#!/bin/bash #This script needs to be edited for each run. #Define PDB Filename & GROMACS Pameters # reference: http://www.mdtutorials.com/gmx/lysozyme/ # NAME=1ao7 NSTEPS=50000000 ./md_gromacs.sh # 命令会临时设置 NAME 为 1ao7 和 NSTEPS 为 50000000（对应 100ns），然后运行 md_gromacs.sh 脚本 # Check if GMXRC_PATH is provided and source it if [ -n "$GMXRC_PATH" ]; then source "$GMXRC_PATH" # source /home/lingyuzeng/software/gmx2023.2/bin/GMXRC fi GPU_ID=${GPU_ID:-"0"} NAME="protein" LIGAND_GRO="mole.gro" # 配体的 .gro 文件 LIGAND_ITP="mole.itp" # 配体的 .itp 文件 # FORCEFIELD=${FORCEFIELD:-"amber99sb-ildn"} FORCEFIELD=${FORCEFIELD:-"amber99sb"} WATERMODEL=${WATERMODEL:-"tip3p"} WATERTOPFILE=${WATERTOPFILE:-"spc216.gro"} BOXTYPE=${BOXTYPE:-"tric"} # or dodecahedron BOXORIENTATION=${BOXORIENTATION:-"1.0"} # NSTEPS=${NSTEPS:-500000} # 50,000 steps for 1 ns NSTEPS=${NSTEPS:-50000000} # 100 ns 模拟 DT=${DT:-0.002} # 2 fs #BOXSIZE="5.0" #BOXCENTER="2.5" # Define simulation name variable MDRUN_NAME=${MDRUN_NAME:-"md"} NDX_NAME=${NDX_NAME:-"index"} # Define analysis parameters # Define other filenames based on MDRUN_NAME TPR_FILE="${MDRUN_NAME}.tpr" XTC_FILE="${MDRUN_NAME}.xtc" NDX_FILE="${NDX_NAME}.ndx" NO_PBC_XTC_FILE="${MDRUN_NAME}_noPBC.xtc" OUTPUT_FOLDER=${OUTPUT_FOLDER:-"frame_extraction_output"} TEMP_FOLDER=${TEMP_FOLDER:-"temp"} # Define variables for frame extraction EXTRACT_EVERY_PS=${EXTRACT_EVERY_PS:-100} # Default to 100 ps if not set # Print the current settings echo "Current settings:" echo "NAME: $NAME" echo "LIGAND_GRO: $LIGAND_GRO" echo "FORCEFIELD: $FORCEFIELD" echo "WATERMODEL: $WATERMODEL" echo "WATERTOPFILE: $WATERTOPFILE" echo "BOXTYPE: $BOXTYPE" echo "BOXORIENTATION: $BOXORIENTATION" echo "NSTEPS: $NSTEPS" echo "DT: $DT" echo "MDRUN_NAME: $MDRUN_NAME" echo "TPR_FILE: $TPR_FILE" echo "XTC_FILE: $XTC_FILE" echo "NO_PBC_XTC_FILE: $NO_PBC_XTC_FILE" echo "OUTPUT_FOLDER: $OUTPUT_FOLDER" echo "EXTRACT_EVERY_PS: $EXTRACT_EVERY_PS" # Step 1: Generate GROMACS .gro file for the protein gmx_mpi pdb2gmx -f $NAME.pdb -o $NAME.gro -ff $FORCEFIELD -water $WATERMODEL -p topol.top -ignh # gmx_mpi pdb2gmx -f protein.pdb -o $NAME.gro -ff $FORCEFIELD -water $WATERMODEL -p topol.top -ignh # gmx_mpi pdb2gmx -f protein.pdb -o protein.gro -ff amber99sb -water tip3p -p unk.top -ignh # 使用 Sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）提取 # Step 2: Merge protein and ligand .gro files into a complex cat $NAME.gro mole.gro > complex.gro # 获取蛋白质和小分子的原子数 PROTEIN_ATOMS=$(head -n 2 $NAME.gro | tail -n 1 | tr -d ' ') LIGAND_ATOMS=$(head -n 2 mole.gro | tail -n 1 | tr -d ' ') # 打印原子数，确保正确 echo "Protein atoms: $PROTEIN_ATOMS" echo "Ligand atoms: $LIGAND_ATOMS" # 计算总原子数 TOTAL_ATOMS=$(($PROTEIN_ATOMS + $LIGAND_ATOMS)) # 打印总原子数 7482 echo "Total atoms: $TOTAL_ATOMS" # 更新原子数目 sed -i "2s/\(^[[:space:]]*\)[0-9]\+/\1$TOTAL_ATOMS/" complex.gro # 定义盒子、添加溶剂和离子、能量最小化 # 定义盒子并向盒子充满水 # Step 3: Define the simulation box gmx_mpi editconf -f complex.gro -o complex-box.gro -bt $BOXTYPE -c -d $BOXORIENTATION # gmx_mpi editconf -f complex.gro -o complex-box.gro -bt dodecahedron -c -d 1.0 # Step 4: Add solvate gmx_mpi solvate -cp complex-box.gro -cs $WATERTOPFILE -o complex-solv.gro -p topol.top # gmx_mpi solvate -cp complex-box.gro -cs spc216.gro -o complex-solv.gro -p topol.top # 添加离子 # add icons # ! ions.mdp add by manual # --- ions.mdp file content --- # cat << EOF > ions.mdp ; ions.mdp - used as input into grompp to generate ions.tpr ; Parameters describing what to do, when to stop and what to save integrator = steep ; Algorithm （steep = steepest descent minimization） emtol = 1000.0 ; Stop minimization when the maximum force < 1000.0 kJ/mol/nm emstep = 0.01 ; Minimization step size nsteps = 50000 ; Maximum number of （minimization） steps to perform ; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions nstlist = 1 ; Frequency to update the neighbor list and long range forces cutoff-scheme = Verlet ; Buffered neighbor searching ns_type = grid ; Method to determine neighbor list （simple, grid） coulombtype = cutoff ; Treatment of long range electrostatic interactions rcoulomb = 1.0 ; Short-range electrostatic cut-off rvdw = 1.0 ; Short-range Van der Waals cut-off pbc = xyz ; Periodic Boundary Conditions in all 3 dimensions EOF gmx_mpi grompp -f ions.mdp -c complex-solv.gro -p topol.top -o ions.tpr -maxwarn 1 # 添加NaCl echo SOL | gmx_mpi genion -s ions.tpr -o complex-solv-ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -conc 0.125 -neutral # -pname 阳离子的名称 # -nname 阴离子的名称 # -np 阳离子个数 # -nn 阴离子个数 # 能量最小化 # energy minimization of the structure in solvate # ! minim.mdp add by manual # --- minim.mdp file content --- # cat << EOF > minim.mdp ; minim.mdp - used as input into grompp to generate em.tpr ; Parameters describing what to do, when to stop and what to save integrator = steep ; Algorithm （steep = steepest descent minimization） emtol = 1000.0 ; Stop minimization when the maximum force < 1000.0 kJ/mol/nm emstep = 0.01 ; Minimization step size nsteps = 50000 ; Maximum number of （minimization） steps to perform ; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions nstlist = 1 ; Frequency to update the neighbor list and long range forces cutoff-scheme = Verlet ; Buffered neighbor searching ns_type = grid ; Method to determine neighbor list （simple, grid） coulombtype = PME ; Treatment of long range electrostatic interactions rcoulomb = 1.0 ; Short-range electrostatic cut-off rvdw = 1.0 ; Short-range Van der Waals cut-off pbc = xyz ; Periodic Boundary Conditions in all 3 dimensions EOF gmx_mpi grompp -f minim.mdp -c complex-solv-ions.gro -p topol.top -o em.tpr gmx_mpi mdrun -v -deffnm em # optional em, you will need the Xmgrace plotting too #gmx_mpi energy -f em.edr -o potential.xvg # 查看系统的系统的总势能变化情况 echo "12\n" | gmx_mpi energy -f em.edr -o potential.xvg # 系统的总势能变化绘图 ./plot_potential.sh potential.xvg potential.svg # 位置约束（Position Restraint） # 位置约束是指在进行模拟时，约束某些原子的位置，使它们不会偏离初始坐标。在能量最小化之后的位置约束步骤用于对溶剂和其他环境进行平衡，同时保持蛋白质或其他分子的位置不变。通常用于溶液系统的准备过程，以避免对生物分子结构造成过大影响。 # 位置约束步骤解释 # posre.mdp 文件是位置约束的输入文件，它会约束特定原子的运动。 # grompp -r em.gro：此命令中的 -r em.gro 参数指明位置约束应基于已经能量最小化的结构 em.gro 进行。 # mdrun -deffnm posre：执行模拟时，会生成位置约束下的模拟结果。 # 如何使用 # 首先准备好 posre.mdp 文件，然后执行以下命令： # gmx_mpi grompp -f posre.mdp -c em.gro -p topol.top -o posre.tpr -r em.gro # gmx_mpi mdrun -v -deffnm posre # 这将生成一个应用位置约束后的系统，用于后续的分子动力学模拟步骤。 # 位置限制的目的: 加速体系平衡, 减少计算资源浪费 # 对配体施加位置限制（position restraint），通常是为了在分子动力学模拟的早期阶段保持配体在特定位置，以帮助系统更快达到平衡，尤其是在 NVT（恒体积恒温）和 NPT（恒压恒温）平衡的过程中。这种约束有助于避免在系统能量未平衡时，配体位置大幅偏离而影响蛋白-配体复合物的稳定性。 # 位置限制通常在以下情况中使用： # 能量最小化后，NVT 和 NPT 平衡之前： # 在模拟的平衡阶段（NVT 和 NPT），施加配体限制可以保证配体在溶剂环境中不产生大幅度的偏移，特别是在系统温度和压力稳定之前。这时配体的限制作用是关键的。 # 平衡后，生产阶段去除限制： # 在生产阶段（即实际的分子动力学生产模拟），通常应去除位置限制，以观察蛋白-配体复合物的真实动态行为。如果限制保留在生产阶段，配体的运动将受到不必要的约束，无法得到真实的配体运动轨迹。 # 限制可做可不做的情况： # 如果体系比较简单，且配体与蛋白质的相互作用较强，位置限制可以选择不做，直接让配体在系统中自由运动。 # 如果配体是比较松散或弱结合到蛋白质上的，或者你关心配体的初期运动轨迹，初期的短时间平衡阶段可以不施加限制。 # 限制配体 # 平衡蛋白配体复合物与平衡水中只包含蛋白的体系非常类似，值得注意的是： # 1、对配体施加限定。 # 2、对于温度耦合群的处理。 # 为了限定配体，需要为他生成一个位置限定拓扑。首先，为JZ4创建一个只包含非氢原子的index group。 gmx_mpi make_ndx -f mole.gro -o index_mole.ndx << EOF 0 & ! a H* q EOF # 执行genrestr模块，选择新创建的index group（在index_mole.ndx文件中是group 3） # echo -e "0\nq" | gmx_mpi genrestr -f mol.gro -o posre_mol.itp gmx_mpi genrestr -f mole.gro -n index_mole.ndx -o posre_mole.itp -fc 1000 1000 1000 << EOF 3 EOF # 下一步需要把这个信息包括在拓扑文件中。有几种方式，取决于我们希望使用的条件。这里介绍第一种：如果我们想在无论蛋白是否被限定的条件下对配体施加限定，在拓扑文件的Include ligand topology之后中加入如下内容： # 在拓扑文件的Include ligand topology之后中加入如下内容 : << EOF ; Ligand position restraints #ifdef POSRES #include "posre_mole.itp" #endif EOF # 必须要把限定这段话加在Include ligand topology之后，Include water topology之前，加在其他任何地方都会报错。 # 由于对只有几个原子的组在控制其动能的涨落时, 温度耦合算法不够稳定，不要对体系中的每一单个物种使用独立的耦合。创建一个特殊的组, 其中包含蛋白质和配体。 gmx_mpi make_ndx -f em.gro -o index.ndx << EOF 1 | 13 q EOF # NVT、NPT平衡 # nvt # gmx_mpi grompp -f nvt.mdp -c posre.gro -p topol.top -o nvt.tpr # --- nvt.mdp file content --- # cat << EOF > nvt.mdp title = Protein-ligand complex NVT equilibration define = -DPOSRES ; position restrain the protein and ligand ; Run parameters integrator = md ; leap-frog integrator nsteps = 50000 ; 2 * 50000 = 100 ps dt = 0.002 ; 2 fs ; Output control nstenergy = 500 ; save energies every 1.0 ps nstlog = 500 ; update log file every 1.0 ps nstxout-compressed = 500 ; save coordinates every 1.0 ps ; Bond parameters continuation = no ; first dynamics run constraint_algorithm = lincs ; holonomic constraints constraints = h-bonds ; bonds involving H are constrained lincs_iter = 1 ; accuracy of LINCS lincs_order = 4 ; also related to accuracy ; Neighbor searching and vdW cutoff-scheme = Verlet ns_type = grid ; search neighboring grid cells nstlist = 20 ; largely irrelevant with Verlet rlist = 1.2 vdwtype = cutoff vdw-modifier = force-switch rvdw-switch = 1.0 rvdw = 1.2 ; short-range van der Waals cutoff (in nm) ; Electrostatics coulombtype = PME ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics rcoulomb = 1.2 ; short-range electrostatic cutoff (in nm) pme_order = 4 ; cubic interpolation fourierspacing = 0.16 ; grid spacing for FFT ; Temperature coupling is on tcoupl = V-rescale ; modified Berendsen thermostat tc-grps = Protein_MOL Water_and_ions ; two coupling groups - more accurate tau_t = 0.1 0.1 ; time constant, in ps ref_t = 310 310 ; reference temperature, one for each group, in K ; Pressure coupling is off pcoupl = no ; no pressure coupling in NVT ; Periodic boundary conditions pbc = xyz ; 3-D PBC ; Velocity generation gen_vel = yes ; assign velocities from Maxwell distribution gen_temp = 300 ; temperature for Maxwell distribution gen_seed = -1 ; generate a random seed EOF gmx_mpi grompp -f nvt.mdp -c em.gro -r em.gro -p topol.top -o nvt.tpr -n index.ndx gmx_mpi mdrun -v -deffnm nvt # optional : Let's analyze the temperature progression, again using energy: # 提取并保存温度数据 gmx_mpi energy -f nvt.edr -o temperature.xvg << EOF 17 39 40 EOF # 拆分 .xvg 文件 # 提取整体温度 grep -v '^@' temperature.xvg | grep -v '^#' | awk '{print $1, $2}' > system_temperature.xvg # 提取 Protein_MOL 组的温度 grep -v '^@' temperature.xvg | grep -v '^#' | awk '{print $1, $3}' > protein_mol_temperature.xvg # 提取 Water_and_ions 组的温度 grep -v '^@' temperature.xvg | grep -v '^#' | awk '{print $1, $4}' > water_and_ions_temperature.xvg # 绘制温度变化曲线 ./plot_potential.sh system_temperature.xvg system_temperature.svg ./plot_potential.sh protein_mol_temperature.xvg protein_mol_temperature.svg ./plot_potential.sh water_and_ions_temperature.xvg water_and_ions_temperature.svg # NPT平衡 # gmx_mpi grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -t nvt.cpt -p topol.top -o npt.tpr # --- npt.mdp file content --- # cat << EOF > npt.mdp title = Protein-ligand complex NPT equilibration define = -DPOSRES ; position restrain the protein and ligand ; Run parameters integrator = md ; leap-frog integrator nsteps = 50000 ; 2 * 50000 = 100 ps dt = 0.002 ; 2 fs ; Output control nstenergy = 500 ; save energies every 1.0 ps nstlog = 500 ; update log file every 1.0 ps nstxout-compressed = 500 ; save coordinates every 1.0 ps ; Bond parameters continuation = yes ; continuing from NVT constraint_algorithm = lincs ; holonomic constraints constraints = h-bonds ; bonds to H are constrained lincs_iter = 1 ; accuracy of LINCS lincs_order = 4 ; also related to accuracy ; Neighbor searching and vdW cutoff-scheme = Verlet ns_type = grid ; search neighboring grid cells nstlist = 20 ; largely irrelevant with Verlet rlist = 1.2 vdwtype = cutoff vdw-modifier = force-switch rvdw-switch = 1.0 rvdw = 1.2 ; short-range van der Waals cutoff (in nm) ; Electrostatics coulombtype = PME ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics rcoulomb = 1.2 pme_order = 4 ; cubic interpolation fourierspacing = 0.16 ; grid spacing for FFT ; Temperature coupling tcoupl = V-rescale ; modified Berendsen thermostat tc-grps = Protein_MOL Water_and_ions ; two coupling groups - more accurate tau_t = 0.1 0.1 ; time constant, in ps ref_t = 300 300 ; reference temperature, one for each group, in K ; Pressure coupling pcoupl = Parrinello-Rahman ; Parrinello-Rahman or C-rescale for NPT production pcoupltype = isotropic ; uniform scaling of box vectors tau_p = 2.0 ; time constant, in ps ref_p = 1.0 ; reference pressure, in bar compressibility = 4.5e-5 ; isothermal compressibility of water, bar^-1 refcoord_scaling = com ; Periodic boundary conditions pbc = xyz ; 3-D PBC ; Dispersion correction is not used for proteins with the C36 additive FF DispCorr = no ; Velocity generation gen_vel = no ; velocity generation off after NVT EOF gmx_mpi grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -r nvt.gro -t nvt.cpt -p topol.top -o npt.tpr -n index.ndx gmx_mpi mdrun -v -deffnm npt # Optional: Let's analyze the pressure progression, again using energy: type 18 0 gmx_mpi energy -f npt.edr -o pressure.xvg << EOF 18 0 EOF # Optional: Let's take a look at density as well, this time using energy and entering "24 0" at the prompt. gmx_mpi energy -f npt.edr -o density.xvg << EOF 24 0 EOF # 绘制 SVG 图像 # 绘制压力图像 ./plot_potential.sh pressure.xvg pressure.svg # 绘制密度图像 ./plot_potential.sh density.xvg density.svg # md # --- md.mdp file content --- # cat << EOF > ${MDRUN_NAME}.mdp title = Protein-ligand complex MD simulation ; Run parameters integrator = md ; leap-frog integrator nsteps = 5000000 ; 2 * 5000000 = 10000 ps (10 ns) dt = 0.002 ; 2 fs ; Output control nstenergy = 5000 ; save energies every 10.0 ps nstlog = 5000 ; update log file every 10.0 ps nstxout-compressed = 5000 ; save coordinates every 10.0 ps ; Bond parameters continuation = yes ; continuing from NPT constraint_algorithm = lincs ; holonomic constraints constraints = h-bonds ; bonds to H are constrained lincs_iter = 1 ; accuracy of LINCS lincs_order = 4 ; also related to accuracy ; Neighbor searching and vdW cutoff-scheme = Verlet ns_type = grid ; search neighboring grid cells nstlist = 20 ; largely irrelevant with Verlet rlist = 1.2 vdwtype = cutoff vdw-modifier = force-switch rvdw-switch = 1.0 rvdw = 1.2 ; short-range van der Waals cutoff (in nm) ; Electrostatics coulombtype = PME ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics rcoulomb = 1.2 pme_order = 4 ; cubic interpolation fourierspacing = 0.16 ; grid spacing for FFT ; Temperature coupling tcoupl = V-rescale ; modified Berendsen thermostat tc-grps = Protein_MOL Water_and_ions ; two coupling groups - more accurate tau_t = 0.1 0.1 ; time constant, in ps ref_t = 310 310 ; reference temperature, one for each group, in K ; Pressure coupling pcoupl = Parrinello-Rahman ; pressure coupling is on for NPT pcoupltype = isotropic ; uniform scaling of box vectors tau_p = 2.0 ; time constant, in ps ref_p = 1.0 ; reference pressure, in bar compressibility = 4.5e-5 ; isothermal compressibility of water, bar^-1 ; Periodic boundary conditions pbc = xyz ; 3-D PBC ; Dispersion correction is not used for proteins with the C36 additive FF DispCorr = no ; Velocity generation gen_vel = no ; continuing from NPT equilibration EOF # Generate GROMACS .tpr file for the simulation gmx_mpi grompp -f ${MDRUN_NAME}.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o ${TPR_FILE} -n index.ndx # Run the simulation gmx_mpi mdrun -deffnm ${MDRUN_NAME} -update gpu -ntomp 1 -gpu_id ${GPU_ID} # 中心化并修正 PBC gmx_mpi trjconv -s ${TPR_FILE} -f ${MDRUN_NAME}.xtc -o ${MDRUN_NAME}_center.xtc -center -pbc mol -ur compact << EOF 1 0 EOF # 旋转和平移拟合 gmx_mpi trjconv -s ${TPR_FILE} -f ${MDRUN_NAME}_center.xtc -o ${MDRUN_NAME}_fit.xtc -fit rot+trans << EOF 4 0 EOF # 提取轨迹帧 # -dt 100 表示每隔 100 ps 提取一个帧。即提取的时间间隔是 500 ps。 或者用控制变量：EXTRACT_EVERY_PS # 选择组分 21 Protein_MOL gmx_mpi trjconv -s ${TPR_FILE} -f ${MDRUN_NAME}_fit.xtc -o whole.pdb -dt 100 -b 1000 -e 20000 -n index.ndx << EOF 21 EOF # RMSD 分析 # 分析 Protein_MOL 的 RMSD 并绘制图像 gmx_mpi rms -s ${MDRUN_NAME}.tpr -f ${MDRUN_NAME}_center.xtc -tu ns -o rmsd_protein_mol.xvg -n index.ndx << EOF 21 # 选择 "Protein_MOL" 进行拟合 21 # 选择 "Protein_MOL" 进行 RMSD 计算 EOF ./plot_rmsd.sh rmsd_protein_mol.xvg rmsd_protein_mol.svg # 分析蛋白骨架 (Backbone) 的 RMSD 并绘制图像 gmx_mpi rms -s ${MDRUN_NAME}.tpr -f ${MDRUN_NAME}_center.xtc -tu ns -o rmsd_backbone.xvg -n index.ndx << EOF 4 # 选择 "Backbone" 进行拟合 4 # 选择 "Backbone" 进行 RMSD 计算 EOF ./plot_rmsd.sh rmsd_backbone.xvg rmsd_backbone.svg # 执行 RMSF 分析 # 对 Protein 进行 RMSF 分析 gmx_mpi rmsf -s ${MDRUN_NAME}.tpr -f ${MDRUN_NAME}_center.xtc -o rmsf_protein.xvg -res -ox avg_structure_protein.pdb -n index.ndx << EOF 1 # 选择 Protein 进行 RMSF 分析 EOF # 使用 plot_rmsf.sh 绘制 Protein 的 RMSF 图像 ./plot_rmsf.sh rmsf_protein.xvg rmsf_protein.svg # 对 Backbone 进行 RMSF 分析 gmx_mpi rmsf -s ${MDRUN_NAME}.tpr -f ${MDRUN_NAME}_center.xtc -o rmsf_backbone.xvg -res -ox avg_structure_backbone.pdb -n index.ndx << EOF 4 # 选择 Backbone 进行 RMSF 分析 EOF # 使用 plot_rmsf.sh 绘制 Backbone 的 RMSF 图像 ./plot_rmsf.sh rmsf_backbone.xvg rmsf_backbone.svg # 执行氢键分析 gmx_mpi hbond -s ${MDRUN_NAME}.tpr -n index.ndx -f ${MDRUN_NAME}_center.xtc -num hbond_protein_ligand.xvg << EOF 1 # 选择 Protein 13 # 选择 Ligand (配体) EOF # 使用 plot_hbond.sh 绘制氢键数量变化图像 ./plot_hbond.sh hbond_protein_ligand.xvg hbond_protein_ligand.svg # 执行回旋半径分析 # 对 Protein 进行回旋半径分析 gmx_mpi gyrate -s ${MDRUN_NAME}.tpr -n index.ndx -f ${MDRUN_NAME}_center.xtc -o gyration_protein.xvg << EOF 1 # 选择 Protein 进行回旋半径分析 EOF # 使用 plot_gyration.sh 绘制 Protein 的回旋半径图像 ./plot_gyration.sh gyration_protein.xvg gyration_protein.svg # 对 Protein_MOL 进行回旋半径分析 gmx_mpi gyrate -s ${MDRUN_NAME}.tpr -n index.ndx -f ${MDRUN_NAME}_center.xtc -o gyration_protein_mol.xvg << EOF 21 # 选择 Protein_MOL 进行回旋半径分析 EOF # 使用 plot_gyration.sh 绘制 Protein_MOL 的回旋半径图像 ./plot_gyration.sh gyration_protein_mol.xvg gyration_protein_mol.svg : << EOF MMPBSA计算（结合能计算） 采集40-50ns的模拟数据（这里通常采集体系平衡的数据）。 gmx trjconv -f md_0_10_center.xtc -o trj_40-50ns.xtc -b 40000 -e 50000 检查轨迹路径 gmx check -f trj_40-50ns.xtc 检查index.ndx， 配体的索引只能是一个，多的必须删除（ctrl+F搜索配体名称，剩一个配体即可）。删除后保存。 下载 gmx_mmpbsa.bash，网址：https://github.com/Jerkwin/gmxtools/blob/master/gmx_mmpbsa/gmx_mmpbsa.bsh 修改文件： 尚未完成参考： 链接：https://www.jianshu.com/p/d1ae60c96b33 EOF # gmx_mpi rms -f md.xtc -s md.tpr -o rmsd_protein.xvg # 两次都选骨架部分（protein） # 注意观测在模拟过程中骨架的RMSD波动是否较大 # gmx_mpi rms -f md.xtc -s md.tpr -o rmsd_protein.xvg # 第一次选择骨架部分（protein）第二次选择配体（MOL） # 可以消除蛋白质整体的运动，观察小分子配体相对于蛋白质的运动 # extra ndx file , select protein echo -e "1\nq" | gmx_mpi make_ndx -f ${MDRUN_NAME}.gro -o ${NDX_FILE} # echo -e "1\nq" | gmx_mpi make_ndx -f md.gro -o index.ndx # Create extraction output directory mkdir -p ${OUTPUT_FOLDER} # Create temp output directory mkdir -p ${TEMP_FOLDER} echo -e "1\nq" | gmx_mpi trjconv -dt ${EXTRACT_EVERY_PS} -s ${TPR_FILE} -f ${XTC_FILE} -n ${NDX_FILE} -pbc mol -o ${TEMP_FOLDER}/temp.xtc # echo -e "1\nq" | gmx_mpi trjconv -dt 100 -s md.tpr -f md.xtc -n index.ndx -pbc mol -o temp/temp.xtc echo -e "1\n1\n1" | gmx_mpi trjconv -s ${TPR_FILE} -f ${TEMP_FOLDER}/temp.xtc -n ${NDX_FILE} -center -fit rot+trans -o ${TEMP_FOLDER}/traj_show.xtc # echo -e "1\n1\n1" | gmx_mpi trjconv -s md.tpr -f temp/temp.xtc -n index.ndx -center -fit rot+trans -o temp/traj_show.xtc echo -e "1\n1\n1" | gmx_mpi trjconv -s ${TPR_FILE} -f ${TEMP_FOLDER}/temp.xtc -n ${NDX_FILE} -center -fit rot+trans -b 0 -e 0 -o ${TEMP_FOLDER}/tarj_show.pdb # echo -e "1\n1\n1" | gmx_mpi trjconv -s md.tpr -f temp/temp.xtc -n index.ndx -center -fit rot+trans -b 0 -e 0 -o temp/tarj_show.pdb # Group 1 ( Protein) # --- # Step 1: Extract frames every 1000 ps gmx_mpi trjconv -s ${TPR_FILE} -f ${XTC_FILE} -o ${OUTPUT_FOLDER}/${NO_PBC_XTC_FILE} -dt ${EXTRACT_EVERY_PS} -pbc mol <