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rebuildinpython/lp_score.py

@@ -0,0 +1,40 @@
+import numpy as np
+from andromeda import andromeda_score
+
+def lp_score(masses, spec_masses, spec_intensities, tol=0.1, p=0.06):
+    """
+    计算局部化概率（LP）分数。
+    
+    参数:
+    - masses: 理论质谱峰列表
+    - spec_masses: 实验质谱峰列表
+    - spec_intensities: 实验峰对应的强度
+    - tol: 质量容差
+    - p: 匹配概率
+    
+    返回:
+    - LP分数
+    """
+    # 初始化匹配计数
+    k = 0
+    for mass in masses:
+        # 找到最近的实验峰并检查匹配
+        closest_idx = np.abs(np.array(spec_masses) - mass).argmin()
+        if np.abs(spec_masses[closest_idx] - mass) <= tol:
+            k += 1
+    
+    # 计算Andromeda得分
+    n = len(masses)  # 理论峰总数
+    base_score = andromeda_score(k, n, p)
+    
+    # 计算LP归一化
+    lp = np.exp((base_score - 100) * np.log(10) / 10)
+    lp /= np.sum(lp)  # 归一化操作
+    
+    return lp
+
+# 示例计算
+masses = [100, 105, 110, 115, 120]  # 示例理论峰
+spec_masses = [101, 106, 111, 116, 121]  # 示例实验峰
+spec_intensities = [10, 20, 30, 40, 50]  # 实验峰强度
+lp_score(masses, spec_masses, spec_intensities)