#!/bin/bash

# 执行 RMSF 分析
gmx_mpi rmsf -s ${MDRUN_NAME}.tpr -f ${MDRUN_NAME}_center.xtc -o rmsf_protein.xvg -res -ox avg_structure.pdb -n index.ndx << EOF
1  # 选择 Protein 进行 RMSF 分析
EOF

# 使用 Gnuplot 生成 RMSF 图像
gnuplot << EOF
set terminal svg size 800,600
set output 'rmsf_protein.svg'

# 设置标题和轴标签
set title 'RMSF Analysis'
set xlabel 'Residue'
set ylabel 'RMSF (nm)'

# 读取数据文件并绘制
plot 'rmsf_protein.xvg' using 1:2 with lines title 'RMSF (nm)'
EOF

echo "RMSF plot generated: rmsf_protein.svg"