` | 文档配置 |
+| `pixi.toml` | Pixi 环境配置 |
+
+## 💡 常用链接
+
+- **本地文档**: http://localhost:8000 (运行 `pixi run mkdocs serve`)
+- **GitHub**: https://github.com/yourusername/macro_split
+- **PyPI**: https://pypi.org/project/macrolactone-fragmenter/
+
+---
+
+**需要帮助？** 查看 `DOCUMENTATION_GUIDE.md` 或运行 `pixi run mkdocs serve`
+