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rebuildinpython/andromeda.py

@@ -0,0 +1,35 @@
+import numpy as np
+from scipy.special import gammaln  # gammaln(x) 计算 ln(x!) 更为高效
+
+def andromeda_score(k, n, p=0.06):
+    """
+    计算Andromeda算法的得分。
+    
+    参数:
+    - k: 匹配的理论峰数
+    - n: 理论峰的总数
+    - p: 匹配概率，默认0.06
+    
+    返回:
+    - Andromeda得分
+    """
+    # 计算匹配项和不匹配项
+    match_term = -k * np.log(p)
+    non_match_term = -(n - k) * np.log(1 - p)
+
+    # 计算组合项
+    factln_n = gammaln(n + 1)  # 对应 Factln(n)
+    factln_k = gammaln(k + 1)  # 对应 Factln(k)
+    factln_n_k = gammaln(n - k + 1)  # 对应 Factln(n - k)
+
+    # Andromeda得分
+    score = match_term + non_match_term - factln_n + factln_k + factln_n_k
+
+    # 缩放得分
+    score = 10.0 * score / np.log(10)
+    return score
+
+# 示例计算
+k = 2
+n = 5
+andromeda_score(k, n)