# 项目清理总结

## ✅ 清理完成

根目录已成功清理，现在更加整洁和专业！

## 📁 当前根目录结构

### 保留的 MD 文件（3 个）

1. **README.md** (7.7 KB)
   - 项目主文档
   - 包含快速开始、安装、核心功能说明
   - 已完全更新为现代化风格

2. **DOCUMENTATION_GUIDE.md** (7.1 KB)
   - 文档系统使用指南
   - 如何编辑、构建、部署文档
   - 非常实用的参考文档

3. **QUICK_COMMANDS.md** (2.6 KB)
   - 快速命令参考
   - 常用命令速查表
   - 便于日常使用

### 归档的文件（14 个）

已移动到 `archive/` 目录：

- BATCH_PROCESSING_GUIDE.md
- BRIDGE_RING_ANALYSIS.md
- FINAL_REPORT.md
- FIXES_SUMMARY.md
- FRAGMENT_ANALYSIS_GUIDE.md
- INDEX.md
- LACTONE_DETECTION_FIX.md
- PROJECT_COMPLETION_SUMMARY.md
- PROJECT_SUMMARY.md
- QUICK_GUIDE.md
- QUICK_START.md
- RERUN_GUIDE.md
- SUMMARY.md
- USAGE_EXAMPLES.md

这些是开发过程中的临时文档，已归档备份但不再维护。

## 📚 完整文档位置

所有重要内容已整合到专业的文档系统中：

### docs/ 目录结构

```
docs/
├── index.md                     # 文档首页
├── getting-started.md           # 快速开始（5分钟上手）
├── installation.md              # 详细安装指南
├── user-guide/                  # 用户指南
│   ├── index.md
│   ├── fragmenter-usage.md      # MacrolactoneFragmenter 使用
│   ├── ring-numbering.md        # 环编号系统
│   ├── visualization.md         # 可视化功能
│   ├── batch-processing.md      # 批量处理
│   └── data-export.md           # 数据导出
├── tutorials/                   # 教程与示例
│   ├── index.md
│   ├── basic-tutorial.md
│   ├── advanced-usage.md
│   └── use-cases.md
├── api/                         # API 参考（自动生成）
│   ├── index.md
│   ├── macrolactone-fragmenter.md
│   ├── fragment-dataclass.md
│   ├── ring-numbering.md
│   ├── ring-visualization.md
│   └── utilities.md
├── development/                 # 开发者指南
│   ├── index.md
│   ├── contributing.md
│   ├── project-structure.md
│   └── testing.md
└── about/                       # 关于
    ├── index.md
    ├── changelog.md
    └── license.md
```

## 🎯 清理带来的好处

1. **更专业**：根目录整洁，符合开源项目规范
2. **易导航**：只保留最重要的 3 个文档
3. **不丢失**：旧文档已归档到 `archive/` 目录
4. **文档化**：完整的文档系统在 `docs/` 目录

## 🚀 如何查看文档

### 本地预览

```bash
# 启动文档服务器
pixi run mkdocs serve

# 访问 http://localhost:8000
```

### 构建静态网站

```bash
# 构建到 site/ 目录
pixi run mkdocs build
```

### 部署到 GitHub Pages

```bash
# 自动构建并部署
pixi run mkdocs gh-deploy
```

## 📋 快速参考

| 文档 | 用途 | 位置 |
|------|------|------|
| 项目介绍 | 快速了解项目 | `README.md` |
| 快速开始 | 5分钟上手 | `docs/getting-started.md` |
| 安装指南 | 详细安装步骤 | `docs/installation.md` |
| 用户指南 | 完整使用说明 | `docs/user-guide/` |
| API 文档 | 代码参考 | `docs/api/` |
| 教程示例 | 实际案例 | `docs/tutorials/` |
| 开发指南 | 贡献代码 | `docs/development/` |
| 文档系统 | 如何编辑文档 | `DOCUMENTATION_GUIDE.md` |
| 快速命令 | 常用命令 | `QUICK_COMMANDS.md` |

## 📊 统计

### 清理前
- 根目录 MD 文件：17 个
- 总大小：~120 KB
- 状态：混乱，难以导航

### 清理后
- 根目录 MD 文件：3 个（保留最重要的）
- 归档文件：14 个（移动到 archive/）
- 完整文档：30+ 个（在 docs/ 目录）
- 状态：整洁，专业，易于使用

## ✨ 总结

根目录清理完成！现在项目结构更加清晰：

- ✅ **根目录**：只有 3 个核心 MD 文件
- ✅ **docs/**：完整的文档系统（30+ 文件）
- ✅ **archive/**：历史文档归档
- ✅ **src/**：核心代码
- ✅ **notebooks/**：示例 Notebook

项目现在完全准备好分享、发布和协作！🎉

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*清理日期：2025-11-08*

